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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1z2a | ||||||
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タイトル | GDP-Bound Rab23 GTPase crystallized in P2(1)2(1)2(1) space group | ||||||
要素 | Ras-related protein Rab-23 | ||||||
キーワード | PROTEIN TRANSPORT / Rab GTPase / Rab23 / Vesicular trafficking | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 craniofacial suture morphogenesis / RAB geranylgeranylation / spinal cord dorsal/ventral patterning / dorsal/ventral neural tube patterning / regulation of smoothened signaling pathway / GTP metabolic process / embryonic digit morphogenesis / negative regulation of protein import into nucleus / autophagosome assembly / cellular defense response ...craniofacial suture morphogenesis / RAB geranylgeranylation / spinal cord dorsal/ventral patterning / dorsal/ventral neural tube patterning / regulation of smoothened signaling pathway / GTP metabolic process / embryonic digit morphogenesis / negative regulation of protein import into nucleus / autophagosome assembly / cellular defense response / endomembrane system / phagocytic vesicle / autophagosome / neural tube closure / negative regulation of proteolysis / intracellular protein transport / phagocytic vesicle membrane / nervous system development / endosome membrane / GTPase activity / GTP binding / signal transduction / proteolysis / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Eathiraj, S. / Pan, X. / Ritacco, C. / Lambright, D.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2005 タイトル: Structural basis of family-wide Rab GTPase recognition by rabenosyn-5. 著者: Eathiraj, S. / Pan, X. / Ritacco, C. / Lambright, D.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1z2a.cif.gz | 49.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1z2a.ent.gz | 33.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1z2a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1z2a_validation.pdf.gz | 776.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1z2a_full_validation.pdf.gz | 776.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1z2a_validation.xml.gz | 9.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1z2a_validation.cif.gz | 12.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/1z2a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/1z2a | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1yu9C 1yvdC 1yzkC 1yzlC 1yzmC 1yznC 1yzqC 1yztC 1yzuC 1z06C 1z07C 1z08C 1z0aC 1z0dC 1z0fC 1z0iC 1z0jC 1z0kC 1z22C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19066.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rab23 / プラスミド: pGEX4T1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) Codon Plus-RIL Cells / 参照: UniProt: P35288 |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-GDP / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.97 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 15% PEG 6000, 50mM Na acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年3月30日 |
放射 | モノクロメーター: Osmic mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 12482 / Num. obs: 12522 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 34.8 Å2 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 24.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.96 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique all: 834 / Rsym value: 0.268 / % possible all: 79.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Polyalanine Rab3a 解像度: 1.9→8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.189 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.353 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.902→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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