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- PDB-1wa5: Structure of the Cse1:Imp-alpha:RanGTP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wa5
タイトルStructure of the Cse1:Imp-alpha:RanGTP complex
要素
  • GTP-binding nuclear protein Ran
  • Importin alpha re-exporter
  • SRP1 isoform 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Cse1 / Importin-alpha / RanGTP / nuclear transport
機能・相同性
機能・相同性情報


proteasome localization / RISC complex binding / pre-miRNA binding / pre-miRNA export from nucleus / import into nucleus / snRNA import into nucleus / nuclear export signal receptor activity / NLS-dependent protein nuclear import complex / NLS-bearing protein import into nucleus / nuclear localization sequence binding ...proteasome localization / RISC complex binding / pre-miRNA binding / pre-miRNA export from nucleus / import into nucleus / snRNA import into nucleus / nuclear export signal receptor activity / NLS-dependent protein nuclear import complex / NLS-bearing protein import into nucleus / nuclear localization sequence binding / RISC complex / GTP metabolic process / protein targeting to membrane / nuclear import signal receptor activity / mitotic sister chromatid segregation / ribosomal subunit export from nucleus / protein export from nucleus / positive regulation of protein export from nucleus / small GTPase binding / protein import into nucleus / disordered domain specific binding / nuclear envelope / melanosome / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cell division / GTPase activity / protein-containing complex binding / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / magnesium ion binding / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Exportin-2, C-terminal / CAS/CSE protein, C-terminus / Exportin-2, central domain / Cse1 / Ran GTPase / Small GTPase Ran-type domain profile. / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta, N-terminal domain ...Exportin-2, C-terminal / CAS/CSE protein, C-terminus / Exportin-2, central domain / Cse1 / Ran GTPase / Small GTPase Ran-type domain profile. / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta, N-terminal domain / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Armadillo-like helical / Small GTP-binding protein domain / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / HLJ1_G0045170.mRNA.1.CDS.1 / Importin alpha re-exporter / GTP-binding nuclear protein Ran / Importin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Canis lupus familiaris (イヌ)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Stewart, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Human Frontier Science Program (HFSP)
引用ジャーナル: Nature / 年: 2004
タイトル: Structural basis for the assembly of a nuclear export complex.
著者: Matsuura, Y. / Stewart, M.
履歴
登録2004年10月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年11月4日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Other / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / atom_type / audit_author / audit_conform / citation / database_2 / database_PDB_matrix / diffrn / diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / exptl_crystal / exptl_crystal_grow / pdbx_audit_support / pdbx_database_related / pdbx_database_status / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / pdbx_xplor_file / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell / software / struct / struct_conf / struct_conn / struct_keywords / struct_mon_prot_cis / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _diffrn.ambient_temp / _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _diffrn_source.pdbx_wavelength / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly_seq.mon_id / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _exptl_crystal.density_Matthews / _exptl_crystal.density_percent_sol / _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.SG_entry / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[1][2] / _refine.aniso_B[1][3] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[2][3] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_R_free / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_R_Free_selection_details / _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF / _refine.pdbx_ls_sigma_F / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii / _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii / _refine.pdbx_starting_model / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine.solvent_model_param_bsol / _refine.solvent_model_param_ksol / _refine_hist.cycle_id / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _reflns.d_resolution_low / _reflns.observed_criterion_sigma_I / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI / _reflns.pdbx_redundancy / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs / _reflns_shell.number_unique_obs / _reflns_shell.pdbx_redundancy / _reflns_shell.percent_possible_all / _struct.pdbx_CASP_flag / _struct.pdbx_descriptor / _struct.title / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 2.12023年12月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTP-binding nuclear protein Ran
B: SRP1 isoform 1
C: Importin alpha re-exporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,2845
ポリマ－188,7363
非ポリマー5472
水12,755708
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11130 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area64070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)272.672, 72.261, 97.640
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.570, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-1406-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 GTP-binding nuclear protein Ran / GTPase Ran / Ras-like protein TC4 / Ras-related nuclear protein


分子量: 20210.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Canis lupus familiaris (イヌ) / 遺伝子: RAN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62825
#2: タンパク質 SRP1 isoform 1


分子量: 59072.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SRP1, GI526_G0004888 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6A5Q590, UniProt: Q02821*PLUS
#3: タンパク質 Importin alpha re-exporter / Chromosome segregation protein CSE1


分子量: 109453.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CSE1, YGL238W, HRC135 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P33307

-
非ポリマー , 3種, 710分子

#4: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 708 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.88 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 50mM TrisHCl, 200mM NaCl, 5mM Mg(OAc)2, .1mM GTP, 22% PEG3350 and 2% PEG400.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0055 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0055 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→34.923 Å / Num. obs: 120581 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / Rmerge(I) obs: 1.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 16799

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EE4 + 1IBR

1ee4

1ibr


解像度: 2→34.923 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2165 6086 5.05 %
Rwork0.1883 114465 -
obs0.1897 120551 93.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 215.48 Å2 / Biso mean: 52.499 Å2 / Biso min: 15.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→34.923 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12690 0 42 708 13440
Biso mean--26.33 42.93 -
残基数----1586
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2-2.02270.33871860.2994364290
2.0227-2.04650.29692110.2731358890
2.0465-2.07150.3091980.2604361489
2.0715-2.09770.30021970.2521364391
2.0977-2.12530.27742090.2429369891
2.1253-2.15440.27442190.228364892
2.1544-2.18520.26531710.2267375092
2.1852-2.21780.28781990.2344372292
2.2178-2.25240.35061800.3104374692
2.2524-2.28930.22712010.2146376493
2.2893-2.32880.27181920.2141382994
2.3288-2.37110.22351760.2009379594
2.3711-2.41670.21382150.1928384495
2.4167-2.46610.23842010.1935380194
2.4661-2.51970.22862070.1901386695
2.5197-2.57830.2272100.1979384595
2.5783-2.64270.23262020.1952386395
2.6427-2.71410.22892190.1919381895
2.7141-2.7940.2472380.1949384895
2.794-2.88410.23082130.1988386695
2.8841-2.98710.26882070.2048387596
2.9871-3.10670.211940.2389496
3.1067-3.2480.23682240.1923386396
3.248-3.41910.20852000.1944391996
3.4191-3.63310.20931980.1819394296
3.6331-3.91320.17931790.1629392596
3.9132-4.30640.18862060.1517391496
4.3064-4.92810.14782000.1373395196
4.9281-6.20320.18872250.1761396496
6.2032-34.9230.18492090.1737402895
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.16130.0782-0.13450.29740.05450.1778-0.0930.19970.155-0.15080.1069-0.0502-0.04470.28230.00670.4409-0.1614-0.08290.56860.1170.340934.853844.2132-27.2488
20.1484-0.12730.13670.3091-0.18920.1803-0.0743-0.2756-0.0744-0.27190.24350.12950.2129-0.39160.14840.344-0.0714-0.04960.57430.18140.23221.420423.3405-4.6016
30.085-0.0238-0.05770.13790.03270.1055-0.04910.0552-0.14360.14350.0359-0.0412-0.0160.0689-0.01310.30720.02620.00350.41660.17890.296725.082313.152418.8421
40.09340.01760.07220.01380.03220.2512-0.0155-0.23010.4069-0.09050.0211-0.085-0.15930.2788-0.00040.2753-0.0780.00650.3787-0.05760.36368.131928.472233.0516
50.9010.43930.29980.34530.4440.9771-0.22621.16170.28170.06820.2952-0.17830.16770.91450.07940.22430.01070.13060.81820.02780.009457.272112.80216.5848
60.27590.0303-0.31750.3123-0.54260.5756-0.07630.211-0.1364-0.22060.0702-0.21770.35660.14440.0020.3945-0.0310.08010.3044-0.06190.318328.6405-14.469516.5287
70.3656-0.08740.18050.5025-0.10050.5832-0.0061-0.0157-0.00580.08850.04130.01890.02340.01060.06130.1736-0.00740.01750.10330.00880.251516.022410.959946.874
80.33390.2209-0.0250.2773-0.18350.24110.01770.16220.0441-0.09830.015-0.0909-0.04040.115100.26690.00270.01310.18850.0010.27689.709235.244333.7029
90.28250.20240.04850.18760.12470.127-0.05760.3929-0.1277-0.0958-0.0580.22150.03450.0373-0.01180.33470.0045-0.07010.38490.03660.2983-2.315534.881522.7858
100.01080.01540.00070.01010.00270.0042-0.0561-0.1869-0.0966-0.076-0.0536-0.0343-0.14550.224-0.0010.17290.01130.00520.31490.03790.279162.24436.083342.272
110.0326-0.0095-0.01770.0059-0.010.0049-0.0149-0.11960.0274-0.183-0.07020.0038-0.11490.0573-00.2442-0.00830.01150.21680.0140.242648.33710.280945.3636
120.1150.0897-0.06950.0392-0.04550.11410.0275-0.3863-0.00090.1866-0.10260.1052-0.1280.23600.2552-0.0010.0110.32280.02110.311654.8238.607247.044
130.00990.0098-0.00140.0151-0.0120.0054-0.01270.11270.039-0.00710.08290.0471-0.14280.098100.3043-0.08470.01630.2765-0.01580.283155.889721.751735.4422
140.05340.0562-0.04450.05180.00830.0722-0.00720.0917-0.2652-0.05860.1405-0.01220.00470.0107-00.1906-0.0247-0.02660.20390.00330.20651.500211.519230.2975
150.0158-0.01110.0151-0.00370.00360.01120.01270.0743-0.0656-0.22340.1076-0.1356-0.02020.14330.00010.2396-0.01170.02850.2431-0.03510.3255.6734.925731.605
160.0099-0.00920.01680.0244-0.01560.023-0.03310.1652-0.0009-0.06590.2860.101-0.0559-0.0713-00.2854-0.0512-0.04350.27960.0060.308436.10925.553932.3619
170.05730.02930.01220.03240.02420.0163-0.1003-0.0053-0.2021-0.30050.16770.05810.10860.1532-00.3769-0.035-0.00730.2705-0.04250.382646.75161.080634.8539
180.0013-0.00240.01580.02290.04130.1248-0.12770.0247-0.23340.0667-0.0481-0.02320.23890.0633-0.02890.25870.11090.0420.22360.01380.464757.5399-5.855939.3848
190.002-0.03730.0444-0.0216-0.04650.03110.13510.1376-0.08620.05320.0254-0.0698-0.00430.0413-00.5805-0.0511-0.06630.82040.13210.563241.183931.5375-6.3281
200.06480.0089-0.01930.0041-0.00440.0477-0.15940.3286-0.2447-0.60230.3517-0.14460.07910.3297-00.8335-0.0590.07610.80710.02530.786550.487848.2583-43.3922
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 145 through 284 )B145 - 284
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 285 through 441 )B285 - 441
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 442 through 516 )B442 - 516
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 1 through 79 )C1 - 79
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 80 through 320 )C80 - 320
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 321 through 525 )C321 - 525
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 526 through 792 )C526 - 792
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 793 through 901 )C793 - 901
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 902 through 959 )C902 - 959
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 7 through 17 )A7 - 17
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 18 through 32 )A18 - 32
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 33 through 66 )A33 - 66
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 67 through 80 )A67 - 80
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 81 through 111 )A81 - 111
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 112 through 122 )A112 - 122
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 123 through 137 )A123 - 137
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 138 through 158 )A138 - 158
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'A' and (resid 159 through 176 )A159 - 176
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 11 through 88 )B11 - 88
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 89 through 144 )B89 - 144

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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