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- PDB-1zlg: Solution structure of the extracellular matrix protein anosmin-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zlg
タイトルSolution structure of the extracellular matrix protein anosmin-1
要素Anosmin 1
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR RECEPTOR CYS-RICH FOLD / WHEY ACIDIC PROTEIN FOLD / FIBRONECTIN TYPE III FOLD / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


FGFR1c ligand binding and activation / extracellular matrix structural constituent / extracellular matrix / axon guidance / Negative regulation of FGFR1 signaling / serine-type endopeptidase inhibitor activity / neuron differentiation / chemotaxis / heparin binding / cell adhesion ...FGFR1c ligand binding and activation / extracellular matrix structural constituent / extracellular matrix / axon guidance / Negative regulation of FGFR1 signaling / serine-type endopeptidase inhibitor activity / neuron differentiation / chemotaxis / heparin binding / cell adhesion / cell surface / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Anosmin-1, cysteine rich domain / Anosmin-1 / Anosmin cysteine rich domain / WAP-type 'four-disulfide core' domain / Elafin-like superfamily / WAP-type (Whey Acidic Protein) 'four-disulfide core' / WAP-type 'four-disulfide core' domain profile. / Four-disulfide core domains / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain ...Anosmin-1, cysteine rich domain / Anosmin-1 / Anosmin cysteine rich domain / WAP-type 'four-disulfide core' domain / Elafin-like superfamily / WAP-type (Whey Acidic Protein) 'four-disulfide core' / WAP-type 'four-disulfide core' domain profile. / Four-disulfide core domains / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液散乱 / シンクロトロン
データ登録者Hu, Y. / Sun, Z. / Eaton, J.T. / Bouloux, P.M. / Perkins, S.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Extended and Flexible Domain Solution Structure of the Extracellular Matrix Protein Anosmin-1 by X-ray Scattering, Analytical Ultracentrifugation and Constrained Modelling.
著者: Hu, Y. / Sun, Z. / Eaton, J.T. / Bouloux, P.M. / Perkins, S.J.
履歴
登録2005年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anosmin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,5451
ポリマ－76,5451
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Anosmin 1 / Kallmann syndrome protein / Adhesion molecule-like X-linked / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 76545.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KAL1, ADMLX, KAL, KALIG1 / プラスミド: pMT/BIP/V5-His
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): Schneider 2 (S2) cells / 参照: UniProt: P23352

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液散乱

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12881
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID2
検出器
タイプID検出器日付
FRELON CCD CAMERA1CCD2003年5月1日
FRELON CCD CAMERA2CCD2003年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
Soln scatterタイプ: x-ray / Buffer name: 12 MM NA PHOSPHATE, 220 MM NACL / Conc. range: 0.2-0.4 / Data analysis software list: SCTPL7, GNOM / Data reduction software list: MULTICCD / 検出器タイプ: FRELON CCD CAMERA / Mean guiner radius: 6.65 nm / Mean guiner radius esd: 0.49 nm / Min mean cross sectional radii gyration: 1.88 nm / Min mean cross sectional radii gyration esd: 0.77 nm / Num. of time frames: 1 / Protein length: 1 / Sample pH: 7.4 / Source beamline: ID02 / Source class: Y / Source type: ESRF BEAMLINE ID02 / 温度: 288 K

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MULTICCDデータ収集
SCTPL7データ削減
GNOMデータ削減
Insight IIII 98.0モデル構築
SCTPL7モデル構築
MULTICCDデータ削減
SCTPL7データスケーリング
GNOMデータスケーリング
SCTPL7位相決定
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数680 0 0 0 680
Soln scatter model手法: CONSTRAINED SCATTERING FITTING OF HOMOLOGY MODELS
コンフォーマー選択の基準: THE MODELLED SCATTERING CURVES WERE ASSESSED BY CALCULATION OF THE RG, RSX-1 AND VALUES IN THE SAME Q RANGES USED IN THE EXPERIMENTAL GUINIER FITS. MODELS WERE ...コンフォーマー選択の基準: THE MODELLED SCATTERING CURVES WERE ASSESSED BY CALCULATION OF THE RG, RSX-1 AND VALUES IN THE SAME Q RANGES USED IN THE EXPERIMENTAL GUINIER FITS. MODELS WERE THEN RANKED USING A GOODNESS-OF-FIT R-FACTOR DEFINED BY ANALOGY WITH PROTEIN CRYSTALLOGRAPHY
詳細: HOMOLOGY MODELS WERE BUILT FOR THE CYS-BOX, WAP AND FOUR FNIII DOMAINS. THE POSITIONS OF THE DOMAINS WERE DETERMINED BY AN APPROACH THAT COMBINED RANDOMISED LINKER PEPTIDE STRUCTURES PRODUCED ...詳細: HOMOLOGY MODELS WERE BUILT FOR THE CYS-BOX, WAP AND FOUR FNIII DOMAINS. THE POSITIONS OF THE DOMAINS WERE DETERMINED BY AN APPROACH THAT COMBINED RANDOMISED LINKER PEPTIDE STRUCTURES PRODUCED BY MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS WITH CURVE-FITTING TO EXPERIMENTAL X-RAY SOLUTION SCATTERING DATA. A SINGLE ARRANGEMENT OF THE SIX DOMAINS IS PRESENTED, WHICH IS REPRESENTATIVE OF A FAMILY OF STRUCTURES THAT FIT THE SCATTERING DATA. MORE DETAILS ON THE MODELLING STRATEGY ARE CONTAINED IN THE PRIMARY REFERENCE. THE ALGORITHM RESULTED IN SEVERAL CLOSE APPROACHES BETWEEN ATOMS. THIS ENTRY CONTAINS FOUR SUCH PAIRS ALA 292 - PRO 318 PRO 291 - GLU 319 PRO 27 - PHE 122 TYR 225 - PHE 355
Num. of conformers calculated: 10000 / Num. of conformers submitted: 1 / 代表コンフォーマー: 1 / Software author list: ACCELRYS
Software list: INSIGHT II, HOMOLOGY, DISCOVERY, BIOPOLYMER, DELPHI, O, SCTPL7, GNOM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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