PDB-1z9f: Crystal structure of single stranded DNA-binding protein (TM0604)...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1z9f

タイトル

Crystal structure of single stranded DNA-binding protein (TM0604) from Thermotoga maritima at 2.60 A resolution

要素

Single-strand binding protein

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / TM0604 / single stranded DNA-binding protein / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoid / enzyme activator activity / single-stranded DNA binding / nucleic acid binding / DNA replication
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of a single-stranded DNA-binding protein (TM0604) from Thermotoga maritima at 2.60 A resolution.
著者: DiDonato, M. / Krishna, S.S. / Schwarzenbacher, R. / McMullan, D. / Jaroszewski, L. / Miller, M.D. / Abdubek, P. / Agarwalla, S. / Ambing, E. / Axelrod, H. / Biorac, T. / Chiu, H.J. / Deacon, ...

履歴

登録	2005年4月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2023年1月25日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1z9f.cif.gz	34.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1z9f.ent.gz	21.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1z9f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/1z9f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/1z9f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1sruS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2qt5-2 5qsi-d 3ecu-2 3l1b-d 6cqk-2 2za4-1 3ecv-2 6pqk-2 5chi-1 3r1f-8 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 282477

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Single-strand binding protein

17.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Single-strand binding protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Single-strand binding protein

ソフトウェアが定義した集合体
71.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.589, 83.406, 86.431
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	22
Space group name H-M	F222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-152- HOH

#1: タンパク質	Single-strand binding protein / SSB / Helix-destabilizing protein 分子量: 17780.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: ssb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WZ73
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.23 %
結晶化	温度: 293 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 8 詳細: 25.0% MPD, 0.1M TRIS pH 8.0, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月8日

放射

モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→47.22 Å / Num. obs: 4323 / % possible obs: 68 % / 冗長度: 4.3 % / R_sym value: 0.062 / Net I/σ(I): 7.5

反射シェル

解像度 (Å)	% possible obs (%)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	R_sym value	Diffraction-ID
2.3-2.36	28.6	2.3	2.3	130	0.324	1
2.36-2.42	32.7	2.4	2.9	150	0.265	1
2.42-2.49	37.7	2.6	2.4	168	0.311	1
2.49-2.57	48.5	2.7	3.1	203	0.238	1
2.57-2.66	61.9	2.8	5.5	252	0.136	1
2.66-2.75	65.9	2.7	6.9	268	0.104	1
2.75-2.85	67.8	2.8	8.4	260	0.084	1
2.85-2.97	71.4	2.7	7.3	263	0.088	1
2.97-3.1	69	2.9	9.7	239	0.066	1
3.1-3.25	69.5	2.9	8.6	238	0.061	1
3.25-3.43	68.4	2.9	13.1	218	0.043	1
3.43-3.64	87.7	4.7	6.1	279	0.099	1
3.64-3.89	100	6.6	6	286	0.104	1
3.89-4.2	100	6.6	7.8	271	0.09	1
4.2-4.6	100	6.6	9.5	257	0.064	1
4.6-5.14	100	6.6	10.2	232	0.055	1
5.14-5.94	100	6.4	11.1	205	0.049	1
5.94-7.27	100	6.3	11.4	178	0.052	1
7.27-10.29	100	5.9	11.2	139	0.043	1
10.29-47.22	99.4	4.7	13.1	87	0.041	1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	1.6	データ抽出
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1sru

1sru

解像度: 2.3→47.22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 19.393 / SU ML: 0.229 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.552 / ESU R Free: 0.356 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE NOMINAL RESOLUTION IS 2.6 A WITH 739 OBSERVED REFLECTIONS BETWEEN 2.6-2.3 (39 % COMPLETE FOR THIS SHELL) INCLUDED IN THE REFINEMENT.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3	420	9.7 %	RANDOM
R_work	0.223	-	-	-
all	0.231	-	-	-
obs	0.23054	3902	68.41 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 77.965 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.1 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.84 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→47.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	724	0	0	14	738

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	748
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	738
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.492	1.962	1005
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.827	3	1679
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.732	5	87
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.089	20	35
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.262	15	136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.607	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	119
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	798
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	182
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	141
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.192	0.2	779
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	355
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	525
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.205	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.019	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.215	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.185	0.2	84
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.143	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.514	1.5	477
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.099	1.5	183
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.838	2	728
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.361	3	317
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.125	4.5	277

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.178	9	-
R_work	0.201	119	-
obs	-	-	28.51 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -7.7347 Å / Origin y: -7.483 Å / Origin z: -31.5331 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.3493 Å²	-0.151 Å²	0.1164 Å²	-	0.2666 Å²	0.2192 Å²	-	-	-0.4051 Å²
L	14.7261 °²	2.3477 °²	-0.1564 °²	-	10.2611 °²	-1.2971 °²	-	-	7.7716 °²
S	-0.1941 Å °	-1.6644 Å °	-1.1986 Å °	0.923 Å °	-0.1079 Å °	0.742 Å °	0.7751 Å °	-0.8659 Å °	0.3021 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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