PDB-1zgh: Methionyl-tRNA formyltransferase from Clostridium thermocellum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1zgh

タイトル

Methionyl-tRNA formyltransferase from Clostridium thermocellum

要素

Methionyl-tRNA formyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Methionyl-tRNA formyltransferase / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / Clostridium thermocellum / PSI / Protein Structure Initiative / SECSG

機能・相同性

機能・相同性情報

biosynthetic process / catalytic activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium thermocellum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / SAS /

単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Yang, H. / Kataeva, I. / Xu, H. / Zhao, M. / Chang, J. / Liu, Z. / Chen, L. / Tempel, W. / Habel, J. / Zhou, W. ...

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Methionyl-tRNA formyltransferase from Clostridium thermocellum
著者: Yang, H. / Kataeva, I. / Xu, H. / Zhao, M. / Chang, J. / Liu, Z. / Chen, L. / Tempel, W. / Habel, J. / Zhou, W. / Lee, D. / Lin, D. / Chang, S. / Arendall III, W.B. / Richardson, J.S. / ...

履歴

登録	2005年4月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2005年5月3日	ID: 1XG9
改定 1.0	2005年5月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 300

BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	1zgh_validation.pdf.gz	384 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1zgh_full_validation.pdf.gz	384 KB	表示
XML形式データ	1zgh_validation.xml.gz	6.2 KB	表示
CIF形式データ	1zgh_validation.cif.gz	9.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/1zgh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/1zgh	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	6chk-d 5dte-1 4xpm-d 3kwi-d 4lzp-2 4rk5-d 5auj-d 2ioy-1 4pqj-2 4yv7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: cth-2336

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Methionyl-tRNA formyltransferase

30.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.396, 85.396, 104.270
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

#1: タンパク質	Methionyl-tRNA formyltransferase 分子量: 30354.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium thermocellum (バクテリア) 株: ATCC 27405 / プラスミド: pET-15g / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: GenBank: 48859327, UniProt: A3DHJ7*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 68 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: modified microbatch / pH: 5.6 詳細: 2.5M amonium sulfate, 0.1M sodium citrate, pH 5.6, modified microbatch, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9794 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9794 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.98→50 Å / Num. obs: 27555 / % possible obs: 98.3 % / R_merge(I) obs: 0.118 / Χ²: 2.194

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.98-2.05	0.535	2295	0.836	1	83.6
2.05-2.13	0.454	2738	0.872	1	99.9
2.13-2.23	0.393	2750	0.971	1	100
2.23-2.35	0.363	2751	1.059	1	100
2.35-2.49	0.32	2766	1.213	1	100
2.49-2.69	0.257	2789	1.355	1	100
2.69-2.96	0.186	2791	1.793	1	100
2.96-3.39	0.118	2811	2.657	1	100
3.39-4.26	0.087	2847	3.93	1	100
4.26-50	0.076	3017	4.725	1	99.4

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 2.5 Å / D res low: 20 Å / FOM : 0.4 / 反射: 13589

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	反射
8.52-20	0.39	766
5.54-8.52	0.42	1195
4.38-5.54	0.4	1471
3.74-4.38	0.38	1720
3.31-3.74	0.41	1903
3-3.31	0.42	2065
2.77-3	0.4	2189
2.58-2.77	0.36	2280

Phasing dm

FOM : 0.58 / FOM acentric: 0.59 / FOM centric: 0.51 / 反射: 17127 / Reflection acentric: 14644 / Reflection centric: 2483

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
6.6-19.757	0.89	0.89	0.65	813	525	288
4.1-6.6	0.84	0.88	0.7	2439	1917	522
3.3-4.1	0.79	0.81	0.65	2968	2489	479
2.9-3.3	0.68	0.71	0.5	2934	2553	381
2.5-2.9	0.49	0.51	0.32	5002	4459	543
2.3-2.5	0.14	0.14	0.17	2971	2701	270

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.03	位相決定
RESOLVE	2.03	位相決定
REFMAC	refmac_5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	1	データ抽出

精密化

構造決定の手法: SAS / 解像度: 2.05→30.192 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / WR_factor R_free: 0.245 / WR_factor R_work: 0.213 / SU B: 6.361 / SU ML: 0.088 / SU R Cruickshank DPI: 0.148 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.139
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; arp/warp,molprobity were also used in refinement

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.237	1222	4.924 %	RANDOM
R_work	0.2086	-	-	-
all	0.21	-	-	-
obs	-	24816	99.919 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.984 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.132 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.132 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.264 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→30.192 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1809	0	17	47	1873

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	1850
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1696
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.429	1.961	2501
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.816	3	3942
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.434	5	226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.597	24.458	83
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.092	15	329
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.467	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	276
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2033
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	377
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	280
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.17	0.2	1527
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	894
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.078	0.2	1020
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.127	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.224	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.201	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.134	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.266	1.5	1267
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.263	1.5	459
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.429	2	1838
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.64	2	1536
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.571	3	799
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.741	3	1533
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.618	4.5	663
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.594	4.5	2406

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.05-2.103	0.214	95	0.193	1687	1785	99.832
2.103-2.161	0.214	78	0.189	1676	1754	100
2.161-2.223	0.253	76	0.184	1619	1695	100
2.223-2.291	0.207	70	0.186	1575	1645	100
2.291-2.366	0.18	85	0.191	1544	1630	99.939
2.366-2.448	0.257	83	0.201	1478	1561	100
2.448-2.54	0.264	80	0.202	1409	1490	99.933
2.54-2.643	0.196	75	0.209	1376	1451	100
2.643-2.759	0.27	70	0.217	1337	1407	100
2.759-2.893	0.32	67	0.226	1265	1332	100
2.893-3.048	0.234	61	0.217	1219	1281	99.922
3.048-3.231	0.274	56	0.215	1148	1204	100
3.231-3.451	0.196	52	0.22	1109	1161	100
3.451-3.723	0.233	58	0.205	1007	1065	100
3.723-4.072	0.206	58	0.189	948	1006	100
4.072-4.543	0.192	46	0.169	861	907	100
4.543-5.226	0.212	35	0.174	778	813	100
5.226-6.353	0.299	39	0.266	667	706	100
6.353-8.792	0.334	20	0.289	551	571	100
8.792-30.192	0.284	18	0.297	340	372	96.237

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 33.312 Å / Origin y: 27.772 Å / Origin z: 31.685 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.1195 Å²	-0.0019 Å²	0.0125 Å²	-	-0.0147 Å²	-0.0809 Å²	-	-	-0.0149 Å²
L	2.3432 °²	0.7518 °²	1.4324 °²	-	1.102 °²	0.5919 °²	-	-	1.6793 °²
S	0.0033 Å °	0.4368 Å °	-0.197 Å °	-0.1504 Å °	0.0586 Å °	0.0705 Å °	0.1719 Å °	0.0216 Å °	-0.0619 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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