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- PDB-1z28: Crystal Structures of SULT1A2 and SULT1A1*3: Implications in the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1z28
タイトルCrystal Structures of SULT1A2 and SULT1A1*3: Implications in the bioactivation of N-hydroxy-2-acetylamino fluorine (OH-AAF)
要素Phenol-sulfating phenol sulfotransferase 1
キーワードTRANSFERASE / SULT1A1*3 / PAP / Plastic substrate binding pocket
機能・相同性
機能・相同性情報


flavonol 3-sulfotransferase activity / aryl sulfotransferase / steroid sulfotransferase activity / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate binding / aryl sulfotransferase activity / Cytosolic sulfonation of small molecules / flavonoid metabolic process / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate metabolic process / sulfation / ethanol catabolic process ...flavonol 3-sulfotransferase activity / aryl sulfotransferase / steroid sulfotransferase activity / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate binding / aryl sulfotransferase activity / Cytosolic sulfonation of small molecules / flavonoid metabolic process / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate metabolic process / sulfation / ethanol catabolic process / sulfotransferase activity / catecholamine metabolic process / amine metabolic process / Paracetamol ADME / estrogen metabolic process / xenobiotic metabolic process / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sulfotransferase domain / Sulfotransferase domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / Sulfotransferase 1A1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Lu, J. / Li, H. / Liu, M.C. / Zhang, J. / Li, M. / An, X. / Chang, W.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2010
タイトル: Crystal structures of SULT1A2 and SULT1A1 *3: insights into the substrate inhibition and the role of Tyr149 in SULT1A2.
著者: Lu, J. / Li, H. / Zhang, J. / Li, M. / Liu, M.Y. / An, X. / Liu, M.C. / Chang, W.
履歴
登録2005年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phenol-sulfating phenol sulfotransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6342
ポリマ－34,2071
非ポリマー4271
水3,189177
1
A: Phenol-sulfating phenol sulfotransferase 1
ヘテロ分子

A: Phenol-sulfating phenol sulfotransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,2694
ポリマ－68,4152
非ポリマー8542
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.240, 122.530, 43.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1133-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Phenol-sulfating phenol sulfotransferase 1 / SULT1A1*3


分子量: 34207.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX-2TK / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P50225, aryl sulfotransferase
#2: 化合物 ChemComp-A3P / ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / アデノシン3′,5′-ビスりん酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.99 %
結晶化温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 14.75% PEG 4000, 0.1M Mes, 20mM calcium acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 280K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / 波長: 0.888 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年12月11日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.888 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 17608 / Num. obs: 17608 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 30.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / Rmerge(I) obs: 0.312 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 857 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1LS6

1ls6


解像度: 2.3→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 1306 -RANDOM
Rwork0.193 ---
all0.216 17608 --
obs0.216 16900 94.3 %-
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.28 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2359 0 27 177 2563
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.26
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.38 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 103 -
Rwork0.231 --
obs-1395 80 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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