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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1xvn | ||||||
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タイトル | echinomycin (ACGTACGT)2 complex | ||||||
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![]() | DNA/ANTIBIOTIC / BISINTERCALATOR / HOOGSTEEN BASEPAIR / DEPSIPEPTIDE / QUINOXALINE / THIOACETAL / ANTIBIOTIC / ANTITUMOR / DNA-ANTIBIOTIC COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | Echinomycin / 2-CARBOXYQUINOXALINE / : / DNA![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cuesta-Seijo, J.A. / Sheldrick, G.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of Complexes between Echinomycin and Duplex DNA. 著者: Cuesta-Seijo, J.A. / Sheldrick, G.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 27.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 20.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 418 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 419.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2426.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 | ||||
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#2: タンパク質・ペプチド | ![]() 詳細: ECHINOMYCIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE. BICYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI, AND A THIOACETAL BOND BETWEEN RESIDUES 3 AND 7. THE TWO QUINOXALINE CHROMOPHORES ...詳細: ECHINOMYCIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE. BICYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI, AND A THIOACETAL BOND BETWEEN RESIDUES 3 AND 7. THE TWO QUINOXALINE CHROMOPHORES ARE LINKED TO THE D-SERINE RESIDUES, RESIDUES 1 AND 5. 由来: (天然) ![]() | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-MG / | ||||
#4: 化合物 | ![]() 詳細: ECHINOMYCIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE. BICYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI, AND A THIOACETAL BOND BETWEEN RESIDUES 3 AND 7. THE TWO QUINOXALINE CHROMOPHORES ...詳細: ECHINOMYCIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE. BICYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI, AND A THIOACETAL BOND BETWEEN RESIDUES 3 AND 7. THE TWO QUINOXALINE CHROMOPHORES ARE LINKED TO THE D-SERINE RESIDUES, RESIDUES 1 AND 5. 参照: Echinomycin #5: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | THE ECHINOMYCIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE, A MEMBER OF THE QUINOXALINE CLASS OF ANTIBIOTICS. ...THE ECHINOMYCI | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.32 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6 詳細: PEG 200, PEG 3350, MGCL2, MES, SPERMINE-HCL, PH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月11日 |
放射 | モノクロメーター: SI-111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→26.2 Å / Num. obs: 6499 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 21.27 % / Rmerge(I) obs: 0.0424 / Rsym value: 0.0424 / Net I/σ(I): 39.11 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.6 Å / 冗長度: 20.44 % / Rmerge(I) obs: 0.4225 / Mean I/σ(I) obs: 9.03 / Rsym value: 0.4225 / % possible all: 98.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: THE SKELETON OF ECHINOMYCIN IS NEARLY SYMMETRIC (NOT MODELLED TO DO SO), THE BRIDGE IS NOT. BOTH POSSIBLE ORIENTATIONS OF BINDING WERE OBSERVED AND ARE MODELLED AS DISORDERED/MICROHETE.
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Refine analyze | Num. disordered residues: 7 | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→26.2 Å
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