PDB-3g4o: Crystal structure of the activated aerolysin mutant H132N

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3g4o

タイトル

Crystal structure of the activated aerolysin mutant H132N

要素

Aerolysin

キーワード

TOXIN / CYTOLYTIC TOXIN / PORE-FORMING TOXIN / Membrane / Secreted

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated cytolysis of host cell / toxin activity / host cell plasma membrane / extracellular region / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Aeromonas hydrophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Pernot, L. / Schiltz, M. / van der Goot, G.

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2011
タイトル: Dual chaperone role of the C-terminal propeptide in folding and oligomerization of the pore-forming toxin aerolysin.
著者: Iacovache, I. / Degiacomi, M.T. / Pernot, L. / Ho, S. / Schiltz, M. / Dal Peraro, M. / van der Goot, F.G.

履歴

登録	2009年2月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年2月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年8月3日	Group: Database references
改定 1.3	2021年11月10日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年11月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.5	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3g4o.cif.gz	362.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3g4o.ent.gz	298.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3g4o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3g4o_validation.pdf.gz	432.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3g4o_full_validation.pdf.gz	449.8 KB	表示
XML形式データ	3g4o_validation.xml.gz	34.7 KB	表示
CIF形式データ	3g4o_validation.cif.gz	47.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/3g4o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/3g4o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3g4nC 1preS 1z52 3c0n S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3c0n-d 3c0o-d 3c0m-d 1z52-d 1pre-d 1z9o-d 1f1s-d 4s13-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (10) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (4) #232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Aerolysin

B: Aerolysin

104 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.985, 69.313, 165.230
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.00, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Aerolysin 分子量: 51956.410 Da / 分子数: 2 / 変異: H132N / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aeromonas hydrophila (バクテリア) 遺伝子: aerA / プラスミド: pET22B(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P09167
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.81 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: PENTAERYTHRITOL PROPOXYLATE (5/4 PO/OH) 24%-28%, SODIUM ACETATE 50mM pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9536 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9536 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→55.504 Å / Num. obs: 43658 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 45.04 Å² / R_merge(I) obs: 0.075 / R_sym value: 0.062 / Net I/σ(I): 16.31
反射シェル	解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.396 / Mean I/σ(I) obs: 3.69 / Num. unique all: 4969 / R_sym value: 0.311 / % possible all: 74.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1PRE

1pre

解像度: 2.3→55.47 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / 位相誤差: 30.62 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2597	2186	5.01 %	RANDOM
R_work	0.205	-	-	-
obs	0.2079	43641	95.18 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 49.951 Å² / k_sol: 0.329 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 170.76 Å² / B_iso mean: 57.34 Å² / B_iso min: 14.46 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-10.9134 Å²	0 Å²	1.6391 Å²
2-	-	22.1382 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-16.7369 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→55.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6978	0	0	187	7165

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	7182
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.908	9799
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	1032
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1282
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.239	2515

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.3001-2.3501	0.3588	108	0.2664	1776	66
2.3501-2.4048	0.3266	103	0.2536	2101	77
2.4048-2.4649	0.3394	142	0.2523	2590	95
2.4649-2.5315	0.2969	128	0.2382	2630	98
2.5315-2.606	0.3598	142	0.2413	2667	98
2.606-2.6901	0.2846	133	0.2275	2701	99
2.6901-2.7863	0.2941	161	0.2145	2622	99
2.7863-2.8978	0.2929	132	0.2155	2670	99
2.8978-3.0297	0.2991	131	0.227	2705	99
3.0297-3.1894	0.2651	125	0.2139	2701	99
3.1894-3.3892	0.3029	138	0.2154	2678	99
3.3892-3.6509	0.255	139	0.2003	2710	99
3.6509-4.0182	0.272	143	0.1792	2710	99
4.0182-4.5994	0.1899	153	0.154	2715	99
4.5994-5.7938	0.1988	162	0.1552	2710	99
5.7938-55.5203	0.201	146	0.1775	2769	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.0199	0.0259	-0.11	0.0285	-0.0044	-0.0058	0.0903	0.2053	-0.5176	-0.0276	-0.0118	-0.028	-0.0385	-0.5457	-0.0002	0.2672	0.0322	0.0307	0.2406	-0.0562	0.2321	-20.8921	10.9076	31.0144
2	0.1475	-0.0161	-0.1362	0.275	0.5196	0.7704	-0.0281	-0.2877	-0.0392	0.0355	-0.0833	-0.0748	-0.0804	-0.2235	0.0009	0.1671	0.0911	0.0392	0.2972	0.0373	0.2215	-19.7764	2.0757	33.4639
3	1.3512	-0.1971	-0.0213	0.2117	0.3203	0.6246	-0.2576	-0.0317	-0.3901	0.0484	0.0839	0.0622	0.1627	-0.0543	-0.0638	0.2081	-0.0467	0.0533	0.0679	0.025	0.3692	-9.6134	-18.8358	10.6146
4	0.0045	-0.1141	0.221	0.0371	0.0834	-0.0827	0.4668	-0.0745	-0.0794	0.016	-0.0143	-0.9077	-0.7476	0.0625	-0.0001	1.2976	0.1237	-0.0631	0.9573	-0.0414	0.4919	5.266	-9.6907	73.6378
5	0.268	0.4125	0.1254	1.3975	0.2633	0.5931	-0.5336	-0.8117	-0.1266	0.0653	0.8232	-0.0165	-0.1698	0.9791	0.2495	0.339	0.4305	0.0876	0.6564	0.1436	0.3568	3.6182	-19.0252	40.681
6	-0.6141	0.4026	-0.2639	0.3023	-0.2758	0.2025	0.1082	-0.166	0.0132	0.4114	0.2343	0.2918	0.5744	-0.1252	0.0017	0.6246	0.3464	0.1706	0.7022	0.1226	0.5825	0.3905	-13.8808	60.8706
7	1.343	0.2317	-0.3597	-0.0763	-0.3054	0.013	0.078	0.0019	-0.0421	-0.0212	-0.1525	-0.0665	0.1171	-0.3022	-0.0017	0.1831	0.0024	-0.0174	0.1144	0.0181	0.2703	-11.8285	-2.3146	8.7977
8	0.0324	0.0132	0.0167	0.5993	-1.0491	1.5232	0.1202	-0.297	0.1083	-0.1977	0.7446	0.5092	0.4027	0.1409	0.0496	0.3921	0.383	0.0839	0.4807	0.163	0.5124	-1.2661	-23.5356	41.3085
9	-0.0705	0.0243	0.0356	0.076	0.1195	0.0211	0.5655	-0.3791	0.1177	0.0031	-0.3122	-0.703	-0.0375	0.0954	-0	0.7848	0.1912	0.0955	1.2223	-0.0153	0.7597	8.2554	-15.056	71.7888
10	0.0443	-0.1613	-0.079	-0.0454	-0.2702	-0.0419	-0.0392	-0.3156	-0.1808	-0.0141	0.3831	0.2969	-0.2919	0.3203	0.0012	0.4142	-0.1497	0.0187	0.3348	-0.0633	0.2746	-6.2581	14.3652	43.0855
11	0.1605	0.4568	-0.0554	0.3361	0.0974	1.0316	-0.0476	-0.0351	0.0037	-0.0285	0.0276	-0.0233	0.0225	0.4209	-0	0.1885	-0.0581	0.0073	0.3665	-0.0411	0.2385	-6.7707	2.3825	40.6769
12	0.1464	0.0878	0.2023	-0.2024	0.1571	0.2432	-0.0668	-0.099	-0.0567	-0.1385	-0.0794	0.1061	0.059	-0.0159	0.0001	0.3845	0.0715	-0.0135	0.4737	0.0003	0.2481	-14.2056	-12.9576	71.735
13	0.687	0.2204	0.4691	0.3674	0.1967	0.0774	0.0033	-0.1013	-0.1209	-0.0236	0.0806	-0.1567	0.1709	0.1583	0	0.4322	0.0593	-0.0079	0.4183	-0.0075	0.2599	-21.2246	-14.9027	61.653
14	0.6977	1.0693	0.0318	0.4013	-0.0731	0.0475	0.1005	-0.2463	0.3764	-0.1521	0.2247	0.3936	-0.3244	0.159	0	0.4389	0.0086	0.1011	0.2286	-0.1007	0.3104	-33.5102	-15.7048	4.9672
15	0.3716	-0.0769	-0.434	0.4666	0.2204	0.9308	0.2811	1.0353	0.2981	0.4191	-0.1926	-0.2415	-0.8358	-1.0276	0.0238	0.374	-0.0185	0.0102	0.5439	0.0243	0.2771	-30.3346	-16.2929	39.0163
16	0.1469	0.067	-0.1079	-0.11	0.1999	0.026	0.1573	-0.19	0.528	-0.2815	0.0888	0.2184	-0.5642	0.1067	-0.0006	0.7799	-0.2113	0.1079	0.3322	-0.0596	0.4167	-33.2616	-11.4918	6.575
17	0.1273	0.0421	-0.2589	0.1522	0.0484	0.4143	0.0457	-0.1198	-0.0881	0.1066	0.1128	-0.0665	0.0304	-0.0736	0	0.2887	-0.0109	-0.0453	0.3904	-0.0577	0.2264	-18.4424	-4.5459	54.9289
18	0.1242	0.5563	0.3483	0.3889	0.1628	0.4679	-0.1513	0.0534	-0.0699	-0.0556	0.1229	0.23	-0.3691	-0.3481	0.0023	0.3374	-0.1414	-0.0065	0.2206	-0.0466	0.2808	-36.2102	-17.4821	2.0787

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resid 2:17
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resid 18:106
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resid 107:192
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain A and resid 193:224
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain A and resid 225:274
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain A and resid 275:313
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain A and resid 314:395
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain A and resid 396:409
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain A and resid 410:462
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain B and resid 2:23
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain B and resid 24:103
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain B and resid 104:146
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain B and resid 147:193
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain B and resid 194:227
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain B and resid 228:269
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain B and resid 270:289
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain B and resid 290:412
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain B and resid 413:468

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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