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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1y5k | ||||||
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タイトル | T-To-T(High) quaternary transitions in human hemoglobin: betaD99A deoxy low-salt (10 test sets) | ||||||
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![]() | TRANSPORT PROTEIN / HEMOGLOBIN MUTANT / GLOBIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() nitric oxide transport / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / regulation of blood pressure / platelet aggregation / Chaperone Mediated Autophagy / peroxidase activity / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / ficolin-1-rich granule lumen / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kavanaugh, J.S. / Rogers, P.H. / Arnone, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystallographic evidence for a new ensemble of ligand-induced allosteric transitions in hemoglobin: the T-to-T(high) quaternary transitions. 著者: Kavanaugh, J.S. / Rogers, P.H. / Arnone, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 127.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 100.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 36.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1xxtC ![]() 1xy0C ![]() 1xz5C ![]() 1xz7C ![]() 1xzuC ![]() 1xzvC ![]() 1y09C ![]() 1y0aC ![]() 1y0cC ![]() 1y0dC ![]() 1y0tC ![]() 1y0wSC ![]() 1y22C ![]() 1y2zC ![]() 1y31C ![]() 1y35C ![]() 1y45C ![]() 1y46C ![]() 1y4bC ![]() 1y4fC ![]() 1y4gC ![]() 1y4pC ![]() 1y4qC ![]() 1y4rC ![]() 1y4vC ![]() 1y5fC ![]() 1y5jC ![]() 1y7cC ![]() 1y7dC ![]() 1y7gC ![]() 1y7zC ![]() 1y83C ![]() 1y85C ![]() 1y8wC ![]() 1ydzC ![]() 1ye0C ![]() 1ye1C ![]() 1ye2C ![]() 1yenC ![]() 1yeoC ![]() 1yeqC ![]() 1yeuC ![]() 1yevC ![]() 1yg5C ![]() 1ygdC ![]() 1ygfC ![]() 1yh9C ![]() 1yheC ![]() 1yhrC ![]() 1yieC ![]() 1yihC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | the crystallographic asymmetric unit in this entry is an alpha2beta2 tetramer. the crystallographic asymmetric unit and the biological unit are equivalent |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15150.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 15878.255 Da / 分子数: 2 / Mutation: V1M, D99A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #3: 化合物 | ChemComp-HEM / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.48 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: バッチ法 / pH: 7 詳細: 10% PEG 6000, 10 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 3 mM sodium dithionite, 10 mg/ml Hb, pH 7.0, batch, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年5月5日 / 詳細: OSMIC MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: OSMIC MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 26819 / % possible obs: 80.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 9.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.38 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.222 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 2292 / % possible all: 35.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1Y0W 解像度: 2.2→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 10.663 / SU ML: 0.256 / 交差検証法: THROUGHOUT and local R-free / σ(F): 0 / ESU R: 0.465 / ESU R Free: 0.26 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.367 Å / Total num. of bins used: 7 /
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