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万見
- PDB-1z9c: Crystal structure of OhrR bound to the ohrA promoter: Structure o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1z9c
タイトルCrystal structure of OhrR bound to the ohrA promoter: Structure of MarR family protein with operator DNA
要素
  • (DNA (29-MER)) x 2
  • Organic hydroperoxide resistance transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / OhrR / MarR family protein / bacterial transcription factor / Winged HTH protein / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


response to stress / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / response to hydrogen peroxide / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Transcriptional regulator SarA/Rot / : / MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily ...: / Transcriptional regulator SarA/Rot / : / MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Organic hydroperoxide resistance transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Hong, M. / Fuangthong, M. / Helmann, J.D. / Brennan, R.G.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2005
タイトル: Structure of an OhrR-ohrA Operator Complex Reveals the DNA Binding Mechanism of the MarR Family.
著者: Hong, M. / Fuangthong, M. / Helmann, J.D. / Brennan, R.G.
履歴
登録2005年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: DNA (29-MER)
H: DNA (29-MER)
I: DNA (29-MER)
J: DNA (29-MER)
K: DNA (29-MER)
L: DNA (29-MER)
A: Organic hydroperoxide resistance transcriptional regulator
B: Organic hydroperoxide resistance transcriptional regulator
C: Organic hydroperoxide resistance transcriptional regulator
D: Organic hydroperoxide resistance transcriptional regulator
E: Organic hydroperoxide resistance transcriptional regulator
F: Organic hydroperoxide resistance transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,48712
ポリマ－155,48712
非ポリマー00
水3,135174
1
G: DNA (29-MER)
H: DNA (29-MER)
A: Organic hydroperoxide resistance transcriptional regulator
B: Organic hydroperoxide resistance transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8294
ポリマ－51,8294
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
I: DNA (29-MER)
J: DNA (29-MER)
C: Organic hydroperoxide resistance transcriptional regulator
D: Organic hydroperoxide resistance transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8294
ポリマ－51,8294
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
K: DNA (29-MER)
L: DNA (29-MER)
E: Organic hydroperoxide resistance transcriptional regulator
F: Organic hydroperoxide resistance transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8294
ポリマ－51,8294
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.899, 80.960, 109.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Biological dimer was observed in the structure of OhrR-DNA complex

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要素

#1: DNA鎖 DNA (29-MER)


分子量: 8895.792 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (29-MER)


分子量: 8913.820 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質
Organic hydroperoxide resistance transcriptional regulator


分子量: 17009.727 Da / 分子数: 6 / Mutation: C15S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: ohrR / プラスミド: pET16x / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/pLysS / 参照: UniProt: O34777
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.7
詳細: pH 3.7, 0.1 M MgCl2 and 5 to 8 % of PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MgCl211
2PEG 800011
3MgCl212
4PEG 800012

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月1日
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→59.65 Å / Num. all: 47153 / Num. obs: 47153 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.64→2.76 Å / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.386 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. measured obs: 6956 / Rsym value: 0.386 / % possible all: 96.9

-
位相決定

Phasing MRRfactor: 0.528 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.36
最高解像度最低解像度
Translation4 Å15 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
EPMR2.5位相決定
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT1.6データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.64→59.65 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1281466.375 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 2012 5 %RANDOM
Rwork0.216 ---
all0.216 39953 --
obs0.216 39953 96 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.594 Å2 / ksol: 0.334 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 49.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.15 Å20 Å2-0.07 Å2
2---1.81 Å20 Å2
3---9.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.64→59.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6413 3486 0 174 10073
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.20
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.60
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.540
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it0
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it0
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it0
LS精密化 シェル解像度: 2.64→2.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.381 317 4.7 %
Rwork0.318 6447 -
obs--98 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein.topprotein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna.topdna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3water.topwater_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4ion.topion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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