+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1xw9 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Drosophila thioredoxin, oxidized, P21 | ||||||
![]() | thioredoxin | ||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT / Dimerization / Drosophila melanogaster / redox regulation / thioredoxin / x-ray crystal structure | ||||||
機能・相同性 | ![]() The NLRP3 inflammasome / TP53 Regulates Metabolic Genes / Protein repair / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / Oxidative Stress Induced Senescence / glutathione disulfide oxidoreductase activity / disulfide oxidoreductase activity / protein-disulfide reductase activity / defense response to fungus ...The NLRP3 inflammasome / TP53 Regulates Metabolic Genes / Protein repair / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / Oxidative Stress Induced Senescence / glutathione disulfide oxidoreductase activity / disulfide oxidoreductase activity / protein-disulfide reductase activity / defense response to fungus / cell redox homeostasis / determination of adult lifespan / response to oxidative stress / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wahl, M.C. / Irmler, A. / Hecker, B. / Schirmer, R.H. / Becker, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Comparative structural analysis of oxidized and reduced thioredoxin from Drosophila melanogaster 著者: Wahl, M.C. / Irmler, A. / Hecker, B. / Schirmer, R.H. / Becker, K. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 95.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 74.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 445.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 459.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
4 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11748.636 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pQE-30 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.6 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 詳細: ammonium sulfate, PEG4000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. obs: 20371 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 37.3 Å2 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 21.4 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.1 Å / % possible all: 95.6 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB Entry 1AUC 解像度: 2.3→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
|