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- PDB-1zbn: Solution structure of BIV TAR hairpin complexed to JDV Tat argini... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zbn
タイトルSolution structure of BIV TAR hairpin complexed to JDV Tat arginine-rich motif
要素
  • BIV mRNA
  • JDV tat protein
キーワードRNA binding protein/RNA / RNA-peptide complex / RNA binding protein-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of viral transcription / host cell nucleolus / RNA-binding transcription regulator activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Tat domain superfamily / Immunodeficiency virus transactivating regulatory protein (Tat) / Transactivating regulatory protein (Tat)
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Protein Tat
類似検索 - 構成要素
手法溶液NMR / distance geometry, restrained molecular dynamics
データ登録者Calabro, V. / Daugherty, M.D. / Frankel, A.D.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2005
タイトル: A single intermolecular contact mediates intramolecular stabilization of both RNA and protein.
著者: Calabro, V. / Daugherty, M.D. / Frankel, A.D.
#1: ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2000
タイトル: An RNA-binding chameleon
著者: Smith, C.A. / Calabro, V. / Frankel, A.D.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1995
タイトル: Solution structure of a bovine immunodeficiency virus Tat-TAR peptide-RNA complex
著者: Puglisi, J.D. / Chen, L. / Blanchard, S. / Frankel, A.D.
履歴
登録2005年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BIV mRNA
B: JDV tat protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9882
ポリマ－10,9882
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 30structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 BIV mRNA


分子量: 8923.310 Da / 分子数: 1 / 変異: A4G, U31C / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence occurs naturally in Bovine immunodeficiency virus (BIV).
#2: タンパク質・ペプチド JDV tat protein


分子量: 2064.493 Da / 分子数: 1 / Fragment: Arginine-rich domain / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence occurs naturally in Jembrana disease virus (JDV).
参照: UniProt: Q82854*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
112DQF-COSY
1222D TOCSY
1322D NOESY
3422D NOESY
2512D NOESY
1612D TOCSY
171DQF-COSY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.5mM RNA, 1.5mM peptide, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
21.5mM RNA, 1.5mM peptide, 100% D2O100% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
150mM NaCl, 10mM sodium phosphate 6.5ambient 290 K
250mM NaCl, 10mM sodium phosphate 6.5ambient 285 K
350mM NaCl, 10mM sodium phosphate 6.5ambient 300 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITY / 製造業者: Varian / モデル: UNITY / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA1.xGuentert構造決定
CNS1.1Brunger精密化
NMRPipeNADelaglio解析
Sparky3Goddardデータ解析
精密化手法: distance geometry, restrained molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: Structures were calculated beginning with 1,000 random structures and incrementally adding distance constraints in four iterations. The final 30 structures with the lowest number of ...詳細: Structures were calculated beginning with 1,000 random structures and incrementally adding distance constraints in four iterations. The final 30 structures with the lowest number of violations were subjected to RMD. The structures are based on a total of 700 distance constraints, 61 dihedral angle restraints.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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