[日本語] English
万見
- PDB-1y65: Crystal structure of beta-hexosaminidase from Vibrio cholerae in ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y65
タイトルCrystal structure of beta-hexosaminidase from Vibrio cholerae in complex with N-acetyl-D-glucosamine to a resolution of 1.85
要素Beta-hexosaminidase
キーワードHYDROLASE / beta-alpha barrel / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan turnover / beta-N-acetylhexosaminidase / beta-N-acetylhexosaminidase activity / : / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / carbohydrate metabolic process / cell division / response to antibiotic / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Beta-hexosaminidase, bacterial / : / Glycoside hydrolase, family 3, active site / Glycosyl hydrolases family 3 active site. / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 3 N terminal domain / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel ...Beta-hexosaminidase, bacterial / : / Glycoside hydrolase, family 3, active site / Glycosyl hydrolases family 3 active site. / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 3 N terminal domain / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-hexosaminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Gorman, J. / Shapiro, L. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of beta-hexosaminidase from Vibrio cholerae in complex with N-acetyl-D-glucosamine to a resolution of 1.85
著者: Gorman, J. / Shapiro, L.
履歴
登録2004年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52021年2月3日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / chem_comp
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _chem_comp.pdbx_synonyms
改定 1.62023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Beta-hexosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0872
ポリマ－37,8661
非ポリマー2211
水8,395466
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.524, 81.203, 86.495
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Beta-hexosaminidase / N-acetyl-beta-glucosaminidase / Beta-N-acetylhexosaminidase


分子量: 37865.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: nagZ / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9KU37, beta-N-acetylhexosaminidase
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 466 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 17% PEG 20,000, 0.1 M BisTris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月1日
放射モノクロメーター: KOHZU double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→20 Å / Num. all: 29853 / Num. obs: 29405 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Χ2: 1.012 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / Rmerge(I) obs: 0.272 / Mean I/σ(I) obs: 2.67 / Num. unique all: 2617 / Χ2: 1.058 / % possible all: 89.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMACrefmac_5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT1.502データ抽出
DENZOデータ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TR9

1tr9


解像度: 1.85→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 2.852 / SU ML: 0.087 / SU R Cruickshank DPI: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.209 1494 5.1 %RANDOM
Rwork0.157 ---
all0.16 29853 --
obs0.157 29328 98.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.767 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.63 Å20 Å20 Å2
2--1.99 Å20 Å2
3----1.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2559 0 15 466 3040
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.01326270.022
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.00123970.02
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.435521.96
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.09455573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8743295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.16312624.127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.23144115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3241915
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0933850.2
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.00529630.02
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0015320.02
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.215870.2
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.19225240.2
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.17212590.2
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.09113730.2
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1553450.2
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.08210.2
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.144180.2
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.252540.2
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.171270.2
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.07421121.5
X-RAY DIFFRACTIONMAIN-CHAIN BOND OTHER ATOMS (A**2)0.1856761.5
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.10526012
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.28911383
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.119514.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.851-1.8990.2941020.2331769187187.43
1.899-1.950.289990.204197793.343
1.95-2.0060.2751170.208199998.328
2.006-2.0670.2981100.198197999.198
2.067-2.1340.211020.155187199.792
2.134-2.2080.1911050.1461896100
2.208-2.2910.19920.154179199.611
2.291-2.3830.246850.149172599.884
2.383-2.4870.199720.151676100
2.487-2.6070.202740.153162299.815
2.607-2.7450.235730.1541509100
2.745-2.9080.191670.1471466100
2.908-3.1040.219600.151376100
3.104-3.3460.216720.1551283100
3.346-3.6550.177600.1431202100
3.655-4.070.154610.132109499.909
4.07-4.6670.145430.12396399.793
4.667-5.640.183390.15885399.883
5.64-7.6770.252430.189681100
7.677-200.204180.19544998.899

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る