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- PDB-3c0m: Crystal structure of the proaerolysin mutant Y221G -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c0m
タイトルCrystal structure of the proaerolysin mutant Y221G
要素Aerolysin
キーワードTOXIN / CYTOLYTIC TOXIN / PORE-FORMING TOXIN / Membrane / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin activity / host cell plasma membrane / extracellular region / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Proaerolysin; Chain A, domain 2 / Proaerolysin, chain A, domain 2 / Pertussis Toxin; Chain B, domain 1 / Aerolysin/Pertussis toxin (APT), N-terminal domain / Proaerolysin, chain A, domain 3 / Aerolysin / : / Aerolysin toxin / Aerolysin toxin / Proaerolysin; Chain A, domain 3 ...Proaerolysin; Chain A, domain 2 / Proaerolysin, chain A, domain 2 / Pertussis Toxin; Chain B, domain 1 / Aerolysin/Pertussis toxin (APT), N-terminal domain / Proaerolysin, chain A, domain 3 / Aerolysin / : / Aerolysin toxin / Aerolysin toxin / Proaerolysin; Chain A, domain 3 / Aerolysin/Pertussis toxin domain / Aerolysin/Pertussis toxin (APT), N-terminal domain superfamily / Aerolysin/Pertussis toxin (APT) domain / Aerolysin/haemolysin toxin, conserved site / Aerolysin type toxins signature. / C-type lectin fold / Beta Complex / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Aeromonas hydrophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Pernot, L. / Schiltz, M. / Thurnheer, S. / Burr, S.E. / van der Goot, G.
引用
ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Molecular assembly of the aerolysin pore reveals a swirling membrane-insertion mechanism.
著者: Degiacomi, M.T. / Iacovache, I. / Pernot, L. / Chami, M. / Kudryashev, M. / Stahlberg, H. / van der Goot, F.G. / Dal Peraro, M.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: Structure of the Aeromonas toxin proaerolysin in its water-soluble and membrane-channel states.
著者: Parker, M.W. / Buckley, J.T. / Postma, J.P. / Tucker, A.D. / Leonard, K. / Pattus, F. / Tsernoglou, D.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990
タイトル: Crystallization of a proform of aerolysin, a hole-forming toxin from Aeromonas hydrophila.
著者: Tucker, A.D. / Parker, M.W. / Tsernoglou, D. / Buckley, J.T.
履歴
登録2008年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年10月2日Group: Database references
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aerolysin
B: Aerolysin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,7492
ポリマ－103,7492
非ポリマー00
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.618, 92.434, 169.049
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Aerolysin


分子量: 51874.332 Da / 分子数: 2 / 変異: Y221G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aeromonas hydrophila (バクテリア)
遺伝子: aerA / プラスミド: pMMB66EH / 発現宿主: Aeromonas salmonicida (バクテリア) / 株 (発現宿主): CD3 / 参照: UniProt: P09167
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.02 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 9-11% PEG 4000, 100mM sodium acetate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 291 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM1A / 波長: 0.82 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年10月1日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.82 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.88→44.58 Å / Num. all: 24769 / Num. obs: 24769 / % possible obs: 91.7 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 10.39
反射 シェル解像度: 2.88→3 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.512 / Mean I/σ(I) obs: 2.24 / Num. unique all: 6253 / Rsym value: 0.363 / % possible all: 67.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PRE

1pre


解像度: 2.88→44.56 Å / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 1700 -RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.235 24754 93.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 36.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.91 Å20 Å20 Å2
2--5.98 Å20 Å2
3----5.08 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.52 Å0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.88→44.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7030 0 0 24 7054
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.08
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.96
LS精密化 シェル解像度: 2.88→3.06 Å / Rfactor Rfree error: 0.022
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 --
Rwork0.292 --
obs-3562 88.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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