PDB-1zkg: Crystal structure of Transcriptional regulator, TETR family (tm10...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1zkg

タイトル

Crystal structure of Transcriptional regulator, TETR family (tm1030) from Thermotoga maritima at 2.30 A resolution

要素

transcriptional regulator, TetR family

キーワード

TRANSCRIPTION REGULATOR / tm1030 / Transcriptional regulator / TETR family / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI

機能・相同性

機能・相同性情報

transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of TM1030 from Thermotoga maritima at 2.3 A resolution reveals molecular details of its transcription repressor function.
著者: Premkumar, L. / Rife, C.L. / Sri Krishna, S. / McMullan, D. / Miller, M.D. / Abdubek, P. / Ambing, E. / Astakhova, T. / Axelrod, H.L. / Canaves, J.M. / Carlton, D. / Chiu, H.J. / Clayton, T. ...

履歴

登録	2005年5月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年7月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

Remark 300

BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 ...

Remark 999

SEQUENCE: THIS GENE USES AN ALTERNATE INITIATION CODON THAT RESULTS IN A VALINE AT POSITION 1 WHEN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1zkg.cif.gz	96.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1zkg.ent.gz	74.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1zkg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/1zkg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/1zkg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4i76-2 1bp3-d 5ua1-1 4i76-1 2zag-2 5l3r-2 2iek-1 5vxn-2 2vsy-1 2zai-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 282897

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: transcriptional regulator, TetR family

B: transcriptional regulator, TetR family

51.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.518, 87.109, 59.156
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.730, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 2 - 200 / Label seq-ID: 14 - 212

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	B	B
2	A	A

#1: タンパク質	transcriptional regulator, TetR family 分子量: 25643.451 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 株: MSB8 / 遺伝子: tm1030 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X0C0
#2: 化合物	ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.25 %
結晶化	温度: 293 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 4.5 詳細: 30.0% PEG-8000, 0.2M MgNO3, 0.1M Citrate pH 4.5, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.918370, 0.979508

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月3日 / 詳細: Flat mirror

放射

モノクロメーター: single crystal Si(111) bent monochromator
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91837	1
2	0.979508	1

反射

解像度: 2.3→29.18 Å / Num. obs: 21323 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5 % / R_sym value: 0.093 / Net I/σ(I): 6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	R_sym value	Diffraction-ID	% possible all
2.3-2.36	3.7	1.2	1507	0.612	1	95.8
2.36-2.42	3.6	1.5	1531	0.513	1	99.9
2.42-2.49	3.7	1.8	1493	0.406	1	99.9
2.49-2.57	3.6	2.3	1466	0.327	1	99.6
2.57-2.66	3.6	2.8	1391	0.26	1	99.9
2.66-2.75	3.6	3.5	1340	0.213	1	99.8
2.75-2.85	3.6	4.1	1334	0.18	1	99.7
2.85-2.97	3.6	5.2	1274	0.141	1	100
2.97-3.1	3.7	6	1195	0.117	1	99.4
3.1-3.25	7.3	3.2	1163	0.211	1	100
3.25-3.43	7.2	4.3	1098	0.154	1	100
3.43-3.64	7.3	6	1062	0.113	1	100
3.64-3.89	7.2	7.5	981	0.09	1	100
3.89-4.2	7.1	8.8	930	0.076	1	100
4.2-4.6	7.1	9.2	848	0.069	1	100
4.6-5.14	6.9	9.8	752	0.065	1	100
5.14-5.94	6.6	9	683	0.073	1	100
5.94-7.27	6.6	8.6	579	0.074	1	100
7.27-10.29	6.6	10.7	450	0.054	1	100
10.29-29.18	5.7	12.2	246	0.05	1	96.1

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	1.601	データ抽出
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.3→29.18 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 17.312 / SU ML: 0.202 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.33 / ESU R Free: 0.251
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. DENSITY NEAR A89 AND B89 MODELED AS UNL BASED ON SIMILARITY TO PDB 1VI0 (LIKELY PART OF A COA MOIETY)

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.264	1105	5.2 %	RANDOM
R_work	0.201	-	-	-
all	0.204	-	-	-
obs	0.20399	20200	99.77 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.288 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.01 Å²	0 Å²	-1.25 Å²
2-	-	-0.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3268	0	19	56	3343

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	3333
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3102
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.357	1.973	4477
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.81	3	7183
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.647	5	399
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.535	24.161	161
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.877	15	643
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.102	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	494
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3648
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	716
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.234	0.2	885
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.161	0.2	2944
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.192	0.2	1667
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	1936
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.228	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.241	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.262	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.111	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.511	3	2179
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.628	3	815
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.161	5	3190
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.264	8	1484
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.497	11	1286

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: B / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1181	medium positional	0.55	0.5
1942	loose positional	0.89	5
1181	medium thermal	1.09	2
1942	loose thermal	2.89	10

LS精密化シェル

解像度: 2.301→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.305	85	-
R_work	0.237	1470	-
obs	-	-	99.11 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.2907	-2.0108	4.5064	0.9879	-1.5012	3.2389	-0.1128	-0.2466	-0.3394	0.0861	0.3366	0.1209	-0.2274	-0.1662	-0.2237	-0.0453	-0.0029	0.0914	-0.0307	0.0148	-0.0749	34.774	41.951	12.28
2	3.9597	0.6848	-1.3657	0.8507	-0.6514	0.7065	-0.1312	-0.0586	0.3056	-0.0319	0.1836	0.0444	0.0181	-0.0121	-0.0523	0.0339	-0.0323	-0.0729	-0.0727	-0.0505	-0.0702	35.199	57.528	-12.676

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 200	13 - 212
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	2 - 200	14 - 212

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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