PDB-1z90: X-ray structure of gene product from arabidopsis thaliana at3g032...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1z90

タイトル

X-ray structure of gene product from arabidopsis thaliana at3g03250, a putative UDP-glucose pyrophosphorylase

要素

AT3g03250 protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / AT3G03250 / PUTATIVE UDP-GLUCOSE PYROPHOSPHORYLASE / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / CESG / CENTER FOR EUKARYOTIC STRUCTURAL GENOMICS

機能・相同性

機能・相同性情報

callose deposition in cell wall / pollen tube / sucrose metabolic process / UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase / UTP:glucose-1-phosphate uridylyltransferase activity / pollen development / UDP-glucose metabolic process / cellular response to phosphate starvation / glycogen metabolic process / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.86 Å

データ登録者

Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Allard, S.T.M. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structure and Dynamics of UDP-Glucose Pyrophosphorylase from Arabidopsis thaliana with Bound UDP-Glucose and UTP.
著者: McCoy, J.G. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Wesenberg, G.E. / Bannen, R.M. / Kondrashov, D.A. / Phillips Jr., G.N.

履歴

登録	2005年3月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年2月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1z90.cif.gz	194.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1z90.ent.gz	154.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1z90.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1z90_validation.pdf.gz	434.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1z90_full_validation.pdf.gz	447.5 KB	表示
XML形式データ	1z90_validation.xml.gz	37.3 KB	表示
CIF形式データ	1z90_validation.cif.gz	53.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/1z90 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/1z90	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2icxC 2icyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2icx-2 2q4j-2 1cw4-d 6icd-d 4bnp-d 4ajs-d 1ide-d 5weg-2 1bl5-d 1pb1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: GO.14914

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (6) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: AT3g03250 protein

B: AT3g03250 protein

104 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: AT3g03250 protein

登録者が定義した集合体
51.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: AT3g03250 protein

登録者が定義した集合体
51.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	188.680, 58.863, 89.862
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.40, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-541- HOH

詳細

The biological unit appears to be a monomer with two copies in the ASU

#1: タンパク質	AT3g03250 protein 分子量: 51798.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: AT3G03250 / プラスミド: PVP-17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 P(RARE2) / 参照: UniProt: Q9M9P3
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 421 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	2.4	48.7
2

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	pH	詳細
293	1	5.5	1 mg/ml protein, 30% PEG2K, 0.100M MES/ACETATE, 5% DMSO, vapor diffusion, hanging drop, pH 5.5, temperature 293K
293	2	5.5	1 mg/ml protein, 30% PEG2K, 0.100M MES/ACETATE, 5% DMSO, vapor diffusion, hanging drop, pH 5.5, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長
シンクロトロン	APS	22-BM	1	0.99997
シンクロトロン	APS	22-ID	2	0.97924

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
MARMOSAIC 225 mm CCD	1	CCD	2005年3月13日	HORIZONTAL SAGITALLY FOCUSING 2ND BENT MONOCHROMATOR CRYSTAL, VERTICAL BENT FOCUSING MIRROR
MARMOSAIC 300 mm CCD	2	CCD	2005年3月13日	HORIZONTAL SAGITALLY FOCUSING 2ND BENT MONOCHROMATOR CRYSTAL, VERTICAL BENT FOCUSING MIRROR

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	WATER COOLED SI (111) DOUBLE BOUNCE	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	CRYOGENICALLY COOLED SI (220) DOUBLE BOUNCE	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.99997	1
2	0.97924	1

Reflection

D res low: 50 Å

冗長度 (%)	ID	数	R_merge(I) obs	Χ²	D res high (Å)	% possible obs
7	1	79505	0.066	0.959	1.86	98
7.4	2	72439	0.079	1.119	1.95	99.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.59	50	99.5	1	0.037	1.013	7.4
3.64	4.59	99.8	1	0.048	1.104	7.6
3.18	3.64	99.8	1	0.061	1.149	7.7
2.89	3.18	99.5	1	0.066	0.991	7.7
2.68	2.89	99.6	1	0.076	1.019	7.7
2.52	2.68	98.9	1	0.089	1.046	7.6
2.4	2.52	99.1	1	0.105	1.113	7.4
2.29	2.4	99	1	0.122	0.996	7.2
2.21	2.29	98.7	1	0.141	0.936	7
2.13	2.21	98	1	0.166	0.878	6.9
2.06	2.13	97.6	1	0.194	0.85	6.7
2	2.06	97.5	1	0.233	0.804	6.4
1.95	2	97.3	1	0.269	0.765	6.1
1.9	1.95	95.2	1	0.322	0.712	5.6
1.86	1.9	89.5	1	0.395	0.691	5.1
4.81	50	99.5	2	0.063	1.027	7.1
3.82	4.81	99.8	2	0.046	1.004	7.3
3.33	3.82	100	2	0.056	1.096	7.5
3.03	3.33	100	2	0.062	1.067	7.6
2.81	3.03	100	2	0.074	1.067	7.6
2.65	2.81	100	2	0.09	1.084	7.6
2.51	2.65	100	2	0.109	1.183	7.6
2.4	2.51	100	2	0.127	1.178	7.6
2.31	2.4	100	2	0.146	1.187	7.6
2.23	2.31	100	2	0.168	1.183	7.6
2.16	2.23	100	2	0.188	1.144	7.6
2.1	2.16	100	2	0.23	1.163	7.5
2.05	2.1	100	2	0.264	1.161	7.3
2	2.05	100	2	0.294	1.138	6.9
1.95	2	99.9	2	0.334	1.099	6.4

反射

解像度: 1.863→37.365 Å / Num. obs: 79505 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 17.377

反射シェル

解像度: 1.86→1.9 Å / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.395 / Mean I/σ(I) obs: 3.224 / % possible all: 89.5

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 2.49 Å / D res low: 46.66 Å / FOM : 0.329 / FOM acentric: 0.34 / FOM centric: 0 / 反射: 66361

Phasing MAD set

R cullis: 0.726 / R cullis acentric: 0.713 / R cullis centric: 10 / R kraut: 0.028 / R kraut acentric: 0.028 / R kraut centric: 0.005 / 最高解像度: 2.49 Å / 最低解像度: 46.66 Å / FOM : 0.331 / FOM acentric: 0.342 / FOM centric: 0 / Loc: 25.606 / Loc acentric: 25.556 / Loc centric: 27.337 / Power: 1.331 kW / Power acentric: 1.33 / Power centric: 1.369

Phasing MAD set shell

ID: f_peak_FRIED / R cullis centric: 10 / FOM centric: 0

解像度 (Å)	R cullis	R cullis acentric	R kraut	R kraut acentric	R kraut centric	FOM	FOM acentric	Loc	Loc acentric	Loc centric	Power (kW)	Power acentric	Power centric
4.98-46.66	0.691	0.67	0.027	0.029	0.004	0.352	0.375	35.363	35.384	35.375	1.415	1.415	1.415
3.95-4.98	0.721	0.707	0.02	0.02	0.005	0.349	0.362	29.379	29.383	29.382	1.393	1.391	1.462
3.45-3.95	0.722	0.711	0.021	0.022	0.004	0.352	0.364	25.958	25.961	25.959	1.382	1.385	1.288
3.14-3.45	0.727	0.717	0.025	0.026	0.005	0.341	0.35	23.817	23.819	23.818	1.375	1.375	1.405
2.91-3.14	0.727	0.718	0.03	0.03	0.006	0.34	0.349	21.946	21.948	21.947	1.354	1.353	1.374
2.74-2.91	0.742	0.734	0.036	0.037	0.008	0.326	0.333	22.157	22.157	22.157	1.263	1.263	1.247
2.6-2.74	0.768	0.759	0.041	0.041	0.01	0.3	0.307	22.671	22.674	22.673	1.158	1.156	1.232
2.49-2.6	0.781	0.774	0.045	0.046	0.01	0.283	0.289	23.326	23.326	23.326	1.054	1.054	1.034

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	反射
4.98-46.66	0.3514	0.3741	8378
3.95-4.98	0.3471	0.3601	8423
3.45-3.95	0.3518	0.363	8459
3.14-3.45	0.3398	0.3494	8450
2.91-3.14	0.3393	0.3477	8409
2.74-2.91	0.3235	0.3309	8375
2.6-2.74	0.2979	0.3047	8351
2.49-2.6	0.2796	0.2851	7516

Phasing dm

FOM : 0.57 / FOM acentric: 0.57 / FOM centric: 0.57 / 反射: 72439 / Reflection acentric: 69005 / Reflection centric: 3434

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
5.6-49.142	0.92	0.93	0.89	3236	2828	408
3.5-5.6	0.92	0.93	0.81	9757	9104	653
2.8-3.5	0.82	0.82	0.69	12209	11594	615
2.4-2.8	0.63	0.64	0.5	12290	11776	514
2.1-2.4	0.4	0.4	0.35	21795	20987	808
1.9-2.1	0.22	0.22	0.2	13152	12716	436

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定
RESOLVE	2.06	位相決定
REFMAC	refmac_5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	(HYSS)	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.86→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 3.6 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: INITIAL MODEL GENERATED BY ARP/WARP, MOLPROBITY USED TO ASSIST IN FINAL MODEL BUILDING

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.249	3986	5 %	RANDOM
R_work	0.201	-	-	-
obs	0.20319	75518	97.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.48 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.79 Å²	0 Å²	-1.22 Å²
2-	-	-0.25 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.86→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7122	0	0	421	7543

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	7257
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.097	0.02	10
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.607	1.978	9841
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	16.409	3	18
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.359	5	911
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.434	25.946	296
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.783	15	1322
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.45	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	1153
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5340
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.033	0.02	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	3445
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.168	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.312	0.2	4979
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.288	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	445
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.198	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.214	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.73	2	4694
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.411	2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.948	4	7439
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.837	6	2888
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.843	8	2402
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.86→1.91 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.343	259	-
R_work	0.25	4926	-
obs	-	-	86.58 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)