PDB-1z52: Proaerolysin Mutant W373L

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1z52

タイトル

Proaerolysin Mutant W373L

要素

Aerolysin

キーワード

TOXIN / Hemolytic polypeptide

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated cytolysis of host cell / toxin activity / host cell plasma membrane / extracellular region / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Aeromonas hydrophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.38 Å

データ登録者

Parker, M.W. / Feil, S.C. / Tang, J.W.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Proaerolysin at 2.3 A Resolution and Structural Analyses of Single-site Mutants as a Basis for Understanding Membrane Insertion of the Toxin
著者: Parker, M.W. / Feil, S.C. / Tang, J.W.

履歴

登録	2005年3月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年3月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年11月10日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1z52.cif.gz	183.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1z52.ent.gz	148.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1z52.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1z52_validation.pdf.gz	445.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1z52_full_validation.pdf.gz	475.2 KB	表示
XML形式データ	1z52_validation.xml.gz	37 KB	表示
CIF形式データ	1z52_validation.cif.gz	50.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z5/1z52 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z5/1z52	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1pre
類似構造データ	1pre-d 3c0n-d 3c0m-d 3g4o-d 3g4n-d 6qk8-d 3c0o-d 5fv9-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (10) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (4) #232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Aerolysin

B: Aerolysin

104 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.711, 91.141, 168.215
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Aerolysin 分子量: 51907.398 Da / 分子数: 2 / 変異: W373L / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aeromonas hydrophila (バクテリア) プラスミド: PRK2013 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09167
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.99 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: PEG 4000, sodium acetate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 1.117 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月11日
放射	モノクロメーター: Polarisation / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.117 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.38→25 Å / Num. all: 42497 / Num. obs: 42497 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 2.38→2.47 Å / % possible all: 73.1

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
DENZO	データ削減
SCALEPACK	データスケーリング
AMoRE	位相決定
CNS	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.38→25 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	Selection details
R_free	0.3014	1908	Random
R_work	0.2496	-	-
all	-	38205	-
obs	-	36297	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.96 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.49 Å	0.38 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.47 Å	0.34 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.38→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7047	0	0	132	7179

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.013
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.864
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	25.471
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	1.492

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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