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万見
- PDB-1yun: Crystal Structure of Nicotinic Acid Mononucleotide Adenylyltransf... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yun
タイトルCrystal Structure of Nicotinic Acid Mononucleotide Adenylyltransferase from Pseudomonas aeruginosa
要素Probable nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / alpha/beta domain
機能・相同性
機能・相同性情報


nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase activity / nicotinate-nucleotide adenylyltransferase / nicotinate-nucleotide adenylyltransferase activity / NAD+ biosynthetic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Nicotinate/nicotinamide nucleotide adenylyltransferase / Cytidylyltransferase-like / Cytidyltransferase-like domain / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Probable nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Yoon, H.J. / Kim, H.L. / Mikami, B. / Suh, S.W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of nicotinic acid mononucleotide adenylyltransferase from Pseudomonas aeruginosa in its Apo and substrate-complexed forms reveals a fully open conformation
著者: Yoon, H.J. / Kim, H.L. / Mikami, B. / Suh, S.W.
履歴
登録2005年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
Remark 300BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAINS. ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAINS. THE BIOLOGICAL UNIT IS NOT ASSIGNED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
B: Probable nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1885
ポリマ－54,1502
非ポリマー1,0393
水4,612256
1
A: Probable nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5822
ポリマ－27,0751
非ポリマー5071
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Probable nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6063
ポリマ－27,0751
非ポリマー5312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.189, 65.199, 110.121
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number17
Space group name H-MP2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-376-

HOH

21B-517-

HOH

詳細The biological assembly is a dimer generated from the dimer in the asymmetric unit by the operations: (-x, -y, 1/2+z), (-x, y, 1/2-z) and (x, -y, -z)

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要素

#1: タンパク質 Probable nicotinate-nucleotide adenylyltransferase / nicotinic acid mononucleotide adenylyltransferase / NaMN AT / Deamido-NAD+ / pyrophosphorylase / ...nicotinic acid mononucleotide adenylyltransferase / NaMN AT / Deamido-NAD+ / pyrophosphorylase / Deamido-NAD+ / diphosphorylase / Nicotinate mononucleotide adenylyltransferase / NaMN adenylyltransferase


分子量: 27074.783 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: nadD (PA4006) / プラスミド: pET-28b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3)
参照: UniProt: Q9HX21, nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.7 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: bis-tris propane, trisodium citrate, glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-18B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月24日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Ge(111) crystals / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→50 Å / Num. all: 272399 / Num. obs: 272302 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 1.88→1.95 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.351 / Num. unique all: 3488 / % possible all: 90.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXモデル構築
SHELXL-97精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXL精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: apo model of nadD

解像度: 2→15 Å / Num. parameters: 14688 / Num. restraintsaints: 14285 / 交差検証法: THROUGHOUT
詳細: THIS IS A TWINNED STRUCTURE. THE TWINNING OPERATOR IS (H,K,L) -> (k, h, -l) AND THE TWINNING FRACTION IS 0.49865
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2429 1594 5.1 %RANDOM
Rwork0.1715 ---
all-30716 --
obs-30716 95 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 8 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 3614
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3337 0 75 256 3668
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.024
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0272
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.032
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.042
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.105
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RworkRefine-IDNum. reflection obsTotal num. of bins used% reflection obs (%)
2-2.110.216X-RAY DIFFRACTION4719999.81
2.11-2.20.195X-RAY DIFFRACTION3226999.94
2.2-2.30.178X-RAY DIFFRACTION2247975.84
2.3-2.40.167X-RAY DIFFRACTION2547999.92
2.4-2.60.156X-RAY DIFFRACTION3954999.97
2.6-30.152X-RAY DIFFRACTION4601989.46
3-40.158X-RAY DIFFRACTION5596999.95
4-80.165X-RAY DIFFRACTION3355990.68
8-150.313X-RAY DIFFRACTION471979.97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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