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- PDB-1zuz: Calmodulin in complex with a mutant peptide from human DRP-1 kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zuz
タイトルCalmodulin in complex with a mutant peptide from human DRP-1 kinase
要素
  • DRP-1 kinase
  • calmodulin
キーワードMETAL BINDING PROTEIN/TRANSFERASE / EF-hand / phosphorylation-mimicking point mutation / METAL BINDING PROTEIN-TRANSFERASE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of eosinophil chemotaxis / autophagosome lumen / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / : / : / positive regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / : / establishment of protein localization to mitochondrial membrane / negative regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / type 3 metabotropic glutamate receptor binding ...positive regulation of eosinophil chemotaxis / autophagosome lumen / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / : / : / positive regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / : / establishment of protein localization to mitochondrial membrane / negative regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / type 3 metabotropic glutamate receptor binding / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / anoikis / CaM pathway / Cam-PDE 1 activation / positive regulation of neutrophil chemotaxis / Sodium/Calcium exchangers / Calmodulin induced events / Reduction of cytosolic Ca++ levels / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / Loss of phosphorylation of MECP2 at T308 / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / positive regulation of DNA binding / PKA activation / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / negative regulation of high voltage-gated calcium channel activity / response to corticosterone / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / Glycogen breakdown (glycogenolysis) / CLEC7A (Dectin-1) induces NFAT activation / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / nitric-oxide synthase binding / negative regulation of calcium ion export across plasma membrane / organelle localization by membrane tethering / mitochondrion-endoplasmic reticulum membrane tethering / autophagosome membrane docking / regulation of synaptic vesicle exocytosis / presynaptic endocytosis / regulation of cardiac muscle cell action potential / positive regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / regulation of cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / Phase 0 - rapid depolarisation / Negative regulation of NMDA receptor-mediated neuronal transmission / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / RHO GTPases activate PAKs / calcineurin-mediated signaling / regulation of synaptic vesicle endocytosis / Ion transport by P-type ATPases / positive regulation of protein autophosphorylation / Uptake and function of anthrax toxins / Long-term potentiation / Calcineurin activates NFAT / protein phosphatase activator activity / Regulation of MECP2 expression and activity / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / adenylate cyclase binding / DARPP-32 events / Smooth Muscle Contraction / catalytic complex / detection of calcium ion / regulation of cardiac muscle contraction / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / RHO GTPases activate IQGAPs / phosphatidylinositol 3-kinase binding / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / presynaptic cytosol / calcium channel inhibitor activity / cellular response to interferon-beta / Protein methylation / Activation of AMPK downstream of NMDARs / Ion homeostasis / activation of adenylate cyclase activity / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / eNOS activation / enzyme regulator activity / regulation of calcium-mediated signaling / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / titin binding / voltage-gated potassium channel complex / sperm midpiece / substantia nigra development / calcium channel complex / calyx of Held / nitric-oxide synthase regulator activity / FCERI mediated Ca+2 mobilization / response to amphetamine / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / adenylate cyclase activator activity / regulation of heart rate / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / protein serine/threonine kinase activator activity / VEGFR2 mediated cell proliferation / sarcomere / regulation of cytokinesis / VEGFR2 mediated vascular permeability / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane
類似検索 - 分子機能
EF-hand / : / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair ...EF-hand / : / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Calmodulin-1 / Calmodulin-3 / Death-associated protein kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Kursula, P. / Vahokoski, J. / Wilmanns, M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Recognition of human death-associated protein kinases by calmodulin
著者: Kursula, P. / Vahokoski, J. / Wilmanns, M.
履歴
登録2005年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42019年11月20日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.52023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: calmodulin
B: DRP-1 kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5336
ポリマ－19,3732
非ポリマー1604
水2,180121
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3310 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area8850 Å2
手法PISA
2
A: calmodulin
B: DRP-1 kinase
ヘテロ分子

A: calmodulin
B: DRP-1 kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,06612
ポリマ－38,7454
非ポリマー3218
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area7800 Å2
ΔGint-157 kcal/mol
Surface area16520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.520, 34.030, 73.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.58, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 calmodulin


分子量: 16965.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P62158, UniProt: P0DP23*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド DRP-1 kinase


分子量: 2406.855 Da / 分子数: 1 / Mutation: S308D / 由来タイプ: 合成
詳細: synthetic peptide, mutation S308D, the sequence of the peptide: calmodulin-binding domain is naturally found in Homo sapiens.
参照: UniProt: Q9UIK4*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 37 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: PEG3350, MPD, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.813 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.813 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→20 Å / Num. all: 12230 / Num. obs: 12230 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 30 Å2 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 19.9
反射 シェル解像度: 1.91→2 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 1542 / Rsym value: 0.332 / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MAR345データ収集
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1wrz

1wrz


解像度: 1.91→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 7.885 / SU ML: 0.132 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: TLS refinement / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.174 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24829 611 5 %RANDOM
Rwork0.19131 ---
all0.1941 12222 --
obs0.1941 12222 99.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.722 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å20 Å2-0.15 Å2
2---0.32 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1312 0 4 121 1437
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0221398
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.021236
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1151.9581879
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79832890
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2595175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.84225.33375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.70315268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4681510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2202
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021596
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02280
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2310.2396
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.170.21267
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1720.2715
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.2719
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.292
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1270.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1360.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2140.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1010.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3032892
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.232355
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.75431377
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2664577
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2655502
LS精密化 シェル解像度: 1.91→1.959 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 43 -
Rwork0.245 825 -
obs--95.38 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.6311-2.41190.57263.2303-0.29952.19530.09110.2534-0.2002-0.2109-0.04940.22470.1467-0.0183-0.0416-0.24960.0154-0.009-0.1932-0.0175-0.16112.59686.008327.2786
21.9608-0.8963-1.64249.76993.08410.10710.0679-0.2890.065-0.1327-0.0695-0.14090.58080.18240.00160.22940.0095-0.0654-0.0517-0.0041-0.173715.4176-6.50429.5833
319.3985-13.5709-6.865217.51679.069213.8322-0.3829-0.7364-0.07490.3080.5349-0.17750.66330.8754-0.152-0.0372-0.0178-0.048-0.056-0.0172-0.139113.4714-2.771920.2813
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA4 - 785 - 79
2X-RAY DIFFRACTION2AA79 - 14880 - 149
3X-RAY DIFFRACTION3BB302 - 3201 - 19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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