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- PDB-1zow: Crystal Structure of S. aureus FabH, beta-ketoacyl carrier protei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zow
タイトルCrystal Structure of S. aureus FabH, beta-ketoacyl carrier protein synthase III
要素3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III
キーワードTRANSFERASE / FabH / fatty acid biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase III activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III, C-terminal / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III C terminal / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Qiu, X. / Choudhry, A.E. / Janson, C.A. / Grooms, M. / Daines, R.A. / Lonsdale, J.T. / Khandekar, S.S.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure and substrate specificity of the beta-ketoacyl-acyl carrier protein synthase III (FabH) from Staphylococcus aureus.
著者: Qiu, X. / Choudhry, A.E. / Janson, C.A. / Grooms, M. / Daines, R.A. / Lonsdale, J.T. / Khandekar, S.S.
履歴
登録2005年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999SEQUENCE According to the author residues VAL60, GLU171 and LEU287 are correct based on the electron density.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III
C: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III
D: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,6664
ポリマ－135,6664
非ポリマー00
水14,268792
1
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,8332
ポリマ－67,8332
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3990 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area21500 Å2
手法PISA
2
C: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III
D: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,8332
ポリマ－67,8332
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3930 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area21240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.900, 93.600, 110.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.90, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / Beta-ketoacyl-ACP synthase III / KAS III


分子量: 33916.398 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
生物種: Staphylococcus aureus / 株: MW2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8NXE2, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 792 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: PEG3K, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 273K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 84128 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.085
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.231 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1HN9

1hn9


解像度: 2→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.256 4200 5% random
Rwork0.211 --
obs0.211 84128 -
all-84128 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9456 0 0 792 10248
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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