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- PDB-1yee: STRUCTURE OF A CATALYTIC ANTIBODY, IGG2A FAB FRAGMENT (D2.5) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yee
タイトルSTRUCTURE OF A CATALYTIC ANTIBODY, IGG2A FAB FRAGMENT (D2.5)
要素(IGG2A FAB FRAGMENT (D2.5)) x 2
キーワードCATALYTIC ANTIBODY / TRANSITION STATE ANALOGUE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of B cell activation / phagocytosis, recognition / early endosome to late endosome transport / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin complex, circulating / phagocytosis, engulfment / endosome to lysosome transport ...positive regulation of B cell activation / phagocytosis, recognition / early endosome to late endosome transport / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin complex, circulating / phagocytosis, engulfment / endosome to lysosome transport / antigen processing and presentation / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of endocytosis / regulation of proteolysis / complement activation, classical pathway / antigen binding / multivesicular body / positive regulation of phagocytosis / response to bacterium / positive regulation of immune response / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-NITRO-BENZYLPHOSPHONOBUTANOYL-GLYCINE / : / Immunoglobulin heavy constant gamma 2A
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Golinelli-Pimpaneau, B. / Knossow, M.
引用ジャーナル: Science / 年: 1997
タイトル: Structural convergence in the active sites of a family of catalytic antibodies.
著者: Charbonnier, J.B. / Golinelli-Pimpaneau, B. / Gigant, B. / Tawfik, D.S. / Chap, R. / Schindler, D.G. / Kim, S.H. / Green, B.S. / Eshhar, Z. / Knossow, M.
履歴
登録1997年4月15日処理サイト: BNL
改定 1.01997年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: IGG2A FAB FRAGMENT (D2.5)
H: IGG2A FAB FRAGMENT (D2.5)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3903
ポリマ－48,0302
非ポリマー3601
水1,67593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4850 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area19010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.930, 76.980, 45.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.68, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 IGG2A FAB FRAGMENT (D2.5)


分子量: 24065.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: TRANSITION STATE ANALOGUE / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: PIR: S16112
#2: 抗体 IGG2A FAB FRAGMENT (D2.5)


分子量: 23964.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: TRANSITION STATE ANALOGUE / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01865
#3: 化合物 ChemComp-PNB / 4-NITRO-BENZYLPHOSPHONOBUTANOYL-GLYCINE


分子量: 360.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H17N2O8P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.48 %
結晶化pH: 5.6 / 詳細: pH 5.6
結晶化
*PLUS
手法: unknown

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データ収集

回折平均測定温度: 280 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: D41A / 波長: 1.375
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年9月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.375 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 21342 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.083

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLM5.2データ削減
CCP4データ削減
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
CCP4データスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YEC

1yec


解像度: 2.2→7 Å / σ(F): 2
詳細: RESIDUES POORLY DEFINED BY THE ELECTRON DENSITY: CHAIN L: 213 - 214 CHAIN H: 129 - 132
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 -4.9 %
Rwork0.204 --
obs0.204 77209 95 %
原子変位パラメータBiso mean: 20 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3380 0 24 93 3497
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.89
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d28.79
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.56
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28.79
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.56

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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