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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ytf | ||||||
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タイトル | YEAST TFIIA/TBP/DNA COMPLEX | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION/DNA / TRANSCRIPTION REGULATION / DNA / COMPLEX / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() TFIIA-class transcription factor complex binding / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / regulation of transcription by RNA polymerase III / transcription factor TFIIA complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / DNA binding, bending / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter ...TFIIA-class transcription factor complex binding / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / regulation of transcription by RNA polymerase III / transcription factor TFIIA complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / DNA binding, bending / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA Polymerase I Promoter Escape / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Estrogen-dependent gene expression / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / TBP-class protein binding / DNA-templated transcription initiation / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription coregulator activity / disordered domain specific binding / DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tan, S. / Hunziker, Y. / Sargent, D.F. / Richmond, T.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a yeast TFIIA/TBP/DNA complex. 著者: Tan, S. / Hunziker, Y. / Sargent, D.F. / Richmond, T.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 104.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 76.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 398.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 408.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-DNA鎖 , 2種, 2分子 EF
#1: DNA鎖 | 分子量: 4920.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 4871.202 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#3: タンパク質 | 分子量: 20120.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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-PROTEIN (TRANSCRIPTION FACTOR IIA - ... , 3種, 3分子 BCD
#4: タンパク質 | 分子量: 6135.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 解説: RECONSTITUTED FROM 3 INDIVIDUALLY OVEREXPRESSED POLYPEPTIDES; 発現宿主: ![]() ![]() |
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#5: タンパク質 | 分子量: 8915.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
#6: タンパク質 | 分子量: 13341.874 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 45 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 5.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
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検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年8月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 22476 / % possible obs: 97.2 % / Rmerge(I) obs: 0.05 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 97.2 % / Num. measured all: 196513 / Rmerge(I) obs: 0.05 |
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解析
ソフトウェア | 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.5→6 Å / σ(F): 2 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 21.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→6 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 6 Å / σ(F): 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |