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- PDB-1zms: LMP1 Protein binds to TRAF3 as a structural CD40 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zms
タイトルLMP1 Protein binds to TRAF3 as a structural CD40
要素
  • Latent membrane protein 1
  • TNF receptor associated factor 3
キーワードSIGNALING PROTEIN / CD40 / NF-kB signaling / LMP1 / TNF receptor / TRAF3
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of interferon-beta production / symbiont-mediated activation of host NF-kappaB cascade / TRAF3 deficiency - HSE / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / Toll signaling pathway / CD40 receptor complex / regulation of defense response to virus / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / serine/threonine protein kinase complex / thioesterase binding ...regulation of interferon-beta production / symbiont-mediated activation of host NF-kappaB cascade / TRAF3 deficiency - HSE / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / Toll signaling pathway / CD40 receptor complex / regulation of defense response to virus / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / serine/threonine protein kinase complex / thioesterase binding / tumor necrosis factor receptor binding / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / toll-like receptor 4 signaling pathway / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / toll-like receptor signaling pathway / type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated transformation of host cell / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / regulation of proteolysis / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / positive regulation of type I interferon production / ubiquitin ligase complex / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / signaling adaptor activity / regulation of cytokine production / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / RING-type E3 ubiquitin transferase / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / cytoplasmic side of plasma membrane / Ovarian tumor domain proteases / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / TRAF3-dependent IRF activation pathway / protein phosphatase binding / regulation of apoptotic process / defense response to virus / cell surface receptor signaling pathway / endosome membrane / endosome / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ubiquitin protein ligase binding / apoptotic process / protein kinase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / signal transduction / mitochondrion / zinc ion binding / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus latent membrane 1 / Herpesvirus latent membrane protein 1 (LMP1) / TNF receptor-associated factor 3 / TRAF3, MATH domain / : / TNF receptor-associated factor 2/3/5, RING domain / TRAF-type zinc finger / TNF receptor-associated factor TRAF, metazoa / : / TRAF/meprin, MATH domain ...Herpesvirus latent membrane 1 / Herpesvirus latent membrane protein 1 (LMP1) / TNF receptor-associated factor 3 / TRAF3, MATH domain / : / TNF receptor-associated factor 2/3/5, RING domain / TRAF-type zinc finger / TNF receptor-associated factor TRAF, metazoa / : / TRAF/meprin, MATH domain / Zinc finger, TRAF-type / Zinc finger TRAF-type profile. / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / TRAF-like / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Latent membrane protein 1 / TNF receptor-associated factor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Wu, S.D. / Xie, P. / Welsh, K. / Li, C. / Ni, C.-Z. / Zhu, X. / Reed, J.C. / Satterthwait, A.C. / Bishop, G.A. / Ely, K.R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: LMP1 protein from the Epstein Barr virus is a structural CD40 decoy in B lymphocytes fro binding to TRAF3
著者: Wu, S.D. / Xie, P. / Welsh, K. / Li, C. / Ni, C.-Z. / Zhu, X. / Reed, J.C. / Satterthwait, A.C. / Bishop, G.A. / Ely, K.R.
履歴
登録2005年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TNF receptor associated factor 3
B: Latent membrane protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7452
ポリマ－22,7452
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area880 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area11830 Å2
手法PISA
2
A: TNF receptor associated factor 3
B: Latent membrane protein 1

A: TNF receptor associated factor 3
B: Latent membrane protein 1

A: TNF receptor associated factor 3
B: Latent membrane protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,2356
ポリマ－68,2356
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area10110 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area28000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.670, 83.670, 77.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321

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要素

#1: タンパク質 TNF receptor associated factor 3 / CD40 receptor associated factor 1 / CRAF1 / CD40 binding protein / CD40BP / LMP1 associated protein ...CD40 receptor associated factor 1 / CRAF1 / CD40 binding protein / CD40BP / LMP1 associated protein / LAP1 / CAP-1


分子量: 21833.135 Da / 分子数: 1 / 断片: Sequence database residues 377-568 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRAF3, CAP1, CRAF1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q13114
#2: タンパク質・ペプチド Latent membrane protein 1 / LMP-1 / Protein p63


分子量: 911.892 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 203-210 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence occurs naturally in the Latent Membrane Protein I of Epstein Barr Virus
参照: UniProt: P13198

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 15% PEG 4000, 0.1 M MES, pH 6.5, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-3 / 波長: 0.976
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→39 Å / Num. all: 8103 / Num. obs: 7836 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 47.3 Å2 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 784 / Rsym value: 0.38 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→32.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Data cutoff high absF: 104805.08 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 389 5.4 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.206 7167 88.7 %-
all-8103 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.8989 Å2 / ksol: 0.388601 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 42.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.32 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.39 Å0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→32.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1586 0 0 0 1586
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.76
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.04 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 45 4.7 %
Rwork0.266 907 -
obs-907 73.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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