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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1yzh | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Conserved Hypothetical Protein, Methyltransferase from Streptococcus pneumoniae TIGR4 | ||||||
![]() | tRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / methyltransferase / alpha-beta-alpha sandwich / S-adenosylmethionine-dependent / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of the Conserved Methyltransferase from Streptococcus pneumoniae TIGR4 著者: Kim, Y. / Li, H. / Collart, F. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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Remark 300 | BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 ...BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). THE AUTHORS STATE THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS NOT CONFIRMED BY EXPERIMENT BUT IS MOST LIKELY A MONOMER AS SEEN IN OTHER SIMILAR METHYLTRANSFERASES (BY SEQUENCE AND STRUCTURES). |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 99.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 80.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 446.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 450.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24870.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: trmB, SP0550 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P67506, tRNA (guanine46-N7)-methyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-GOL / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: Citrate, PEG3000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月22日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.02→36.5 Å / Num. all: 32537 / Num. obs: 31802 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 8.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.02→2.09 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.194 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 2390 / % possible all: 74.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: CNS 1.1 was also used in refinement. Hydrogens have been added in the riding positions.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.733 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.02→36.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.022→2.075 Å / Total num. of bins used: 20 /
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