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- PDB-1y0h: Structure of Rv0793 from Mycobacterium tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y0h
タイトルStructure of Rv0793 from Mycobacterium tuberculosis
要素hypothetical protein Rv0793
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / ferredoxin-like fold / alpha+beta sandwich with antiparallel beta-sheet / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素 / catalytic activity / monooxygenase activity
類似検索 - 分子機能
: / ABM domain profile. / Antibiotic biosynthesis monooxygenase / Antibiotic biosynthesis monooxygenase domain / Alpha-Beta Plaits - #100 / Dimeric alpha-beta barrel / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Putative monooxygenase Rv0793
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Lemieux, M.J. / Ference, C. / Cherney, M.M. / Wang, M. / Garen, C. / James, M.N. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: J.STRUCT.FUNCT.GENOM. / 年: 2005
タイトル: The crystal structure of Rv0793, a hypothetical monooxygenase from M. tuberculosis
著者: Lemieux, M.J. / Ference, C. / Cherney, M.M. / Wang, M. / Garen, C. / James, M.N.
履歴
登録2004年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein Rv0793
B: hypothetical protein Rv0793
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7035
ポリマ－22,5262
非ポリマー1773
水3,747208
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3020 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area9400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.440, 34.600, 42.850
Angle α, β, γ (deg.)103.44, 107.96, 94.34
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 hypothetical protein Rv0793


分子量: 11262.771 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: Rv0793 / プラスミド: pDEST15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: O86332
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.2 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG20K, hepes, ammonium acetate, ethylene glycol, isopropanol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.979232 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月13日
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979232 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. obs: 20461 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rsym value: 0.098 / Χ2: 1.059 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.485 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 2027 / Rsym value: 0.48 / Χ2: 1.031 / % possible all: 95.4

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.06位相決定
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→29.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 3.978 / SU ML: 0.071 / SU R Cruickshank DPI: 0.114 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 994 5.1 %RANDOM
Rwork0.173 ---
all0.176 ---
obs0.202 19610 93.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.607 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20.06 Å20.07 Å2
2--0.08 Å2-0.04 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→29.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1549 0 12 208 1769
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.00816110.022
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.21921821.995
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.171975
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.0087920.886
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.44926215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7732715
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0792410.2
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.00412590.02
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1987720.2
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30710870.2
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1311630.2
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.176460.2
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.139360.2
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6210291.5
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.04916072
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0276433
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0335754.5
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226 56 -
Rwork0.193 1229 -
obs-7385 82.53 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -2.182 Å / Origin y: 6.56 Å / Origin z: 16.212 Å
111213212223313233
T-0.0273 Å20.0029 Å2-0.0172 Å2--0.021 Å20.0113 Å2---0.0052 Å2
L0.2516 °2-0.0005 °2-0.3001 °2-0.52 °20.2879 °2--0.8915 °2
S-0.0083 Å °-0.0786 Å °-0.019 Å °0.0037 Å °0.021 Å °-0.0215 Å °0.0358 Å °0.0874 Å °-0.0126 Å °
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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