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万見
- PDB-2amf: Crystal structure of 1-Pyrroline-5-Carboxylate Reductase from Hum... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2amf
タイトルCrystal structure of 1-Pyrroline-5-Carboxylate Reductase from Human Pathogen Streptococcus Pyogenes
要素1-Pyrroline-5-Carboxylate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / 1-Pyrroline-5-Reductase / Pyrroline-5-Carboxylate Reductase / Pyrroline Reductase / Proline biosynthesis / NAD(P)binding protein / Rossmann Fold / Domain swapping / human pathogen / Streptococcus pyogenes / Structural Genomics / MCSG / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrroline-5-carboxylate reductase / pyrroline-5-carboxylate reductase activity / L-proline biosynthetic process / nucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ProC C-terminal domain-like / ProC C-terminal domain-like fold / Pyrroline-5-carboxylate reductase / Pyrroline-5-carboxylate reductase, dimerisation domain / Pyrroline-5-carboxylate reductase dimerisation / Pyrroline-5-carboxylate reductase, catalytic, N-terminal / NADP oxidoreductase coenzyme F420-dependent / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily ...ProC C-terminal domain-like / ProC C-terminal domain-like fold / Pyrroline-5-carboxylate reductase / Pyrroline-5-carboxylate reductase, dimerisation domain / Pyrroline-5-carboxylate reductase dimerisation / Pyrroline-5-carboxylate reductase, catalytic, N-terminal / NADP oxidoreductase coenzyme F420-dependent / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROLINE / : / Pyrroline-5-carboxylate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / isomorphous to 2AHR / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Nocek, B. / Lezondra, L. / Holzle, D. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Crystal Structures of Delta(1)-Pyrroline-5-carboxylate Reductase from Human Pathogens Neisseria meningitides and Streptococcus pyogenes
著者: Nocek, B. / Chang, C. / Li, H. / Lezondra, L. / Holzle, D. / Collart, F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2005年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.42023年8月23日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1-Pyrroline-5-Carboxylate reductase
B: 1-Pyrroline-5-Carboxylate reductase
C: 1-Pyrroline-5-Carboxylate reductase
D: 1-Pyrroline-5-Carboxylate reductase
E: 1-Pyrroline-5-Carboxylate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,29120
ポリマ－138,0255
非ポリマー1,26615
水13,313739
1
A: 1-Pyrroline-5-Carboxylate reductase
B: 1-Pyrroline-5-Carboxylate reductase
C: 1-Pyrroline-5-Carboxylate reductase
D: 1-Pyrroline-5-Carboxylate reductase
E: 1-Pyrroline-5-Carboxylate reductase
ヘテロ分子

A: 1-Pyrroline-5-Carboxylate reductase
B: 1-Pyrroline-5-Carboxylate reductase
C: 1-Pyrroline-5-Carboxylate reductase
D: 1-Pyrroline-5-Carboxylate reductase
E: 1-Pyrroline-5-Carboxylate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)278,58240
ポリマ－276,05010
非ポリマー2,53330
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area58140 Å2
ΔGint-601 kcal/mol
Surface area88170 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)171.822, 109.960, 84.158
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.38, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-4447-

HOH

21E-4501-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 256 / Label seq-ID: 4 - 259

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE

-
要素

#1: タンパク質
1-Pyrroline-5-Carboxylate reductase


分子量: 27604.986 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
株: M1 GAS / 遺伝子: proC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: GenBank: 13621418, UniProt: Q9A1S9*PLUS, aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+]
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-PRO / PROLINE / プロリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 739 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細PRO 4240, 4330 and NA 850 are associated with protein chain A PRO 4241, 4331 and NA 851 are ...PRO 4240, 4330 and NA 850 are associated with protein chain A PRO 4241, 4331 and NA 851 are associated with protein chain B PRO 4242, 4332 and NA 852 are associated with protein chain C PRO 4243, 4333 and NA 853 are associated with protein chain D PRO 4244, 4334 and NA 854 are associated with protein chain E

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 3.5 M sodium formate, pH 7.0, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月3日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 80125 / Num. obs: 78923 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.061
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.326 / % possible all: 92.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
SBC-CollectCollectデータ収集
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: isomorphous to 2AHR
開始モデル: pdb entry 2AHR

2ahr


解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 9.766 / SU ML: 0.131 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / σ(F): 0 / ESU R: 0.22 / ESU R Free: 0.181 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21542 3930 5 %RANDOM
Rwork0.17333 ---
all0.17549 78246 --
obs0.17549 74316 99.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 35.756 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.2 Å20 Å20.25 Å2
2---0.43 Å20 Å2
3----1.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9619 0 85 739 10443
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0229835
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3291.99713294
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.70251282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.7625.706326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.936151807
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1121530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.21642
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.026977
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.24919
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2950.26915
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.2748
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5011.56471
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.953210421
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.79933379
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9564.52873
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1911 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.480.5
2Bmedium positional0.40.5
3Cmedium positional0.450.5
4Dmedium positional0.430.5
5Emedium positional0.370.5
1Amedium thermal0.562
2Bmedium thermal0.532
3Cmedium thermal0.652
4Dmedium thermal0.512
5Emedium thermal0.662
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.258 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 238 -
Rwork0.222 5041 -
obs--90.67 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4036-0.2328-0.32690.1980.01770.7225-0.02470.0389-0.05890.02050.0484-0.0202-0.0709-0.1083-0.0237-0.04390.0075-0.00890.0071-0.0197-0.010348.608784.444254.6274
20.00550.05730.01570.69150.44570.86190.06510.057-0.04190.0731-0.11740.031-0.0876-0.08610.05230.02440.00750.0048-0.0461-0.00250.008766.5381117.894156.4079
30.85960.1229-0.26080.34010.03270.9010.04250.34510.1023-0.0749-0.02370.0758-0.1324-0.302-0.01890.01260.092-0.01950.12540.01830.045960.0807110.51523.9959
40.09030.1363-0.07570.30810.21631.1347-0.07090.01750.0748-0.02350.0123-0.03450.1246-0.15650.0586-0.0274-0.03380.00540.0104-0.0165-0.014955.164473.090923.4475
50.0252-0.0783-0.14450.33370.3251.0001-0.0112-0.03430.0777-0.0123-0.0096-0.03040.09120.10510.02080.01410.02380.0119-0.0550.0268-0.03489.40956.479126.6516
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 2564 - 259
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 2564 - 259
3X-RAY DIFFRACTION3CC1 - 2564 - 259
4X-RAY DIFFRACTION4DD1 - 2564 - 259
5X-RAY DIFFRACTION5EE1 - 2564 - 259

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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