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- PDB-1z1b: Crystal structure of a lambda integrase dimer bound to a COC' cor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1z1b
タイトルCrystal structure of a lambda integrase dimer bound to a COC' core site
要素
  • (26-MER DNA) x 2
  • 29-MER DNA
  • 5'-D(*CP*T*CP*GP*TP*TP*CP*AP*GP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
  • 5'-D(*TP*TP*TP*AP*TP*AP*CP*TP*AP*AP*GP*TP*TP*GP*GP*CP*AP*T)-3'
  • Integrase
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


provirus excision / integrase activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / transferase activity / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity ...provirus excision / integrase activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / transferase activity / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / symbiont entry into host cell / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Integrase, lambda-type, N-terminal DNA-binding / Bacteriophage lambda integrase, Arm DNA-binding domain / Phage integrase, N-terminal SAM-like domain / : / Integrase, SAM-like, N-terminal / Intergrase catalytic core / Tyrosine recombinase, N-terminal domain / hpI Integrase; Chain A / Phage integrase family / Core-binding (CB) domain ...Integrase, lambda-type, N-terminal DNA-binding / Bacteriophage lambda integrase, Arm DNA-binding domain / Phage integrase, N-terminal SAM-like domain / : / Integrase, SAM-like, N-terminal / Intergrase catalytic core / Tyrosine recombinase, N-terminal domain / hpI Integrase; Chain A / Phage integrase family / Core-binding (CB) domain / Core-binding (CB) domain profile. / Integrase, catalytic domain / Tyrosine recombinase domain profile. / Integrase/recombinase, N-terminal / Integrase-like, catalytic domain superfamily / DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core / Classic Zinc Finger / DNA-binding domain superfamily / Double Stranded RNA Binding Domain / DNA polymerase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Integrase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage lambda (λファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Biswas, T. / Aihara, H. / Radman-Livaja, M. / Filman, D. / Landy, A. / Ellenberger, T.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2005
タイトル: A structural basis for allosteric control of DNA recombination by lambda integrase.
著者: Biswas, T. / Aihara, H. / Radman-Livaja, M. / Filman, D. / Landy, A. / Ellenberger, T.
履歴
登録2005年3月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42022年4月13日Group: Structure summary / カテゴリ: entity / Item: _entity.pdbx_description
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*CP*T*CP*GP*TP*TP*CP*AP*GP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
D: 5'-D(*TP*TP*TP*AP*TP*AP*CP*TP*AP*AP*GP*TP*TP*GP*GP*CP*AP*T)-3'
E: 29-MER DNA
F: 26-MER DNA
G: 26-MER DNA
A: Integrase
B: Integrase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,5727
ポリマ－115,5727
非ポリマー00
水00
1
C: 5'-D(*CP*T*CP*GP*TP*TP*CP*AP*GP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
D: 5'-D(*TP*TP*TP*AP*TP*AP*CP*TP*AP*AP*GP*TP*TP*GP*GP*CP*AP*T)-3'
E: 29-MER DNA
F: 26-MER DNA
G: 26-MER DNA
A: Integrase
B: Integrase

C: 5'-D(*CP*T*CP*GP*TP*TP*CP*AP*GP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
D: 5'-D(*TP*TP*TP*AP*TP*AP*CP*TP*AP*AP*GP*TP*TP*GP*GP*CP*AP*T)-3'
E: 29-MER DNA
F: 26-MER DNA
G: 26-MER DNA
A: Integrase
B: Integrase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)231,14414
ポリマ－231,14414
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.599, 211.278, 191.704
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細The biological assembly is a tetramer generated from the dimer in the asymmetric unit by the operations: X-1, -Y, -Z

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要素

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DNA鎖 , 5種, 5分子 CDEFG

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*T*CP*GP*TP*TP*CP*AP*GP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'


分子量: 4227.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*TP*TP*TP*AP*TP*AP*CP*TP*AP*AP*GP*TP*TP*GP*GP*CP*AP*T)-3'


分子量: 5520.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 29-MER DNA


分子量: 8943.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: DNA鎖 26-MER DNA


分子量: 7949.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#5: DNA鎖 26-MER DNA


分子量: 8024.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#6: タンパク質 Integrase


分子量: 40453.215 Da / 分子数: 2 / Mutation: E174K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage lambda (λファージ)
属: Lambda-like viruses / 遺伝子: INT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: P03700

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: PEG4000, Sodium citrate, isopropanol, DTT, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG40011
2Sodium citrate11
3isopropanol11
4DTT11
5H2O11
6PEG40012
7Sodium citrate12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月13日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.65→50 Å / Num. all: 22756 / Num. obs: 22529 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 3.65→3.78 Å / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
TRUNCATEデータ削減
SHARP位相決定
REFMAC5.1精密化
HKL-2000データ削減
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 3.8→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.296 963 random
Rwork0.248 --
all0.248 20004 -
obs0.248 19646 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5454 2199 0 0 7653
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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