PDB-1zh5: Structural basis for recognition of UUUOH 3'-terminii of nascent ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1zh5

タイトル

Structural basis for recognition of UUUOH 3'-terminii of nascent RNA pol III transcripts by La autoantigen

要素

5'-R(*UP*GP*CP*UP*GP*UP*UP*UP*U)-3'
Lupus La protein

キーワード

TRANSCRIPTION/RNA / TRANSCRIPTION-RNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

nuclear histone mRNA catabolic process / histone mRNA metabolic process / tRNA 3'-end processing / protein localization to cytoplasmic stress granule / IRES-dependent viral translational initiation / RNA Polymerase III Transcription Termination / tRNA modification / tRNA export from nucleus / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / tRNA 5'-leader removal ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Teplova, M. / Yuan, Y.R. / Ilin, S. / Malinina, L. / Phan, A.T. / Teplov, A. / Patel, D.J.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2006
タイトル: Structural Basis for Recognition and Sequestration of UUU(OH) 3' Temini of Nascent RNA Polymerase III Transcripts by La, a Rheumatic Disease Autoantigen.
著者: Teplova, M. / Yuan, Y.R. / Phan, A.T. / Malinina, L. / Ilin, S. / Teplov, A. / Patel, D.J.

履歴

登録	2005年4月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1zh5.cif.gz	111.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1zh5.ent.gz	84.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1zh5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1zh5_validation.pdf.gz	475.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1zh5_full_validation.pdf.gz	480.7 KB	表示
XML形式データ	1zh5_validation.xml.gz	24.9 KB	表示
CIF形式データ	1zh5_validation.cif.gz	35.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/1zh5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/1zh5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ytyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2alr-d 2uug-1 4o8m-7 5nnu-3 5ns4-1 4lyl-1 5kku-2 4lyl-2 2jfv-d 1uug-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (7) #67 - 2005年7月 TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1)

登録構造単位

C: 5'-R(*UP*GP*CP*UP*GP*UP*UP*UP*U)-3'

D: 5'-R(*UP*GP*CP*UP*GP*UP*UP*UP*U)-3'

A: Lupus La protein

B: Lupus La protein

ヘテロ分子

51.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

D: 5'-R(*UP*GP*CP*UP*GP*UP*UP*UP*U)-3'

A: Lupus La protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: 5'-R(*UP*GP*CP*UP*GP*UP*UP*UP*U)-3'

B: Lupus La protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	156.209, 55.030, 57.782
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: RNA鎖	5'-R(UPGPCPUPGPUPUPUPU)-3' 分子量: 2787.631 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ*: 合成
#2: タンパク質	Lupus La protein / Sjogren syndrome type B antigen / SS-B / La ribonucleoprotein / La autoantigen 分子量: 23038.621 Da / 分子数: 2 / Fragment: N-terminal domain (residues 1-194) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SSB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05455
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 455 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 40 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: PEG 8000, lithium sulfate, potassium chloride, sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	PEG 8000	1	1
2	lithium sulfate	1	1
3	potassium chloride	1	1
4	sodium acetate	1	1
5	H20	1	1
6	PEG 8000	1	2
7	lithium sulfate	1	2
8	potassium chloride	1	2
9	sodium acetate	1	2
10	H20	1	2

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	NSLS	X25	1	1.1
シンクロトロン	NSLS	X25	2	0.9798, 0.9795, 0.9611

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
ADSC QUANTUM 315	1	CCD	2005年2月16日	mirrors
ADSC QUANTUM 315	2	CCD	2005年1月26日	mirrors

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	MAD	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.1	1
2	0.9798	1
3	0.9795	1
4	0.9611	1

反射

解像度: 1.85→20 Å / Num. obs: 42919 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.3 % / R_sym value: 0.103 / Net I/σ(I): 14.9

反射シェル

解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.496 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 4221 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
CBASS		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.85→19.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / SU B: 5.914 / SU ML: 0.096 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24528	2192	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20022	-	-	-
obs	0.20252	40918	99.37 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.172 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.18 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→19.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3050	366	15	455	3886

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	3530
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.681	2.112	4826
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.037	5	367
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.831	25.033	153
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.404	15	620
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.754	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	544
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2478
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	1228
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.298	0.2	2329
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	283
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.176	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.183	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.91	1.5	1942
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.377	2	3001
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.167	3	1916
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.266	4.5	1825
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.267	166	-
R_work	0.224	2943	-
obs	-	-	99.36 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4356	-0.3842	-0.6445	2.077	-0.2559	2.4255	-0.0733	-0.0099	-0.1197	0.0896	0.0165	-0.0037	0.0801	0.0114	0.0568	-0.0652	-0.0028	-0.0047	-0.0551	-0.0014	-0.0379	58.6822	-21.9858	-41.7795
2	2.256	0.2054	-0.9411	1.582	0.1268	2.0463	0.1042	-0.0705	0.1462	-0.0438	0.0541	-0.182	-0.2696	0.1427	-0.1583	-0.0487	-0.0099	0.002	-0.07	-0.0116	-0.0272	60.6824	3.0083	-39.5119
3	0.6115	-0.0806	0.4461	1.8311	0.1746	2.6953	-0.0872	-0.0465	0.0585	0.0617	0.0246	0.0416	-0.1607	-0.0438	0.0626	-0.045	-0.0022	0.0052	-0.0478	-0.0035	-0.0469	22.582	17.4302	-45.1746
4	2.3854	0.0502	1.6588	1.3763	-0.5958	3.6358	0.15	0.0008	-0.2106	-0.1071	0.0961	0.1619	0.3847	-0.1393	-0.2461	-0.0434	-0.0053	-0.0125	-0.0818	0.0047	-0.0071	20.188	-7.4518	-44.0297
5	1.4286	-0.2563	-0.0148	0.2319	0.0074	0.0003	-0.0099	0.2975	0.0272	-0.0375	-0.031	0.0169	-0.0292	0.0206	0.0409	-0.0049	0.0182	-0.0092	0.0824	-0.0071	-0.0226	40.9898	-2.1759	-48.1384

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	C	6 - 99	7 - 100
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	C	100 - 189	101 - 190
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	D	7 - 99	8 - 100
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	D	100 - 189	101 - 190
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	A	1 - 9	1 - 9
6	X-RAY DIFFRACTION	5	D	B	1 - 9	1 - 9

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