[日本語] English
万見
- PDB-1yzx: Crystal structure of human kappa class glutathione transferase -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yzx
タイトルCrystal structure of human kappa class glutathione transferase
要素Glutathione S-transferase kappa 1
キーワードTRANSFERASE / GLUTATHIONE SULFINATE / PEROXIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Glutathione conjugation / glutathione peroxidase activity / glutathione transferase / peroxisomal matrix / glutathione transferase activity / epithelial cell differentiation / glutathione metabolic process / Peroxisomal protein import / peroxisome / mitochondrial matrix ...Glutathione conjugation / glutathione peroxidase activity / glutathione transferase / peroxisomal matrix / glutathione transferase activity / epithelial cell differentiation / glutathione metabolic process / Peroxisomal protein import / peroxisome / mitochondrial matrix / mitochondrion / extracellular exosome / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase kappa / HCCA isomerase/glutathione S-transferase kappa / : / DSBA-like thioredoxin domain / DSBA-like thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L-GAMMA-GLUTAMYL-3-SULFINO-L-ALANYLGLYCINE / Glutathione S-transferase kappa 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Li, J. / Xia, Z. / Ding, J.
引用ジャーナル: PROTEIN SCI. / 年: 2005
タイトル: Thioredoxin-like domain of human kappa class glutathione transferase reveals sequence homology and structure similarity to the theta class enzyme
著者: Li, J. / Xia, Z. / Ding, J.
履歴
登録2005年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42017年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_DOI
改定 1.52024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Glutathione S-transferase kappa 1
B: Glutathione S-transferase kappa 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7364
ポリマ－51,0582
非ポリマー6792
水3,225179
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4390 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area18460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.275, 118.274, 52.591
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.67, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Glutathione S-transferase kappa 1 / KAPPA CLASS GLUTATHIONE TRANSFERASE / GST 13-13 / Glutathione S-transferase subunit 13 / GST class- ...KAPPA CLASS GLUTATHIONE TRANSFERASE / GST 13-13 / Glutathione S-transferase subunit 13 / GST class-kappa / GSTK1-1 / hGSTK1 / HDCMD47P


分子量: 25528.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET22b(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y2Q3, glutathione transferase
#2: 化合物 ChemComp-GSF / L-GAMMA-GLUTAMYL-3-SULFINO-L-ALANYLGLYCINE / GLUTATHIONE SULFINATE / グルタチオンスルフィン酸


分子量: 339.322 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O8S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 8000, PEG 1000, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→30 Å / Num. all: 48767 / Num. obs: 48426 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 29.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047
反射 シェル解像度: 1.86→1.93 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.383 / Num. unique all: 4581 / % possible all: 93.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
MAR345データ収集
AUTOMARデータ削減
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.93→29.57 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 203599.31 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.204 4376 10 %RANDOM
Rwork0.18 ---
all0.182 43966 --
obs0.182 43643 99.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.6873 Å2 / ksol: 0.311111 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 37.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.59 Å20 Å24.34 Å2
2---5.38 Å20 Å2
3----0.21 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→29.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3490 0 44 179 3713
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.71
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.331.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.072
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.312
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.532.5
LS精密化 シェル解像度: 1.93→2 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 411 9.6 %
Rwork0.241 3870 -
obs-4281 98.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3GSF.PARAMGSF.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る