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万見
- PDB-1zis: Recombinant Lumazine synthase (hexagonal form) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zis
タイトルRecombinant Lumazine synthase (hexagonal form)
要素6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase activity / riboflavin synthase complex / riboflavin biosynthetic process / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lumazine/riboflavin synthase / Lumazine synthase / Lumazine/riboflavin synthase / Lumazine/riboflavin synthase superfamily / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-INI / PHOSPHATE ION / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Lopez-Jaramillo, F.J.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of recombinant Lumazine synthase (hexagonal form)
著者: Lopez-Jaramillo, F.J.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: Studies on the Lumazine Synthase/Riboflavin Synthase Complex of Bacillus subtilis: Crystal Structure Analysis of Reconstituted, Icosahedral b-subunit Capsids with Bound Substrate ...タイトル: Studies on the Lumazine Synthase/Riboflavin Synthase Complex of Bacillus subtilis: Crystal Structure Analysis of Reconstituted, Icosahedral b-subunit Capsids with Bound Substrate Analogue Inhibitor at 2.4 A Resolution
著者: Ritsert, K. / Huber, R. / Turk, D. / Ladenstein, R. / Scmidt-Base, K. / Bacher, A.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988
タイトル: Heavy Riboflavin Synthase from Bacillus subtilis: Crystal Structure Analysis of the Icosahedral b60 Capsid at 3.3 A Resolution
著者: Ladenstein, R. / Schneider, M. / Huber, R. / Bartunik, H.-D. / Wilson, K. / Schott, K. / Bacher, A.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1990
タイトル: The Lumazine Synthase-Riboflavin Synthase Complex of Bacillus subtilis. Crystallization of Reconstituted Icosahedral b-subunit Capsids
著者: Schott, K. / Ladenstein, R. / Konig, A. / Bacher, A.
履歴
登録2005年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32013年1月16日Group: Other
改定 1.42018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
B: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
C: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
D: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
E: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
F: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
G: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
H: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
I: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
J: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,03830
ポリマ－163,02610
非ポリマー4,01220
水00
1
A: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
B: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
C: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
D: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
E: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,51915
ポリマ－81,5135
非ポリマー2,00610
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14520 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area27860 Å2
手法PISA
2
F: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
G: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
H: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
I: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
J: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,51915
ポリマ－81,5135
非ポリマー2,00610
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18240 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area28750 Å2
手法PISA
3
F: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
G: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
H: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
I: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
J: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
ヘテロ分子
x 6
A: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
B: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
C: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
D: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
E: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,002,226180
ポリマ－978,15460
非ポリマー24,072120
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation8_556x-y,-y,-z+11
crystal symmetry operation9_556-x,-x+y,-z+11
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z+1/21
crystal symmetry operation5_455y-1,-x+y,z+1/21
crystal symmetry operation6_545x-y,x-1,z+1/21
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/21
crystal symmetry operation11_545-x+y,y-1,-z+1/21
crystal symmetry operation12_455x-1,x-y,-z+1/21
Buried area280630 Å2
ΔGint-1600 kcal/mol
Surface area255540 Å2
手法PISA
4
A: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
B: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
C: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
D: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
E: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
ヘテロ分子
x 6
F: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
G: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
H: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
I: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
J: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,002,226180
ポリマ－978,15460
非ポリマー24,072120
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-y+2,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_675-x+y+1,-x+2,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_675x-y+1,-y+2,-z1
crystal symmetry operation9_765-x+2,-x+y+1,-z1
crystal symmetry operation4_664-x+1,-y+1,z-1/21
crystal symmetry operation5_664y+1,-x+y+1,z-1/21
crystal symmetry operation6_664x-y+1,x+1,z-1/21
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/21
crystal symmetry operation11_665-x+y+1,y+1,-z+1/21
crystal symmetry operation12_665x+1,x-y+1,-z+1/21
Buried area280670 Å2
ΔGint-1601 kcal/mol
Surface area255500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.690, 153.690, 296.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

-
要素

#1: タンパク質
6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / DMRL synthase / Lumazine synthase / Riboflavin synthase beta chain


分子量: 16302.567 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: ribH / プラスミド: P602-22 / 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 株 (発現宿主): BR151
参照: UniProt: P11998, 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-INI / 5-NITRO-6-RIBITYL-AMINO-2,4(1H,3H)-PYRIMIDINEDIONE


分子量: 306.229 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N4O8

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.7
詳細: Phosphate buffer, pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM16 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2004年6月22日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→19.6 Å / Num. obs: 40931 / % possible obs: 87.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 44.616 Å2 / Limit h max: 45 / Limit h min: 0 / Limit k max: 26 / Limit k min: 0 / Limit l max: 102 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 7253072.27 / Observed criterion F min: 83.39 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 17.59
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 8.38 / Num. unique all: 3377 / Rsym value: 0.15 / % possible all: 77.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pentamer from 1RVV

1rvv


解像度: 2.9→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 4016 10 %RANDOM
Rwork0.206 ---
all-45255 --
obs-39996 88.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 24.9564 Å2 / ksol: 0.327727 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 194.39 Å2 / Biso mean: 44.29 Å2 / Biso min: 5.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.33 Å21.5 Å20 Å2
2---7.33 Å20 Å2
3---14.67 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.57 Å0.47 Å
Luzzati d res high-2.9
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11440 0 260 0 11700
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg22.9
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg0.78
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTIONprotein_rep.paramprotein.topion.param
X-RAY DIFFRACTIONion.topini.parini.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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