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- PDB-1ycg: X-ray Structures of Moorella thermoacetica FprA. Novel Diiron Sit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ycg
タイトルX-ray Structures of Moorella thermoacetica FprA. Novel Diiron Site Structure and Mechanistic Insights into a Scavenging Nitric Oxide Reductase
要素Nitric oxide reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Nitric oxide / reductase / diiron site
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素 / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / FMN binding / electron transfer activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rubredoxin-oxygen oxidoreductase / ODP domain / ODP family beta lactamase / Flavodoxin domain / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Flavodoxin ...Rubredoxin-oxygen oxidoreductase / ODP domain / ODP family beta lactamase / Flavodoxin domain / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Flavoprotein-like superfamily / 4-Layer Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MU-OXO-DIIRON / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Nitric oxide reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Moorella thermoacetica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Silaghi-Dumitrescu, R. / Kurtz, D.M. / Lanzilotta, W.N.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: X-ray crystal structures of Moorella thermoacetica FprA. Novel diiron site structure and mechanistic insights into a scavenging nitric oxide reductase.
著者: Silaghi-Dumitrescu, R. / Kurtz Jr, D.M. / Ljungdahl, L.G. / Lanzilotta, W.N.
履歴
登録2004年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32016年9月21日Group: Other
改定 1.42018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52024年12月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitric oxide reductase
B: Nitric oxide reductase
C: Nitric oxide reductase
D: Nitric oxide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,37930
ポリマ－176,8794
非ポリマー3,50026
水2,378132
1
A: Nitric oxide reductase
B: Nitric oxide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,25516
ポリマ－88,4402
非ポリマー1,81514
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6500 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area29120 Å2
手法PISA
2
C: Nitric oxide reductase
D: Nitric oxide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,12414
ポリマ－88,4402
非ポリマー1,68512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6650 Å2
ΔGint-142 kcal/mol
Surface area29140 Å2
手法PISA
3
A: Nitric oxide reductase
B: Nitric oxide reductase
ヘテロ分子

A: Nitric oxide reductase
B: Nitric oxide reductase
ヘテロ分子

C: Nitric oxide reductase
D: Nitric oxide reductase
ヘテロ分子

C: Nitric oxide reductase
D: Nitric oxide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)360,75860
ポリマ－353,7588
非ポリマー7,00052
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_554y,x,-z-11
crystal symmetry operation4_565y+1/2,-x+3/2,z+1/41
crystal symmetry operation5_653-x+3/2,y+1/2,-z-5/41
Buried area35900 Å2
ΔGint-582 kcal/mol
Surface area106930 Å2
手法PISA
4
A: Nitric oxide reductase
B: Nitric oxide reductase
ヘテロ分子

A: Nitric oxide reductase
B: Nitric oxide reductase
ヘテロ分子

C: Nitric oxide reductase
D: Nitric oxide reductase
ヘテロ分子

C: Nitric oxide reductase
D: Nitric oxide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)360,75860
ポリマ－353,7588
非ポリマー7,00052
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_554y,x,-z-11
crystal symmetry operation4_565y+1/2,-x+3/2,z+1/41
crystal symmetry operation5_653-x+3/2,y+1/2,-z-5/41
Buried area38310 Å2
ΔGint-1214 kcal/mol
Surface area106090 Å2
手法PISA
5
A: Nitric oxide reductase
B: Nitric oxide reductase
ヘテロ分子

C: Nitric oxide reductase
D: Nitric oxide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,37930
ポリマ－176,8794
非ポリマー3,50026
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_653-x+3/2,y+1/2,-z-5/41
Buried area18770 Å2
ΔGint-597 kcal/mol
Surface area53420 Å2
手法PISA
6
C: Nitric oxide reductase
ヘテロ分子

B: Nitric oxide reductase
ヘテロ分子

A: Nitric oxide reductase
D: Nitric oxide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,37930
ポリマ－176,8794
非ポリマー3,50026
水724
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation5_653-x+3/2,y+1/2,-z-5/41
crystal symmetry operation5_643-x+3/2,y-1/2,-z-5/41
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11790 Å2
ΔGint-564 kcal/mol
Surface area60410 Å2
手法PISA
7


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13940 Å2
ΔGint-290 kcal/mol
Surface area57480 Å2
手法PISA
8
B: Nitric oxide reductase
ヘテロ分子

D: Nitric oxide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,19015
ポリマ－88,4402
非ポリマー1,75013
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_653-x+3/2,y+1/2,-z-5/41
Buried area5450 Å2
ΔGint-291 kcal/mol
Surface area30870 Å2
手法PISA
9
A: Nitric oxide reductase
ヘテロ分子

C: Nitric oxide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,19015
ポリマ－88,4402
非ポリマー1,75013
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_653-x+3/2,y+1/2,-z-5/41
Buried area5340 Å2
ΔGint-253 kcal/mol
Surface area30540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.680, 159.680, 278.136
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細There are two copies of the biological (functional) dimer in the asymmetric unit the first is monomers A & B, and the second is monomers C & D

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Nitric oxide reductase / Type A flavoprotein fprA / FMN- protein fprA / Flavoprotein A


分子量: 44219.773 Da / 分子数: 4 / 断片: Scavenging Nitric Oxide Reducatase / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Moorella thermoacetica (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9FDN7, 酸化還元酵素

-
非ポリマー , 5種, 158分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-FEO / MU-OXO-DIIRON


分子量: 127.689 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2O
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: liquid diffusion / pH: 6.5
詳細: 10 % PEG 3000, 200 mM Zinc acetate, 100 mM cacodylate buffer pH 6.5, LIQUID DIFFUSION, temperature 25K

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月17日
放射モノクロメーター: ALS Beamline 5.0.1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 88949 / Num. obs: 88890 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 51.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.08
反射 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.8→49.71 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 3137495.55 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 4459 5 %RANDOM
Rwork0.227 ---
all0.227 88949 --
obs0.227 88890 99.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 21.5213 Å2 / ksol: 0.307672 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 56.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.01 Å20 Å20 Å2
2---2.05 Å20 Å2
3---3.06 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.49 Å0.44 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→49.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12460 0 166 132 12758
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.32
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 694 4.8 %
Rwork0.333 13913 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2FMN_FEO.PARAMFMN_FEO.TOP
X-RAY DIFFRACTION3EGL.PAREGL.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION5ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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