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- PDB-1zpl: E. coli F17a-G lectin domain complex with GlcNAc(beta1-O)Me -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zpl
タイトルE. coli F17a-G lectin domain complex with GlcNAc(beta1-O)Me
要素F17a-G
キーワードCELL ADHESION / FIMBRIAE / LECTINS / BACTERIAL ADHESION / PROTEIN-SUGAR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


adhesion of symbiont to host / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Bacterial adhesins - F17c-type / Fimbrial adhesin F17-AG, lectin domain / Fimbrial adhesin F17-AG, lectin domain / Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial protein / : / Fimbrial-type adhesion domain superfamily / Adhesion domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
methyl 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranoside / F17a-G fimbrial adhesin
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Buts, L. / Wellens, A. / Van Molle, I. / Wyns, L. / Loris, R. / Lahmann, M. / Oscarson, S. / De Greve, H. / Bouckaert, J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Impact of natural variation in bacterial F17G adhesins on crystallization behaviour.
著者: Buts, L. / Wellens, A. / Van Molle, I. / Wyns, L. / Loris, R. / Lahmann, M. / Oscarson, S. / De Greve, H. / Bouckaert, J.
履歴
登録2005年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年10月5日Group: Derived calculations
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: F17a-G
B: F17a-G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5674
ポリマ－38,0962
非ポリマー4702
水8,881493
1
A: F17a-G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2832
ポリマ－19,0481
非ポリマー2351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: F17a-G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2832
ポリマ－19,0481
非ポリマー2351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.805, 42.805, 288.244
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 F17a-G


分子量: 19048.227 Da / 分子数: 2 / 断片: lectin domain (residues 23-199) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 解説: expression vector with a T7 promotor / 遺伝子: F17G AF022140 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-AI / 参照: UniProt: Q99003
#2: 糖 ChemComp-MAG / methyl 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranoside / BETA-METHYL-N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / methyl 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucoside / methyl 2-acetamido-2-deoxy-D-glucoside / methyl 2-acetamido-2-deoxy-glucoside / メチル2-(アセチルアミノ)-2-デオキシ-β-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 235.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C9H17NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAc[1Me]bCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
1-methyl-N-acetyl-b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-methyl-N-acetyl-D-glucosamineIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 493 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10% (v/v) isopropanol, 20% (w/v) PEG 4000, 100 mM Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月1日
放射モノクロメーター: ESRF ID14-1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 35422 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.335 / % possible all: 70

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 1O9V CHAIN A

1o9v


解像度: 1.7→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2544 -random
Rwork0.2077 --
all0.2123 18291 -
obs0.2123 18291 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2546 0 32 493 3071
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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