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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zpt | ||||||
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タイトル | Escherichia coli Methylenetetrahydrofolate Reductase (reduced) complexed with NADH, pH 7.25 | ||||||
![]() | 5,10-methylenetetrahydrofolate reductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / TIM BARREL / FLAVIN / REDUCTASE / NADH | ||||||
機能・相同性 | ![]() methylenetetrahydrofolate reductase [NAD(P)H] / methylenetetrahydrofolate reductase (NADPH) activity / methylenetetrahydrofolate reductase (NADH) / methylenetetrahydrofolate reductase (NADH) activity / methylenetetrahydrofolate reductase (NAD(P)H) activity / methionine biosynthetic process / tetrahydrofolate interconversion / FAD binding / protein-folding chaperone binding / protein-containing complex / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pejchal, R. / Sargeant, R. / Ludwig, M.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of NADH and CH(3)-H(4)Folate Complexes of Escherichia coli Methylenetetrahydrofolate Reductase Reveal a Spartan Strategy for a Ping-Pong Reaction 著者: Pejchal, R. / Sargeant, R. / Ludwig, M.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 183.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 144.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 37.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 50.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological assembly is a tetramer. It can be generated from the trimer in the asymmetric unit (A,B,C) by the operations: -y, x, -z. A unique tetramer (A,B,B',C' or A',B',B,C) can be picked from the resulting hexamer (A,B,C,A',B',C'). |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34215.852 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.2 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.25 詳細: PEG 4000, LITHIUM SULFATE, SODIUM CACODYLATE, ETHANOL, MESO-ERYTHRITOL, pH 7.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年9月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→19.9 Å / Num. all: 78597 / Num. obs: 76927 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / Rsym value: 0.038 / Net I/σ(I): 19.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.02 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.75 / Rsym value: 0.312 / % possible all: 96.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1B5T 解像度: 1.95→19.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 2277584.7 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.9074 Å2 / ksol: 0.371319 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→19.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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