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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yf1
タイトルStructural and biochemical analysis of the link between enzymatic activity and oligomerization in AhpC, a bacterial peroxiredoxin.
要素Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
キーワードOXIDOREDUCTASE / peroxiredoxin / AhpC / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
機能・相同性
機能・相同性情報


NADH-dependent peroxiredoxin / NADH-dependent peroxiredoxin activity / thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alkyl hydroperoxide reductase subunit C / : / Peroxiredoxin, AhpC-type / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin ...Alkyl hydroperoxide reductase subunit C / : / Peroxiredoxin, AhpC-type / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alkyl hydroperoxide reductase C
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Parsonage, D. / Youngblood, D.S. / Sarma, G.N. / Wood, Z.A. / Karplus, P.A. / Poole, L.B.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Analysis of the Link between Enzymatic Activity and Oligomeric State in AhpC, a Bacterial Peroxiredoxin.
著者: Parsonage, D. / Youngblood, D.S. / Sarma, G.N. / Wood, Z.A. / Karplus, P.A. / Poole, L.B.
履歴
登録2004年12月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32012年5月9日Group: Structure summary
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
B: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
C: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
D: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
E: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
F: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
G: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
H: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
I: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
J: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,41511
ポリマ－206,39210
非ポリマー231
水14,880826
1
A: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
B: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
C: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
D: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
E: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
ヘテロ分子

A: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
B: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
C: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
D: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
E: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,43812
ポリマ－206,39210
非ポリマー462
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-x+2,-y+1,z1
Buried area18360 Å2
ΔGint-148 kcal/mol
Surface area65600 Å2
手法PISA, PQS
2
F: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
G: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
H: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
I: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
J: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,1965
ポリマ－103,1965
非ポリマー00
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18420 Å2
ΔGint-152 kcal/mol
Surface area66150 Å2
手法PISA
3
F: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
G: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
H: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
I: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
J: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

F: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
G: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
H: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
I: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
J: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,39210
ポリマ－206,39210
非ポリマー00
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)136.350, 169.960, 117.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-6001-

NA

21F-1501-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Alkyl hydroperoxide reductase subunit C / Alkyl hydroperoxide reductase protein C22


分子量: 20639.215 Da / 分子数: 10 / 変異: T77V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: ahpC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A251, peroxiredoxin
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 826 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.75 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: PEG 3350, citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月31日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.6→100 Å / Num. all: 79146 / Num. obs: 79146 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / % possible all: 92.2

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→100 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Waters have been sorted by chain contact and electron density. The water number thousandth place indicates the protein chain it is in contact with (A=1, B=2, etc.) and within each series an ...詳細: Waters have been sorted by chain contact and electron density. The water number thousandth place indicates the protein chain it is in contact with (A=1, B=2, etc.) and within each series an increase in number corresponds to a decrease in average peak density of equivalent waters from different chains. The waters in the second pentamer are numbered by adding 500 to the corresponding water in the first pentamer. For instance, water 2005 is in contact with chain B and is equivalent to waters 1005, 3005, 4005, 5005, 1505, 2505, 3505, 4505, and 5505 (chains A, C, D, E, F, G, H, I, and J respectively). The relatively low number, 5, indicates that these waters have a rather high density.
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2375 7964 Random
Rwork0.1811 --
all0.1811 79146 -
obs0.1811 79146 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12992 0 1 826 13819
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.00973
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.45957

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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