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- PDB-1yk9: Crystal structure of a mutant form of the mycobacterial adenylyl ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yk9
タイトルCrystal structure of a mutant form of the mycobacterial adenylyl cyclase Rv1625c
要素Adenylate cyclase
キーワードLYASE / beta-alpha-beta sandwich / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


receptor guanylyl cyclase signaling pathway / peptide receptor activity / cGMP biosynthetic process / guanylate cyclase activity / adenylate cyclase / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / membrane => GO:0016020 / manganese ion binding / intracellular signal transduction ...receptor guanylyl cyclase signaling pathway / peptide receptor activity / cGMP biosynthetic process / guanylate cyclase activity / adenylate cyclase / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / membrane => GO:0016020 / manganese ion binding / intracellular signal transduction / magnesium ion binding / signal transduction / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / MASE7 / : / Nucleotide cyclase, GGDEF domain / Adenylyl cyclase class-4/guanylyl cyclase, conserved site / Guanylate cyclase signature. / Adenylyl- / guanylyl cyclase, catalytic domain / Adenylate and Guanylate cyclase catalytic domain / Adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase / Guanylate cyclase domain profile. ...: / MASE7 / : / Nucleotide cyclase, GGDEF domain / Adenylyl cyclase class-4/guanylyl cyclase, conserved site / Guanylate cyclase signature. / Adenylyl- / guanylyl cyclase, catalytic domain / Adenylate and Guanylate cyclase catalytic domain / Adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase / Guanylate cyclase domain profile. / Nucleotide cyclase / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Adenylate cyclase / Adenylate cyclase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Ketkar, A.D. / Shenoy, A.R. / Ramagopal, U.A. / Visweswariah, S.S. / Suguna, K. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: A Structural Basis for the Role of Nucleotide Specifying Residues in Regulating the Oligomerization of the Rv1625c Adenylyl Cyclase from M.tuberculosis
著者: Ketkar, A.D. / Shenoy, A.R. / Ramagopal, U.A. / Visweswariah, S.S. / Suguna, K.
履歴
登録2005年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenylate cyclase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3721
ポリマ－22,3721
非ポリマー00
水1,27971
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.020, 71.020, 43.739
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Adenylate cyclase / ATP pyrophosphate-lyase / Adenylyl cyclase


分子量: 22372.295 Da / 分子数: 1 / 断片: Rv1625c catalytic domain / 変異: K296E, F363R, D365C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: Rv1625c / プラスミド: pRSET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: O30820, UniProt: P9WQ35*PLUS, adenylate cyclase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 8000, Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月1日
放射モノクロメーター: sagitally focusing Si(111) crystals
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→19.98 Å / Num. all: 6356 / Num. obs: 6355 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 9.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.65→2.74 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 628 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→19.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 2007090.86 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 582 9.6 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.205 6079 99.3 %-
all-6345 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 300 Å2 / ksol: 1.16565 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3 Å20 Å20 Å2
2--0.13 Å20 Å2
3---0.17 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.41 Å0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1410 0 0 71 1481
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.16
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it4.81.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it7.442
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it8.072
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it9.782.5
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.039 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.388 98 9.7 %
Rwork0.236 912 -
obs-912 100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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