[日本語] English
- PDB-1xx4: Crystal Structure of Rat Mitochondrial 3,2-Enoyl-CoA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xx4
タイトルCrystal Structure of Rat Mitochondrial 3,2-Enoyl-CoA
要素3,2-trans-enoyl-CoA isomerase, mitochondrial
キーワードISOMERASE / crotonase superfamily / domain swapped
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial fatty acid beta-oxidation of unsaturated fatty acids / Mitochondrial protein degradation / intramolecular oxidoreductase activity, transposing C=C bonds / Delta3-Delta2-enoyl-CoA isomerase / delta(3)-delta(2)-enoyl-CoA isomerase activity / fatty acid beta-oxidation / mitochondrial matrix / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Helix non-globular ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Helix non-globular / Special / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZAMIDINE / PHOSPHATE ION / Enoyl-CoA delta isomerase 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Hubbard, P.A. / Yu, W. / Schulz, H. / Kim, J.-J.
引用ジャーナル: Protein Sci. / : 2005
タイトル: Domain swapping in the low-similarity isomerase/hydratase superfamily: the crystal structure of rat mitochondrial Delta3, Delta2-enoyl-CoA isomerase.
著者: Hubbard, P.A. / Yu, W. / Schulz, H. / Kim, J.J.
履歴
登録2004年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 2.02021年8月4日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _entity.formula_weight / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
Remark 999SEQUENCE THE AUTHORS STATE THAT ELECTRON DENSITIES AND FINAL MODEL AT RESIDUES 61 AND 101 DO NOT ...SEQUENCE THE AUTHORS STATE THAT ELECTRON DENSITIES AND FINAL MODEL AT RESIDUES 61 AND 101 DO NOT AGREE WITH THE CORRESPONDING SWISSPROT ENTRY.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 3,2-trans-enoyl-CoA isomerase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,20310
ポリマ-29,3611
非ポリマー8429
1,62190
1
A: 3,2-trans-enoyl-CoA isomerase, mitochondrial
ヘテロ分子

A: 3,2-trans-enoyl-CoA isomerase, mitochondrial
ヘテロ分子

A: 3,2-trans-enoyl-CoA isomerase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,60830
ポリマ-88,0833
非ポリマー2,52527
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_645-z+1,x-1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation11_556y+1/2,-z+1/2,-x+11
手法PQS
2
A: 3,2-trans-enoyl-CoA isomerase, mitochondrial
ヘテロ分子

A: 3,2-trans-enoyl-CoA isomerase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,40520
ポリマ-58,7222
非ポリマー1,68318
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation43_655-x+5/4,-z+1/4,-y+1/41
Buried area3620 Å2
ΔGint-236 kcal/mol
Surface area23100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.918, 169.918, 169.918
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number214
Space group name H-MI4132
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-575-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 3,2-trans-enoyl-CoA isomerase, mitochondrial / Dodecenoyl-CoA delta-isomerase


分子量: 29360.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Dci / プラスミド: pND-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P23965, Delta3-Delta2-enoyl-CoA isomerase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : PO4
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#4: 化合物 ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン


分子量: 120.152 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C7H8N2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.4 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG-MME 550, MES, zinc sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来タイプID
回転陽極RIGAKU RU3001
回転陽極RIGAKU RU2002
検出器
タイプID検出器日付詳細
RIGAKU RAXIS IV1IMAGE PLATE2003年11月3日Osmic confocal mirrors
RIGAKU RAXIS IIC2IMAGE PLATE2003年10月14日osmic confocal mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Osmic confocal mirrorsSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Osmic confocal mirrorsSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.2→29.15 Å / Num. all: 21528 / Num. obs: 21510 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 5 / Observed criterion σ(I): 2.2 / 冗長度: 19.76 % / Biso Wilson estimate: 11.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 18.4 % / Rmerge(I) obs: 0.411 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 2108 / Rsym value: 0.411 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: HOMOLOGY MODEL OF CROTONASE FOLD

解像度: 2.2→29.15 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 255422.78 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 1052 5 %RANDOM
Rwork0.239 ---
obs0.245 21506 99.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.3253 Å2 / ksol: 0.361821 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.46 Å0.48 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2006 0 45 90 2141
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.84
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.11.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.842
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.832
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.672.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 168 5.3 %
Rwork0.351 3349 -
obs-6720 100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.ROP
X-RAY DIFFRACTION4PO4.PARAMPO4.TOP
X-RAY DIFFRACTION5bam.parambam.top

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る