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- PDB-3pgv: Crystal structure of a haloacid dehalogenase-like hydrolase (KPN_... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pgv
タイトルCrystal structure of a haloacid dehalogenase-like hydrolase (KPN_04322) from Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae MGH 78578 at 2.39 A resolution
要素haloacid dehalogenase-like hydrolase
キーワードHYDROLASE / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-BIOLOGY
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Hypothetical cof family signature 1. / Hypothetical Protein, Haloacid Dehalogenase-like Hydrolase; Chain: A; domain 2 - #10 / Cof family / Hypothetical cof family signature 2. / Hypothetical Protein, Haloacid Dehalogenase-like Hydrolase; Chain: A; domain 2 / HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIB / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily ...Hypothetical cof family signature 1. / Hypothetical Protein, Haloacid Dehalogenase-like Hydrolase; Chain: A; domain 2 - #10 / Cof family / Hypothetical cof family signature 2. / Hypothetical Protein, Haloacid Dehalogenase-like Hydrolase; Chain: A; domain 2 / HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIB / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Conserved protein, phosphatase-like domain
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a haloacid dehalogenase-like hydrolase (KPN_04322) from Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae MGH 78578 at 2.39 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2010年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月20日Group: Structure summary
改定 1.32023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: haloacid dehalogenase-like hydrolase
B: haloacid dehalogenase-like hydrolase
C: haloacid dehalogenase-like hydrolase
D: haloacid dehalogenase-like hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,59334
ポリマ－131,9944
非ポリマー2,59930
水7,710428
1
A: haloacid dehalogenase-like hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6799
ポリマ－32,9981
非ポリマー6818
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: haloacid dehalogenase-like hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4936
ポリマ－32,9981
非ポリマー4955
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: haloacid dehalogenase-like hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4936
ポリマ－32,9981
非ポリマー4955
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: haloacid dehalogenase-like hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,92813
ポリマ－32,9981
非ポリマー92912
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.569, 61.961, 169.407
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.190, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細CRYSTAL PACKING SUGGESTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS THE POSSIBLE OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION.

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
haloacid dehalogenase-like hydrolase / Conserved protein / phosphatase-like domain


分子量: 32998.426 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
株: MGH 78578 / 遺伝子: yigL, KPN78578_42660, KPN_04322 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: A6TGK6

-
非ポリマー , 5種, 458分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THE CONSTRUCT (RESIDUES 1-266) WAS EXPRESSED WITH AND CONTAINS A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG.

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.68 %
解説: DATA WERE SCALED USING XSCALE WITH FRIEDEL PAIRS KEPT AS SEPARATE WHEN COMPUTING R-SYM, COMPLETENESS AND
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 15.0% Glycerol, 8.50% iso-Propanol, 17.0% PEG-4000, 0.1M HEPES pH 7.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97849
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97849 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→46.778 Å / Num. obs: 48581 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 39.559 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 8.04
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.39-2.480.5381.811710508499.6
2.48-2.570.5372.515791438599.7
2.57-2.690.4763.323560499499.9
2.69-2.830.377422737478499.8
2.83-3.010.2525.723951495299.8
3.01-3.240.197.223242481199.6
3.24-3.570.12110.123832492299.4
3.57-4.080.07913.423385481499.1
4.08-5.120.06315.823509485198.6
5.120.07116.423896497496.8

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SHELX位相決定
BUSTER-TNTBUSTER 2.8.0精密化
XSCALEdata processing
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
BUSTER2.8.0精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.39→46.778 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9396 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9067 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: 1.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED ...詳細: 1.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 2.PROTEIN ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.3.4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID (EPE), GLYCEROL (GOL), AND 1,2 ETHANEDIOL (EDO) FROM THE CRYSTALLIZATION AND CRYOGENIC CONDITIONS HAVE BEEN MODELED INTO THE STRUCTURE. 4.A METAL ION WITHIN COORDINATION DISTANCE OF THE SIDECHAINS OF ASP 8, ASP 214, THE CARBONYL OXYGEN OF ASP 10, AND OXYGEN ATOMS OF GLYCEROL, AND 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID. IN SOME RELATED STRUCTURES, THIS METAL ION IS MODELED AS CALCIUM, AND IN OTHER RELATED STRUCTURES, IT IS MODELED AS MAGNESIUM. HERE THE METAL ION IS MODELD AS CALCIUM BASED ON A BETTER FIT TO ELECTRON DENSITY MAPS THAN THAT FOR MAGNESIUM. 5. NCS RESTRAINTS WERE APPLIED USING BUSTER'S LSSR RESTRAINT REPRESENTATION. 6. THE REFINEMENT WAS RESTRAINED AGAINST THE SAD PHASES.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2106 2450 5.04 %RANDOM
Rwork0.1666 ---
obs0.1688 48579 --
原子変位パラメータBiso max: 123.75 Å2 / Biso mean: 43.2808 Å2 / Biso min: 16.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.6179 Å20 Å20.9699 Å2
2---11.1832 Å20 Å2
3---2.5653 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.39→46.778 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8111 0 156 428 8695
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3029SINUSOIDAL8
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes224HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1244HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8491HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1063SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10001SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d8491HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg11463HARMONIC60.57
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.12
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.18
LS精密化 シェル解像度: 2.39→2.45 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2573 205 5.81 %
Rwork0.2133 3324 -
all0.2158 3529 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.57080.95890.55761.5798-0.06170.95120.0299-0.0908-0.35370.05-0.0226-0.035-0.03160.0601-0.0073-0.1964-0.03520.0230.03710.0565-0.1007-13.155245.431320.02
22.5983-0.4763-0.31650.38730.02861.603-0.0215-0.08450.13420.04220.0629-0.0619-0.023-0.0168-0.0414-0.07480.0799-0.0019-0.02240.0075-0.1067-31.498250.760162.5212
34.71621.8777-0.32451.615-0.42240.8790.1942-0.5152-0.26020.0943-0.2502-0.1482-0.03980.01990.056-0.2425-0.0764-0.0220.02260.0008-0.1783-42.30431.192719.1177
41.7325-1.1648-0.40641.30380.47071.08480.01310.09110.18540.02850-0.1440.01760.0401-0.0131-0.14450.0602-0.01090.08160.0057-0.1183-1.015434.64361.0768
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|*}A2 - 265
2X-RAY DIFFRACTION2{B|*}B1 - 266
3X-RAY DIFFRACTION3{C|*}C1 - 266
4X-RAY DIFFRACTION4{D|*}D1 - 266

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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