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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1yo7 | ||||||
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タイトル | Re-engineering topology of the homodimeric ROP protein into a single-chain 4-helix bundle | ||||||
要素 | Regulatory protein rop | ||||||
キーワード | REPLICATION REGULATOR / Protein design / re-engineering of topology / four-helix bundle | ||||||
機能・相同性 | Regulatory protein Rop / Rop-like superfamily / Rop protein / Alpha-catenin/vinculin-like / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha / identical protein binding / Regulatory protein rop 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 単一同系置換, モデル構築 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Sagermann, M. / Emery, S.C. / Sander, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Re-engineering topology of the homodimeric ROP protein into a single-chain 4-helix bundle. 著者: Sagermann, M. / Emery, S.C. / Sander, C. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987 タイトル: Structure of the ColE1 rop protein at 1.7 A resolution 著者: Banner, D.W. / Kokkinidis, M. / Tsernoglou, D. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE Residues 1-56 were taken from wild type ROP (except for R55S), a new Loop-B (residues ...SEQUENCE Residues 1-56 were taken from wild type ROP (except for R55S), a new Loop-B (residues KKNGQI) was added, then residues 32-56 were added subsequently followed by the new Loop-C (sequence GGS). Finally, wild type ROP residues 3-29 and a terminal AKG sequence were added. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1yo7.cif.gz | 57.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1yo7.ent.gz | 42.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1yo7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1yo7_validation.pdf.gz | 436.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1yo7_full_validation.pdf.gz | 445.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1yo7_validation.xml.gz | 11.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1yo7_validation.cif.gz | 14.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/1yo7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/1yo7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1ropS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13695.465 Da / 分子数: 2 / 変異: R55S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 解説: The gene for LMROP2 was artificially assembled using cassette mutagenesis and c loned into the expression vector 遺伝子: rop / プラスミド: pEX70 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli K12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: P03051 #2: 化合物 | ChemComp-ZN / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.81 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: 10% PEG 2000, 50mM Tris-HCl pH6.6, 40mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年7月4日 |
放射 | モノクロメーター: Graphite, NI Filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→26.4 Å / Num. all: 5376 / Num. obs: 5376 / % possible obs: 87.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 12.74 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.98 Å / Num. unique all: 783 / Rsym value: 0.11 / % possible all: 85 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単一同系置換, モデル構築 開始モデル: PDb entry 1ROP 解像度: 2.8→26.4 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Data were collected from very flat, plate-like crystals. Only partially occupied platinum atoms could be used to calculate preliminary phases. These initial HA positions were used in ...詳細: Data were collected from very flat, plate-like crystals. Only partially occupied platinum atoms could be used to calculate preliminary phases. These initial HA positions were used in combination with molecular replacement to determine the structure.
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原子変位パラメータ |
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→26.4 Å
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拘束条件 |
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