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万見
- PDB-1zuc: Progesterone receptor ligand binding domain in complex with the n... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zuc
タイトルProgesterone receptor ligand binding domain in complex with the nonsteroidal agonist tanaproget
要素Progesterone receptor
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / progesterone receptor / nonsteroidal agonist / tanaproget / progesterone / hormone / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


glandular epithelial cell maturation / tertiary branching involved in mammary gland duct morphogenesis / ovulation from ovarian follicle / paracrine signaling / maintenance of protein location in nucleus / regulation of epithelial cell proliferation / lung alveolus development / nuclear steroid receptor activity / progesterone receptor signaling pathway / estrogen response element binding ...glandular epithelial cell maturation / tertiary branching involved in mammary gland duct morphogenesis / ovulation from ovarian follicle / paracrine signaling / maintenance of protein location in nucleus / regulation of epithelial cell proliferation / lung alveolus development / nuclear steroid receptor activity / progesterone receptor signaling pathway / estrogen response element binding / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / Nuclear signaling by ERBB4 / steroid binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / SUMOylation of intracellular receptors / Nuclear Receptor transcription pathway / transcription coactivator binding / nuclear receptor activity / cell-cell signaling / ATPase binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Estrogen-dependent gene expression / mitochondrial outer membrane / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / signaling receptor binding / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / enzyme binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Progesterone receptor / Progesterone receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...Progesterone receptor / Progesterone receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-T98 / Progesterone receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zhang, Z. / Olland, A.M. / Zhu, Y. / Cohen, J. / Berrodin, T. / Chippari, S. / Appavu, C. / Li, S. / Wilhem, J. / Chopra, R. ...Zhang, Z. / Olland, A.M. / Zhu, Y. / Cohen, J. / Berrodin, T. / Chippari, S. / Appavu, C. / Li, S. / Wilhem, J. / Chopra, R. / Fensome, A. / Zhang, P. / Wrobel, J. / Unwalla, R.J. / Lyttle, C.R. / Winneker, R.C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Molecular and pharmacological properties of a potent and selective novel nonsteroidal progesterone receptor agonist tanaproget
著者: Zhang, Z. / Olland, A.M. / Zhu, Y. / Cohen, J. / Berrodin, T. / Chippari, S. / Appavu, C. / Li, S. / Wilhem, J. / Chopra, R. / Fensome, A. / Zhang, P. / Wrobel, J. / Unwalla, R.J. / Lyttle, C.R. / Winneker, R.C.
履歴
登録2005年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). IT IS NOT KNOWN WHETHER THE DIMER IN THE SAYMMETRIC UNIT IS ACTUALLY THE BIOLOGICAL UNIT.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Progesterone receptor
A: Progesterone receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2835
ポリマ－59,5922
非ポリマー6913
水3,225179
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.519, 64.497, 70.406
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.76, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The asymmetric unit contains one dimer of the PR LBD.

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要素

#1: タンパク質 Progesterone receptor / PR


分子量: 29795.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PGR, NR3C3 / プラスミド: pGEX2T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P06401
#2: 化合物 ChemComp-T98 / 5-(4,4-DIMETHYL-2-THIOXO-1,4-DIHYDRO-2H-3,1-BENZOXAZIN-6-YL)-1-METHYL-1H-PYRROLE-2-CARBONITRILE / TANAPROGET / タナプロゲット


分子量: 297.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H15N3OS / コメント: アゴニスト*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.59 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 3350, MgSO4, PIPES pH 6.5, glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年9月1日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 34825 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1A28

1a28


解像度: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 3.735 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.189 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22812 1737 5 %RANDOM
Rwork0.1788 ---
obs0.18122 33082 99.71 %-
all-33178 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.511 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.77 Å20 Å20.84 Å2
2---0.55 Å20 Å2
3----1.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4070 0 47 179 4296
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0224208
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5831.9975698
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2545500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.13824.432176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.46515798
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.51520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2646
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023064
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.21968
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.22927
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1340.2203
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2610.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2020.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2331.52621
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.85624084
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.96331887
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2444.51614
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 116 -
Rwork0.196 2360 -
obs--96.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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