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- PDB-1yf9: Structural analysis of Leishmania major ubiquitin conjugating enz... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yf9
タイトルStructural analysis of Leishmania major ubiquitin conjugating enzyme E2
要素Ubiquitin carrier protein 4
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / SGPP / PSI / Protein Structure Initiative / ubiquitin conjugating enzyme / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


ubiquitin-protein ligase / ligase activity / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein polyubiquitination / ubiquitin-dependent protein catabolic process / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative ubiquitin carrier protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania major (大形リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural Analysis of Leishmania major ubiquitin conjugating enzyme E2
著者: Bosch, J. / Hol, W.G.J.
履歴
登録2004年12月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE A database reference sequence for ubiquitin carrier protein 4 can be found at GeneDB, ID LmjF32.0700.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin carrier protein 4
B: Ubiquitin carrier protein 4
C: Ubiquitin carrier protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6959
ポリマ－58,4823
非ポリマー2136
水5,332296
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4640 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area22830 Å2
手法PISA
2
A: Ubiquitin carrier protein 4
B: Ubiquitin carrier protein 4
C: Ubiquitin carrier protein 4
ヘテロ分子

A: Ubiquitin carrier protein 4
B: Ubiquitin carrier protein 4
C: Ubiquitin carrier protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,38918
ポリマ－116,9646
非ポリマー42512
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area13860 Å2
ΔGint-160 kcal/mol
Surface area41070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.448, 114.448, 139.547
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41A
51B
61C
12B
22C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ASNASNASPASP2AA14 - 8614 - 86
211ASNASNASPASP2BB14 - 8614 - 86
311ASNASNASPASP2CC14 - 8614 - 86
421SERSERPROPRO2AA91 - 17091 - 170
521SERSERPROPRO2BB91 - 17091 - 170
621SERSERPROPRO2CC91 - 17091 - 170
112GLUGLUGLYGLY1BB87 - 9087 - 90
212GLUGLUGLYGLY1CC87 - 9087 - 90

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Ubiquitin carrier protein 4


分子量: 19493.941 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア)
解説: T7 system / プラスミド: PET14B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21STAR(DE3) / 参照: UniProt: Q4Q5L3
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 3 M Sodium chloride 0.1 M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.97957, 0.95372, 0.97975
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月9日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979571
20.953721
30.979751
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 54915 / Num. obs: 54915 / % possible obs: 91.67 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 37.14 Å2 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2→2.108 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 5243 / Rsym value: 0.818 / % possible all: 61.17

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 6.324 / SU ML: 0.092 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21039 2919 5 %RANDOM
Rwork0.18486 ---
all0.18613 54915 --
obs0.18613 54915 91.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.006 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.45 Å20 Å20 Å2
2---0.45 Å20 Å2
3---0.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3882 0 6 296 4184
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0224160
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1531.9485682
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4285474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.49523.114228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.48815683
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6491542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2612
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023275
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1870.21709
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.22812
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1280.2286
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.210.276
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1870.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.21242504
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.93164029
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.00161872
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.937101653
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A612tight positional0.050.05
12B612tight positional0.040.05
13C612tight positional0.060.05
21B30tight positional0.030.05
11A586medium positional0.320.5
12B586medium positional0.330.5
13C586medium positional0.350.5
11A612tight thermal0.110.5
12B612tight thermal0.10.5
13C612tight thermal0.110.5
21B30tight thermal0.160.5
11A586medium thermal0.762
12B586medium thermal0.732
13C586medium thermal0.772
LS精密化 シェル解像度: 2→2.108 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 293 -
Rwork0.258 5243 -
obs--61.17 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.6585-0.42340.86251.3106-0.0041.13950.077-0.26780.08180.16910.0476-0.14580.02150.0486-0.1245-0.2367-0.0161-0.0356-0.0825-0.1148-0.168226.23625.25616.702
26.03951.8502-0.80344.4323-0.15841.99670.0042-0.5143-0.8880.4641-0.072-0.24740.49980.03610.06780.0250.0527-0.046-0.13020.0604-0.065319.583-6.11714.786
32.3213-0.4651-0.26184.52151.23251.5710.0192-0.3621-0.00450.1855-0.11790.06060.1823-0.16820.0987-0.2709-0.0550.05870.0241-0.0604-0.2325-4.40715.53617.766
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA13 - 17013 - 170
2X-RAY DIFFRACTION2BB11 - 17011 - 170
3X-RAY DIFFRACTION3CC13 - 17113 - 171

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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