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万見
- PDB-1y4m: Crystal structure of human endogenous retrovirus HERV-FRD envelop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y4m
タイトルCrystal structure of human endogenous retrovirus HERV-FRD envelope protein (syncitin-2)
要素HERV-FRD_6p24.1 provirus ancestral Env polyprotein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Coat protein / membrane fusion / endogenous retrovirus
機能・相同性
機能・相同性情報


syncytium formation by plasma membrane fusion / syncytium formation / myoblast fusion / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ENV polyprotein (coat polyprotein) / TLV/ENV coat polyprotein / Helix Hairpins - #210 / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Renard, M. / Varela, P.F. / Letzelter, C. / Duquerroy, S. / Rey, F.A. / Heidmann, T.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of a pivotal domain of human syncytin-2, a 40 million years old endogenous retrovirus fusogenic envelope gene captured by primates.
著者: Renard, M. / Varela, P.F. / Letzelter, C. / Duquerroy, S. / Rey, F.A. / Heidmann, T.
履歴
登録2004年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HERV-FRD_6p24.1 provirus ancestral Env polyprotein
B: HERV-FRD_6p24.1 provirus ancestral Env polyprotein
C: HERV-FRD_6p24.1 provirus ancestral Env polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4054
ポリマ－17,3693
非ポリマー351
水1,820101
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5490 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area8710 Å2
手法PISA
2
A: HERV-FRD_6p24.1 provirus ancestral Env polyprotein
B: HERV-FRD_6p24.1 provirus ancestral Env polyprotein
C: HERV-FRD_6p24.1 provirus ancestral Env polyprotein
ヘテロ分子

A: HERV-FRD_6p24.1 provirus ancestral Env polyprotein
B: HERV-FRD_6p24.1 provirus ancestral Env polyprotein
C: HERV-FRD_6p24.1 provirus ancestral Env polyprotein
ヘテロ分子

A: HERV-FRD_6p24.1 provirus ancestral Env polyprotein
B: HERV-FRD_6p24.1 provirus ancestral Env polyprotein
C: HERV-FRD_6p24.1 provirus ancestral Env polyprotein
ヘテロ分子

A: HERV-FRD_6p24.1 provirus ancestral Env polyprotein
B: HERV-FRD_6p24.1 provirus ancestral Env polyprotein
C: HERV-FRD_6p24.1 provirus ancestral Env polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,61916
ポリマ－69,47712
非ポリマー1424
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area27010 Å2
ΔGint-268 kcal/mol
Surface area29260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.404, 90.404, 38.654
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-117-

HOH

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要素

#1: タンパク質 HERV-FRD_6p24.1 provirus ancestral Env polyprotein / Envelope polyprotein / HERV-FRD / Syncytin 2 / UNQ6191/PRO20218


分子量: 5789.728 Da / 分子数: 3
断片: Ectodomain of the transmembrane subunit (residues 391-443).
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERVFRDE1 / プラスミド: pET28(+)b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P60508
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.275 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.99 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: Sodium Chloride, Sodium Acetate tri-hydrate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.95375 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月28日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95375 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.53→50 Å / Num. obs: 22623 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 21.2 Å2
反射 シェル解像度: 1.53→1.58 Å / % possible all: 75.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1MOF

1mof


解像度: 1.6→31.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1074573.66 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 1998 10 %RANDOM
Rwork0.248 ---
all0.262 23835 --
obs0.248 19988 96 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.2406 Å2 / ksol: 0.383905 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 29.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.44 Å20 Å20 Å2
2---7.44 Å20 Å2
3---14.87 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→31.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1198 0 1 101 1300
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.57
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.191.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.942
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.022
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.032.5
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 282 9.7 %
Rwork0.275 2613 -
obs--84 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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