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万見
- PDB-1zfn: Structural Analysis of Escherichia coli ThiF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zfn
タイトルStructural Analysis of Escherichia coli ThiF
要素Adenylyltransferase thiF
キーワードTRANSFERASE / Rossmann Fold / P-LOOP / ATP-Binding / Adenylation / ThiS / ThiF
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfur carrier protein ThiS adenylyltransferase / adenylyltransferase complex / thiazole biosynthetic process / sulfurtransferase complex / AMPylase activity / ubiquitin-like modifier activating enzyme activity / sulfotransferase activity / thiosulfate sulfurtransferase activity / thiamine diphosphate biosynthetic process / thiamine biosynthetic process ...sulfur carrier protein ThiS adenylyltransferase / adenylyltransferase complex / thiazole biosynthetic process / sulfurtransferase complex / AMPylase activity / ubiquitin-like modifier activating enzyme activity / sulfotransferase activity / thiosulfate sulfurtransferase activity / thiamine diphosphate biosynthetic process / thiamine biosynthetic process / nucleotidyltransferase activity / protein homodimerization activity / zinc ion binding / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thiazole biosynthesis adenylyltransferase ThiF / ThiF/MoeB/HesA family / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family / Ubiquitin-activating enzyme / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Sulfur carrier protein ThiS adenylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Duda, D.M. / Walden, H. / Sfondouris, J. / Schulman, B.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Structural Analysis of Escherichia Coli ThiF.
著者: Duda, D.M. / Walden, H. / Sfondouris, J. / Schulman, B.A.
履歴
登録2005年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.42014年11月19日Group: Derived calculations
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenylyltransferase thiF
B: Adenylyltransferase thiF
C: Adenylyltransferase thiF
D: Adenylyltransferase thiF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,83412
ポリマ－108,5434
非ポリマー2,2908
水00
1
A: Adenylyltransferase thiF
B: Adenylyltransferase thiF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4176
ポリマ－54,2722
非ポリマー1,1454
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6870 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area17280 Å2
手法PISA
2
C: Adenylyltransferase thiF
D: Adenylyltransferase thiF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4176
ポリマ－54,2722
非ポリマー1,1454
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6780 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area17400 Å2
手法PISA
3
A: Adenylyltransferase thiF
B: Adenylyltransferase thiF
C: Adenylyltransferase thiF
D: Adenylyltransferase thiF
ヘテロ分子

A: Adenylyltransferase thiF
B: Adenylyltransferase thiF
C: Adenylyltransferase thiF
D: Adenylyltransferase thiF
ヘテロ分子

A: Adenylyltransferase thiF
B: Adenylyltransferase thiF
C: Adenylyltransferase thiF
D: Adenylyltransferase thiF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)332,50136
ポリマ－325,63012
非ポリマー6,87124
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_554-z,-x+1/2,y-1/21
crystal symmetry operation10_555-y+1/2,z+1/2,-x1
Buried area52210 Å2
ΔGint-236 kcal/mol
Surface area92770 Å2
手法PISA
4
A: Adenylyltransferase thiF
B: Adenylyltransferase thiF
C: Adenylyltransferase thiF
D: Adenylyltransferase thiF
ヘテロ分子

A: Adenylyltransferase thiF
B: Adenylyltransferase thiF
C: Adenylyltransferase thiF
D: Adenylyltransferase thiF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,66724
ポリマ－217,0878
非ポリマー4,58116
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation14_555-y+1/4,-x+1/4,-z+1/41
Buried area35520 Å2
ΔGint-156 kcal/mol
Surface area61130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)360.3, 360.3, 360.3
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number210
Space group name H-MF4132
詳細The biological unit is a dimer made of either AB or CD

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要素

#1: タンパク質
Adenylyltransferase thiF


分子量: 27135.836 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: thiF / プラスミド: pGEX4T1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P30138, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 73 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Ammonium Acetate, MES, DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月31日
放射モノクロメーター: Si 220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→20 Å / Num. all: 57955 / Num. obs: 52090 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.75→2.87 Å / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.75→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.268 2569 RANDOM
Rwork0.247 --
all-52090 -
obs-50540 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7187 0 128 0 7315
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.43
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.87 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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