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万見
- PDB-1y19: Structural basis for phosphatidylinositol phosphate kinase type I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y19
タイトルStructural basis for phosphatidylinositol phosphate kinase type I-gamma binding to talin at focal adhesions
要素
  • Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, type 1 gamma
  • Talin 1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / SIGNALING PROTEIN / FOCAL ADHESION / FERM DOMAIN / CYTOSKELETON / NPXY MOTIF / PTB DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


talin binding / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase activity / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / Integrin signaling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / MAP2K and MAPK activation / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / uropod ...talin binding / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase activity / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / Integrin signaling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / MAP2K and MAPK activation / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / uropod / LIM domain binding / Smooth Muscle Contraction / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / phosphatidylinositol metabolic process / Platelet degranulation / Clathrin-mediated endocytosis / cortical microtubule organization / vinculin binding / integrin activation / phosphatidylinositol biosynthetic process / cell-substrate junction assembly / cortical actin cytoskeleton organization / phosphatidylserine binding / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / exocytosis / regulation of synaptic vesicle endocytosis / phagocytosis / phagocytic cup / ruffle / phosphatidylinositol binding / axonogenesis / integrin-mediated signaling pathway / adherens junction / structural constituent of cytoskeleton / platelet aggregation / ruffle membrane / integrin binding / chemotaxis / actin filament binding / cytoskeleton / endosome membrane / cell adhesion / postsynaptic density / focal adhesion / glutamatergic synapse / cell surface / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, core / : / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, N-terminal / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-Kinase / Phosphatidylinositol phosphate kinase (PIPK) domain profile. / Phosphatidylinositol phosphate kinases / Talin VBS2 domain / Vinculin-binding site-containing domain / Talin, central ...Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, core / : / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, N-terminal / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-Kinase / Phosphatidylinositol phosphate kinase (PIPK) domain profile. / Phosphatidylinositol phosphate kinases / Talin VBS2 domain / Vinculin-binding site-containing domain / Talin, central / Talin, central domain superfamily / Talin-1/2, rod-segment / : / : / Vinculin Binding Site / Talin, middle domain / Talin, R4 domain / Talin 1-like, rod segment domain / Talin, N-terminal F0 domain / : / N-terminal or F0 domain of Talin-head FERM / Talin IBS2B domain / Acyl-CoA Binding Protein - #10 / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain superfamily / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain profile. / I/LWEQ domain / Phosphotyrosine-binding domain / IRS-type PTB domain / PTB domain (IRS-1 type) / Acyl-CoA Binding Protein / Alpha-catenin/vinculin-like superfamily / FERM domain signature 1. / FERM conserved site / FERM domain signature 2. / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / FERM central domain / PH-domain like / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphatidylinositol 4-phosphate 5-kinase type-1 gamma / Talin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者de Pereda, J.M. / Wegener, K. / Santelli, E. / Bate, N. / Ginsberg, M.H. / Critchley, D.R. / Campbell, I.D. / Liddington, R.C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Structural bases for phosphatidylinositol phosphate kinase type I-gamma binding to talin at focal adhesions
著者: de Pereda, J.M. / Wegener, K. / Santelli, E. / Bate, N. / Ginsberg, M.H. / Critchley, D.R. / Campbell, I.D. / Liddington, R.C.
履歴
登録2004年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月5日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32016年11月30日Group: Other
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, type 1 gamma
B: Talin 1
C: Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, type 1 gamma
D: Talin 1
E: Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, type 1 gamma
F: Talin 1
G: Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, type 1 gamma
H: Talin 1
I: Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, type 1 gamma
J: Talin 1
K: Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, type 1 gamma
L: Talin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,96312
ポリマ－149,96312
非ポリマー00
水8,395466
1
A: Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, type 1 gamma
B: Talin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9942
ポリマ－24,9942
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, type 1 gamma
D: Talin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9942
ポリマ－24,9942
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, type 1 gamma
F: Talin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9942
ポリマ－24,9942
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, type 1 gamma
H: Talin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9942
ポリマ－24,9942
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
I: Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, type 1 gamma
J: Talin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9942
ポリマ－24,9942
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
K: Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, type 1 gamma
L: Talin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9942
ポリマ－24,9942
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)118.102, 118.102, 93.308
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Cell settingtrigonal
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, type 1 gamma


分子量: 1711.829 Da / 分子数: 6 / 断片: C-TERMINAL REGION / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: chimera of chain A/B, C/D, E/F, G/H, I/J, K/L / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: FORMS CHIMERA WITH TALIN AT THE N-TERMINUS / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O70161
#2: タンパク質
Talin 1


分子量: 23281.965 Da / 分子数: 6 / 断片: F2 AND F3 SUBDOMAINS OF THE FERM DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: chimera of chain A/B, C/D, E/F, G/H, I/J, K/L / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
解説: FORMS CHIMERA WITH PHOSPHATIDYL INOSITOL KINASE TYPE 1 GAMMA AT THE C-TERMINUS
遺伝子: Tln1, Tln / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P26039
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 466 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.2 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.2
詳細: 0.1 M Na/K phosphte buffer, 35% MPD, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL1-5 / 波長: 1.008 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.008 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 43284 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): -4 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 57 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.459 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 84.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 2175 5 %OBEYS P622 SYMMETRY
Rwork0.253 ---
obs0.253 43146 96.5 %-
all-50362 --
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.526 Å2-6.955 Å20 Å2
2---4.526 Å20 Å2
3---9.052 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9882 0 0 466 10348
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.06
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5461.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.6673
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.273
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.8615
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.69 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.407 190
Rwork0.377 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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