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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1yrm | ||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal Structure of an RNA duplex containing site specific 2'-amine substitutions at a C-A mismatch | ||||||||||||||||||
![]() | DNA/RNA (5'-R(*![]() RNA / 2'-AMINE / DUPLEX / MISMATCH | 機能・相同性 | STRONTIUM ION / DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10) | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() Gherghe, C.M. / Krahn, J.M. / Weeks, K.M. | ![]() ![]() タイトル: Crystal structures, reactivity and inferred acylation transition States for 2'-amine substituted RNA. 著者: Gherghe, C.M. / Krahn, J.M. / Weeks, K.M. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 37.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 25.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 387.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 387.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1yy0C ![]() 1yzdC ![]() 1z79C ![]() 1z7fC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: DNA/RNAハイブリッド | 分子量: 5081.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.65 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: MPD, cacodylate, spermidine, strontium chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 273K | ||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年3月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→21.5 Å / Num. all: 5573 / Num. obs: 5305 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 13.09 % / Biso Wilson estimate: 39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 17.19 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.255 / Mean I/σ(I) obs: 3.77 / Num. unique all: 395 / Rsym value: 0.187 / % possible all: 75.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: NDB ENTRY AR0002 解像度: 2.5→7.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Data cutoff high absF: 696091 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.6756 Å2 / ksol: 0.228829 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→7.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.65 Å / Rfactor Rfree error: 0.058 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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