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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 1wa5 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structure of the Cse1:Imp-alpha:RanGTP complex | |||||||||
Components |
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Keywords | TRANSPORT PROTEIN / Cse1 / Importin-alpha / RanGTP / nuclear transport | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationproteasome localization / RISC complex binding / pre-miRNA binding / pre-miRNA export from nucleus / import into nucleus / snRNA import into nucleus / nuclear export signal receptor activity / NLS-dependent protein nuclear import complex / NLS-bearing protein import into nucleus / nuclear localization sequence binding ...proteasome localization / RISC complex binding / pre-miRNA binding / pre-miRNA export from nucleus / import into nucleus / snRNA import into nucleus / nuclear export signal receptor activity / NLS-dependent protein nuclear import complex / NLS-bearing protein import into nucleus / nuclear localization sequence binding / RISC complex / GTP metabolic process / nuclear import signal receptor activity / protein targeting to membrane / mitotic sister chromatid segregation / ribosomal subunit export from nucleus / protein export from nucleus / positive regulation of protein export from nucleus / small GTPase binding / protein import into nucleus / disordered domain specific binding / melanosome / nuclear envelope / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement / cell division / GTPase activity / GTP binding / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / magnesium ion binding / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | |||||||||
Authors | Stewart, M. | |||||||||
| Funding support | 1items
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Citation | Journal: Nature / Year: 2004Title: Structural basis for the assembly of a nuclear export complex. Authors: Matsuura, Y. / Stewart, M. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
|---|
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 1wa5.cif.gz | 940.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb1wa5.ent.gz | 790 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 1wa5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 1wa5_validation.pdf.gz | 774.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 1wa5_full_validation.pdf.gz | 789.7 KB | Display | |
| Data in XML | 1wa5_validation.xml.gz | 59.8 KB | Display | |
| Data in CIF | 1wa5_validation.cif.gz | 86.4 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/1wa5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/1wa5 | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
-
Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
| ||||||||
| Unit cell |
| ||||||||
| Components on special symmetry positions |
|
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Components
-Protein , 3 types, 3 molecules ABC
| #1: Protein | Mass: 20210.416 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
|---|---|
| #2: Protein | Mass: 59072.531 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: SRP1, GI526_G0004888 / Production host: ![]() |
| #3: Protein | Mass: 109453.500 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: CSE1, YGL238W, HRC135 / Production host: ![]() |
-Non-polymers , 3 types, 710 molecules 




| #4: Chemical | ChemComp-GTP / |
|---|---|
| #5: Chemical | ChemComp-MG / |
| #6: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.67 Å3/Da / Density % sol: 53.88 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.6 Details: 50mM TrisHCl, 200mM NaCl, 5mM Mg(OAc)2, .1mM GTP, 22% PEG3350 and 2% PEG400. |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 1.0055 Å |
| Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: May 12, 2004 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.0055 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2→34.923 Å / Num. obs: 120581 / % possible obs: 94.3 % / Redundancy: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 5.5 |
| Reflection shell | Resolution: 2→2.11 Å / Rmerge(I) obs: 1.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 16799 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 1EE4 + 1IBR Resolution: 2→34.923 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 22.08 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 215.48 Å2 / Biso mean: 52.499 Å2 / Biso min: 15.71 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2→34.923 Å
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Controller
About Yorodumi






X-RAY DIFFRACTION
Citation









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