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- PDB-1z3f: Structure of ellipticine in complex with a 6-bp DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1z3f
タイトルStructure of ellipticine in complex with a 6-bp DNA
要素5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*G)-3'
キーワードDNA / ANTICANCER / DNA BINDING / DRUG DESIGN / ELLIPTICINE / INTERCALATOR
機能・相同性: / ELLIPTICINE / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Canals, A. / Purciolas, M. / Aymami, J. / Coll, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: The anticancer agent ellipticine unwinds DNA by intercalative binding in an orientation parallel to base pairs.
著者: Canals, A. / Purciolas, M. / Aymami, J. / Coll, M.
履歴
登録2005年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,2907
ポリマ－3,6182
非ポリマー6715
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)24.860, 24.860, 78.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*G)-3'


分子量: 1809.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-EL / ELLIPTICINE / 5,11-ジメチル-2-アゾニア-6H-ピリド[4,3-b]カルバゾ-ル


分子量: 247.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H15N2 / コメント: alkaloid*YM
#3: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 23.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: MPD, sodium cacodylate, cobalt hexammine, sodium chloride, potassium chloride, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2sodium cacodylate11
3cobalt hexamine11
4sodium chloride11
5potassium chloride11
6H2O11
7MPD12
8sodium cacodylate12
9cobalt hexamine12
10potassium chloride12
11H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID13 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月14日 / 詳細: microfocus beamline
放射モノクロメーター: liq. N2 cooled Si-111 double monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→16.66 Å / Num. all: 4436 / Num. obs: 4420 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
ProDCデータ収集
XDSデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→16.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / SU B: 6.257 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24166 221 5 %RANDOM
Rwork0.22041 ---
all0.22 ---
obs0.2217 4197 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.952 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.19 Å20.6 Å20 Å2
2--1.19 Å20 Å2
3----1.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→16.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 240 41 27 308
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.021312
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5053476
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.246
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.02162
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1690.2107
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3350.2165
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2150.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1360.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0260.21
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0893590
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0534.5476
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr8.4653590
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free6.374330
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.1973278
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 16 -
Rwork0.24 317 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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