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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xta
タイトルCrystal Structure of Natrin, a snake venom CRISP from Taiwan cobra (Naja atra)
要素Natrin 1
キーワードTOXIN (毒素) / natrin / CRISP / serine protease (セリンプロテアーゼ) / ion channel blocking / naja atra / cobra (コブラ)
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium channel regulator activity / potassium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Crisp domain / Cysteine-rich secretory protein / Cysteine-rich secretory protein, SCP domain / Crisp-like domain / Crisp / CRISP family signature 2. / Allergen V5/Tpx-1-related, conserved site / CRISP family signature 1. / Cysteine-rich secretory protein-related / ShKT domain ...Crisp domain / Cysteine-rich secretory protein / Cysteine-rich secretory protein, SCP domain / Crisp-like domain / Crisp / CRISP family signature 2. / Allergen V5/Tpx-1-related, conserved site / CRISP family signature 1. / Cysteine-rich secretory protein-related / ShKT domain / ShKT domain profile. / Pathogenesis-related Protein p14a / CAP / SCP / Tpx-1 / Ag5 / PR-1 / Sc7 family of extracellular domains. / CAP domain / CAP superfamily / Cysteine-rich secretory protein family / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cysteine-rich venom protein natrin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Naja atra (タイワンコブラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Wang, Y.-L. / Goh, K.-X. / Lee, S.-C. / Huang, W.-N. / Wu, W.-G. / Chen, C.-J.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Structures of snake venom CRISP reveal an action mechanism involving serine protease and ion channel blocking domains
著者: Wang, Y.-L. / Goh, K.-X. / Lee, S.-C. / Huang, W.-N. / Wu, W.-G. / Chen, C.-J.
#1: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2004
タイトル: Purification, crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of a cysteine-rich secretory protein (CRISP) from Naja atra venom
著者: Wang, Y.-L. / Goh, K.-X. / Wu, W.-G. / Chen, C.-J.
履歴
登録2004年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Natrin 1
B: Natrin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9082
ポリマ－49,9082
非ポリマー00
水4,810267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.127, 64.985, 242.919
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細The biological assembly is a dimer generated from NCS in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 Natrin 1 / Cysteine-rich venom protein 1 / NA-CRVP1 / CRISP


分子量: 24954.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Naja atra (タイワンコブラ) / 参照: UniProt: Q7T1K6
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.6 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: PEG6000, ammonium citrate, HEPES, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11101
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSRRC BL17B211.743
シンクロトロンSPring-8 BL12B221
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2101CCD2004年8月15日
ADSC QUANTUM 4r2CCD2004年8月30日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111 CHANNELSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si 111 CHANNELSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.7431
211
反射解像度: 1.58→25 Å / Num. all: 61378 / Num. obs: 59203 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.86 %
反射 シェル解像度: 1.58→1.64 Å / % possible all: 83.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.58→20 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.251 5686 RANDOM
Rwork0.223 --
all0.236 61378 -
obs0.228 59203 -
Refine analyze
ObsFree
Luzzati d res low5 Å-
Luzzati sigma a0.12 Å0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.58→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3465 0 0 267 3732
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.427

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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