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- PDB-1yef: STRUCTURE OF IGG2A FAB FRAGMENT (D2.3) COMPLEXED WITH SUBSTRATE A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yef
タイトルSTRUCTURE OF IGG2A FAB FRAGMENT (D2.3) COMPLEXED WITH SUBSTRATE ANALOGUE
要素(IGG2A FAB FRAGMENT) x 2
キーワードCATALYTIC ANTIBODY
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / antibacterial humoral response
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PARA-NITROBENZYL GLUTARYL GLYCINIC ACID / : / Ig gamma-2A chain C region, A allele
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Gigant, B. / Knossow, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1997
タイトル: X-ray structures of a hydrolytic antibody and of complexes elucidate catalytic pathway from substrate binding and transition state stabilization through water attack and product release.
著者: Gigant, B. / Charbonnier, J.B. / Eshhar, Z. / Green, B.S. / Knossow, M.
履歴
登録1997年5月29日処理サイト: BNL
改定 1.01997年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / software / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: IGG2A FAB FRAGMENT
H: IGG2A FAB FRAGMENT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,04211
ポリマ－48,1952
非ポリマー8479
水2,882160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.200, 78.200, 158.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: 抗体 IGG2A FAB FRAGMENT


分子量: 24005.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: STRUCTURE OF IGG2A FAB FRAGMENT (D2.3) / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: PIR: S16112
#2: 抗体 IGG2A FAB FRAGMENT


分子量: 24189.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: STRUCTURE OF IGG2A FAB FRAGMENT (D2.3) / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01863
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-PNC / PARA-NITROBENZYL GLUTARYL GLYCINIC ACID


分子量: 323.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H17N3O6
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCES OF THE CONSTANT DOMAINS OF THE HEAVY CHAINS (RESIDUES H 106 - H 223) AND OF THE LIGHT ...THE SEQUENCES OF THE CONSTANT DOMAINS OF THE HEAVY CHAINS (RESIDUES H 106 - H 223) AND OF THE LIGHT CHAINS (RESIDUES L 107 - L 214) HAVE NOT BEEN DETERMINED FOR THIS IMMUNOGLOBULIN. THEY HAVE BEEN ASSIGNED THE CONSENSUS SEQUENCE FOR THE CONSTANT DOMAIN OF MOUSE KAPPA LIGHT CHAIN AND FOR THE FIRST CONSTANT DOMAIN OF MOUSE GROUP 2A HEAVY CHAINS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.8 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: HANGING DROP METHOD. PRECIPITANT: 30% (W/V) PEG 600, 100MM CACODYLATE PH7.5, 40MM ZN ACETATE., vapor diffusion - hanging drop
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15-10 mg/mlprotein1drop
2100 mMcacodylate1drop
340 mMzinc acetate1reservoir
435 %(w/v)PEG6001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 278 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.94
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年2月22日 / 詳細: BENT MIRROR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.94 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 38114 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.4 % / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.301 / % possible all: 98.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 89942 / Rmerge(I) obs: 0.055
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.7 % / Rmerge(I) obs: 0.301

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLM5.2データ削減
Agrovataデータ削減
X-PLOR3.84モデル構築
X-PLOR3.84精密化
Agrovataデータスケーリング
X-PLOR3.84位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YEC

1yec


解像度: 2→7 Å / σ(F): 2
詳細: RESIDUES 212 - 214 OF THE LIGHT CHAIN AND 127 - 134 OF THE HEAVY CHAIN ARE POORLY DEFINED BY THE ELECTRON DENSITY.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 1865 5 %
Rwork0.199 --
obs0.199 36515 98.8 %
原子変位パラメータBiso mean: 29 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å / Luzzati d res low obs: 7 Å / Luzzati sigma a obs: 0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3384 0 31 160 3575
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.715
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d28.62
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.431
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2→2.09 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 222 5 %
Rwork0.288 4203 -
obs--98.7 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.84 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28.626
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.431

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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