[日本語] English
万見
- PDB-1xxd: Crystal Structure of the FXIa Catalytic Domain in Complex with mu... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xxd
タイトルCrystal Structure of the FXIa Catalytic Domain in Complex with mutated Ecotin
要素
  • Coagulation factor XI
  • Ecotin
キーワードBLOOD CLOTTING/HYDROLASE INHIBITOR / FXIa / Catalytic domain / Serine protein / Ecotin / BLOOD CLOTTING-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


coagulation factor XIa / serine-type aminopeptidase activity / Defective F9 activation / positive regulation of fibrinolysis / plasminogen activation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / defense response / blood coagulation / heparin binding ...coagulation factor XIa / serine-type aminopeptidase activity / Defective F9 activation / positive regulation of fibrinolysis / plasminogen activation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / defense response / blood coagulation / heparin binding / outer membrane-bounded periplasmic space / serine-type endopeptidase activity / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ecotin / Ecotin, C-terminal / Proteinase inhibitor I11, ecotin / Proteinase inhibitor I11, ecotin, gammaproteobacteria / Ecotin superfamily / Ecotin / Apple domain. / Apple domain / APPLE domain / PAN/Apple domain profile. ...Ecotin / Ecotin, C-terminal / Proteinase inhibitor I11, ecotin / Proteinase inhibitor I11, ecotin, gammaproteobacteria / Ecotin superfamily / Ecotin / Apple domain. / Apple domain / APPLE domain / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Coagulation factor XI / Ecotin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / Differece Fourier / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Jin, L. / Pandey, P. / Babine, R.E. / Gorga, J.C. / Seidl, K.J. / Gelfand, E. / Weaver, D.T. / Abdel-Meguid, S.S. / Strickler, J.E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Crystal Structures of the FXIa Catalytic Domain in Complex with Ecotin Mutants Reveal Substrate-like Interactions
著者: Jin, L. / Pandey, P. / Babine, R.E. / Gorga, J.C. / Seidl, K.J. / Gelfand, E. / Weaver, D.T. / Abdel-Meguid, S.S. / Strickler, J.E.
履歴
登録2004年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Coagulation factor XI
B: Coagulation factor XI
C: Ecotin
D: Ecotin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,1244
ポリマ－86,1244
非ポリマー00
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9770 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area33790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.448, 91.418, 188.559
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Coagulation factor XI / E.C.3.4.21.27 / Plasma thromboplastin antecedent / PTA / FXI


分子量: 26826.535 Da / 分子数: 2 / 断片: Catalytic Domain / 変異: S75A, T115A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F11 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P03951, coagulation factor XIa
#2: タンパク質 Ecotin


分子量: 16235.536 Da / 分子数: 2 / 変異: P80N, V81D, S82F, M84R, M85V, A86V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: eco,eti / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P23827
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: PEG-MME 2000, Ammonium Sulfate, Sodium Cacodylate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 117 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年6月25日 / 詳細: Blue Osmic mirrors
放射モノクロメーター: Blue Osmic mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 18130 / Num. obs: 16835 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 30.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / Rmerge(I) obs: 0.461 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
CNX2002精密化
HKL-2000データスケーリング
CNX2002位相決定
精密化構造決定の手法: Differece Fourier
開始モデル: 1XX9

1xx9


解像度: 2.91→29.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 226510.21 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 1596 10.1 %RANDOM
Rwork0.23 ---
all-18084 --
obs-15842 87.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 11.0606 Å2 / ksol: 0.286142 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 40.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.62 Å20 Å20 Å2
2--16.6 Å20 Å2
3----13.98 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.63 Å0.47 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.91→29.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5963 0 0 58 6021
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.271.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.222
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.662
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.652.5
LS精密化 シェル解像度: 2.91→3 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.393 141 9.8 %
Rwork0.345 1299 -
obs--80.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARWATER_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4CARBOHYDRATE.CARBOHYDRATE.

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る