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万見
- PDB-1yo7: Re-engineering topology of the homodimeric ROP protein into a sin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yo7
タイトルRe-engineering topology of the homodimeric ROP protein into a single-chain 4-helix bundle
要素Regulatory protein rop
キーワードREPLICATION REGULATOR / Protein design / re-engineering of topology / four-helix bundle
機能・相同性Regulatory protein Rop / Rop-like superfamily / Rop protein / Alpha-catenin/vinculin-like / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha / identical protein binding / Regulatory protein rop
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 単一同系置換, モデル構築 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Sagermann, M. / Emery, S.C. / Sander, C.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Re-engineering topology of the homodimeric ROP protein into a single-chain 4-helix bundle.
著者: Sagermann, M. / Emery, S.C. / Sander, C.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987
タイトル: Structure of the ColE1 rop protein at 1.7 A resolution
著者: Banner, D.W. / Kokkinidis, M. / Tsernoglou, D.
履歴
登録2005年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年8月2日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 999SEQUENCE Residues 1-56 were taken from wild type ROP (except for R55S), a new Loop-B (residues ...SEQUENCE Residues 1-56 were taken from wild type ROP (except for R55S), a new Loop-B (residues KKNGQI) was added, then residues 32-56 were added subsequently followed by the new Loop-C (sequence GGS). Finally, wild type ROP residues 3-29 and a terminal AKG sequence were added.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulatory protein rop
B: Regulatory protein rop
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4563
ポリマ－27,3912
非ポリマー651
水37821
1
A: Regulatory protein rop
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7612
ポリマ－13,6951
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Regulatory protein rop


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6951
ポリマ－13,6951
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.607, 52.830, 50.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.99, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Regulatory protein rop / RNA one modulator / ROM


分子量: 13695.465 Da / 分子数: 2 / 変異: R55S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
解説: The gene for LMROP2 was artificially assembled using cassette mutagenesis and c loned into the expression vector
遺伝子: rop / プラスミド: pEX70 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli K12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: P03051
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 10% PEG 2000, 50mM Tris-HCl pH6.6, 40mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年7月4日
放射モノクロメーター: Graphite, NI Filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→26.4 Å / Num. all: 5376 / Num. obs: 5376 / % possible obs: 87.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 12.74 Å2
反射 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Num. unique all: 783 / Rsym value: 0.11 / % possible all: 85

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
MLPHARE位相決定
CNS精密化
AMoRE位相決定
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換, モデル構築
開始モデル: PDb entry 1ROP

1rop


解像度: 2.8→26.4 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Data were collected from very flat, plate-like crystals. Only partially occupied platinum atoms could be used to calculate preliminary phases. These initial HA positions were used in ...詳細: Data were collected from very flat, plate-like crystals. Only partially occupied platinum atoms could be used to calculate preliminary phases. These initial HA positions were used in combination with molecular replacement to determine the structure.
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.31 495 random
Rwork0.216 --
all0.224 5376 -
obs0.224 5376 -
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.85 Å24.27 Å21.58 Å2
2--0 Å21.11 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.52 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.59 Å0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→26.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1910 0 1 21 1932
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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