PDB-1z3h: The exportin Cse1 in its cargo-free, cytoplasmic state

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1z3h

タイトル

The exportin Cse1 in its cargo-free, cytoplasmic state

要素

Importin alpha re-exporter

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / Cse1 /

Exportin (カリオフェリン) /

Nuclear transport (核輸送) /

HEAT repeat (HEATリピート)

機能・相同性

機能・相同性情報

nuclear export signal receptor activity / snRNA import into nucleus / protein export from nucleus / positive regulation of protein export from nucleus /

small GTPase binding / protein import into nucleus /

核膜 /

細胞周期 /

細胞分裂 / protein-containing complex /

細胞質基質
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Cook, A. / Fernandez, E. / Lindner, D. / Ebert, J. / Schlenstedt, G. / Conti, E.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2005
タイトル: The structure of the nuclear export receptor cse1 in its cytosolic state reveals a closed conformation incompatible with cargo binding
著者: Cook, A. / Fernandez, E. / Lindner, D. / Ebert, J. / Schlenstedt, G. / Conti, E.

履歴

登録	2005年3月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年5月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1z3h.cif.gz	367 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1z3h.ent.gz	297.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1z3h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/1z3h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/1z3h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1wa5
類似構造データ	2ai0-11 7k5j-5 1xdj-d 1ukl-1 1ukl-2 3ula-d 3pgv-d 6ieg-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#85 - 2007年1月インポーチン (Importins) 類似性 (10) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Importin alpha re-exporter

B: Importin alpha re-exporter

ヘテロ分子

221 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Importin alpha re-exporter

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
111 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Importin alpha re-exporter

登録者が定義した集合体
111 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	162.520, 113.040, 122.970
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Importin alpha re-exporter / Chromosome segregation protein CSE1 分子量: 110526.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: Cse1 / プラスミド: PQE-60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DL-41 / 参照: UniProt: P33307
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.9 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG 8000, MgCl2, glycerol, DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ESRF	ID14-4	1	0.93
シンクロトロン	SLS	X06SA	2	1.02

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 4	1	CCD	2004年3月5日
MARRESEARCH	2	CCD	2003年6月13日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID	モノクロメーター
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1	SAGITALLY FOCUSED Si(111)

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.93	1
2	1.02	1

Reflection

冗長度: 13.2 % / Av σ(I) over netI: 3.7 / 数: 33873 / R_merge(I) obs: 0.102 / R_sym value: 0.102 / D res high: 3.3 Å / D res low: 122.06 Å / % possible obs: 98.6

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
10.44	49.49	96.9	1	0.078	0.078	10.8
7.38	10.44	98.7	1	0.075	0.075	12.4
6.02	7.38	98.7	1	0.084	0.084	13
5.22	6.02	98.8	1	0.091	0.091	13.1
4.67	5.22	98.9	1	0.088	0.088	13.3
4.26	4.67	98.6	1	0.095	0.095	13.3
3.94	4.26	98.7	1	0.123	0.123	13.4
3.69	3.94	98.5	1	0.17	0.17	13.5
3.48	3.69	98.5	1	0.251	0.251	13.5
3.3	3.48	98.5	1	0.391	0.391	13.6

反射

解像度: 3.3→50 Å / Num. all: 44757 / Num. obs: 41661 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 13.2 % / B_iso Wilson estimate: 96.017 Å² / R_sym value: 0.102

反射シェル

解像度: 3.3→3.48 Å / 冗長度: 13.6 % / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / R_sym value: 0.391 / % possible all: 98.5

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	9.01	6.419	72.673	SE	134.44	2.69
2	37.747	-27.557	84.104	SE	60	1.5
3	14.785	2.021	59.577	SE	123.38	2.43
4	31.862	-31.25	104.424	SE	60	1.25
5	31.476	8.705	107.899	SE	122.15	2.05
6	33.21	21.147	109.723	SE	0	1.38
7	52.516	-34.296	87.75	SE	60	1.36
8	52.672	-31.854	81.356	SE	60	1.28
9	22.075	42.635	99.39	SE	150.14	2.34
10	25.476	45.515	103.488	SE	130.1	2.25
11	32.016	-33.408	97.368	SE	91.8	1.48
12	47.282	-28.512	102.069	SE	60	1.14
13	4.184	39.099	79.905	SE	60	1.05
14	11.546	4.96	54.791	SE	60	0.86
15	29.669	-6.331	83.453	SE	60	0.87
16	8.687	63.746	132.795	SE	179.78	2.31
17	3.181	47.579	95.944	SE	60	0.88
18	50.415	14.998	72.31	SE	0	2.07
19	25.788	-16.231	45.779	SE	60	0.79
20	15.705	2.143	73.261	SE	60	0.88
21	22.581	-18.276	41.234	SE	60	0.83
22	14.767	59.16	119.886	SE	172.5	2.39
23	11.89	62.832	115.168	SE	60	0.64
24	53.946	3.078	75.584	SE	60	0.91
25	55.071	-10.353	101.189	SE	60	0.87
26	4.616	-10.57	36.355	SE	60	0.73
27	6.879	-16.365	19.51	SE	60	0.77
28	14.829	58.19	133.185	SE	60	0.76
29	27.107	-27.574	78.775	SE	60	0.71
30	42.269	-28.345	92.997	SE	60	0.57
31	134.203	4.245	113.772	SE	60	0.59
32	23.698	26.102	14.558	SE	60	0.53
33	103.689	9.259	70.808	SE	60	0.4
34	64.247	25.241	59.929	SE	60	0.42

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SHARP		位相決定
SOLOMON		位相決定
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	1.6	データ抽出
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.1→122 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Residue side chains that were not visible in the final 2Fo-Fc map have been placed in the model but the B factors for these atoms have been set above 200. The protein was treated with ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.288	2096	5 %	RANDOM
R_work	0.241	-	-	-
all	0.287	33873	-	-
obs	0.287	33834	99.6 %	-

溶媒の処理

B_sol: 30.849 Å²

原子変位パラメータ

B_iso mean: 77.326 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	16.882 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-22.698 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.816 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→122 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14786	0	1	0	14787

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.01
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.543	0

LS精密化シェル

解像度: 3.1→3.2 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.406	186	-
R_work	0.377	-	-
obs	-	3737	100 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file
X-RAY DIFFRACTION	1	CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	2	CNS_TOPPAR:ion.param

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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