PDB-1yqg: Crystal structure of a pyrroline-5-carboxylate reductase from nei...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1yqg

タイトル

Crystal structure of a pyrroline-5-carboxylate reductase from neisseria meningitides mc58

要素

pyrroline-5-carboxylate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / PYRROLINE-5-CARBOXYLATE REDUCTASE / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

pyrroline-5-carboxylate reductase / pyrroline-5-carboxylate reductase activity / L-proline biosynthetic process / nucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Chang, C. / Joachimiak, A. / Li, H. / Collart, F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Crystal Structures of Delta(1)-Pyrroline-5-carboxylate Reductase from Human Pathogens Neisseria meningitides and Streptococcus pyogenes
著者: Nocek, B. / Chang, C. / Li, H. / Lezondra, L. / Holzle, D. / Collart, F. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2005年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2005年2月8日	ID: 1XC2
改定 1.0	2005年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1yqg.cif.gz	69 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1yqg.ent.gz	51.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1yqg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1yqg_validation.pdf.gz	437.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1yqg_full_validation.pdf.gz	441.2 KB	表示
XML形式データ	1yqg_validation.xml.gz	16.9 KB	表示
CIF形式データ	1yqg_validation.cif.gz	23.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yq/1yqg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yq/1yqg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ag8C 2ahrC 2amfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ag8-1 2r98-d 5fmq-d 5uaw-3 5h3s-1 3js3-1 6z9k-d 5tef-d 5h3t-4 5h3t-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC28591

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: pyrroline-5-carboxylate reductase

ヘテロ分子

28.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: pyrroline-5-carboxylate reductase

ヘテロ分子

A: pyrroline-5-carboxylate reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.526, 49.845, 65.534
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-453- HOH

詳細

The second part of the biological assembly is generated by operation of 1-x, 1-y, Z

#1: タンパク質	pyrroline-5-carboxylate reductase 分子量: 28799.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) 株: MC58 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9K1N1
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.9 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: AMMONIUM SULFATE, HEPES, PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97984, 0.97970

検出器

タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月23日

放射

モノクロメーター: double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97984	1
2	0.9797	1

反射

解像度: 1.61→50 Å / Num. all: 38574 / Num. obs: 26616 / % possible obs: 69 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.5 % / R_merge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 24.66

反射シェル

解像度: 1.61→1.67 Å / % possible all: 0.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 6.742 / SU ML: 0.104 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24059	1205	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19495	-	-	-
all	0.19727	22585	-	-
obs	0.19727	22303	98.75 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.446 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.03 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.36 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1980	0	5	248	2233

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	2008
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.516	1.969	2703
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.567	5	262
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.068	23.218	87
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.056	15	355
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.031	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	305
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1500
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.241	0.2	1002
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.298	0.2	1424
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.206	0.2	214
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.238	0.2	121
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.337	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.092	1.5	1326
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.584	2	2044
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.881	3	763
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.276	4.5	659
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.4	80	-
R_work	0.258	1449	-
obs	-	-	88.43 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 29.29 Å / Origin y: 31.383 Å / Origin z: 15.071 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0465 Å²	0.0213 Å²	-0.0338 Å²	-	-0.0788 Å²	0.0289 Å²	-	-	-0.1388 Å²
L	1.8334 °²	-1.1992 °²	-0.6702 °²	-	1.4158 °²	0.4983 °²	-	-	1.5468 °²
S	0.1052 Å °	0.0914 Å °	-0.0979 Å °	-0.154 Å °	-0.0472 Å °	0.1431 Å °	-0.1772 Å °	-0.2228 Å °	-0.0579 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 106	1 - 106
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	107 - 151	107 - 151
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	152 - 186	152 - 186
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	187 - 211	187 - 211
5	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	212 - 224	212 - 224
6	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	225 - 263	225 - 263

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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